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标题: 混合溶剂该选用哪种溶剂模型？比如乙腈：H2O=9：1的比例 [打印本页]

作者
Author: linima 时间: 2019-11-23 20:08
标题: 混合溶剂该选用哪种溶剂模型？比如乙腈：H2O=9：1的比例
“SMD模型不适合自定义溶剂。因为此模型计算非极性部分的公式依赖于溶剂的多种物性参数，光定义eps、epsinf是不够的，而SMD依赖的溶剂的一些其它属性（如酸度）又没法往Gaussian里定义”

上面这句话是sob老师之前帖子里说到的，SMD模型不适合自定义溶剂，但如果需要自定义的话该选用什么隐式溶剂模型呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-23 23:53
不管是Gaussian里什么隐式溶剂模型，只要考虑非极性部分，就需要定义eps、epsinf以外的参数，都很难对溶剂进行完整定义（缺参数）

作者
Author: linima 时间: 2019-11-26 23:49
[quote][url=forum.php?mod=redirect

sob老师刚刚看了您更新的关于计算溶剂自由能的帖子里面讲到混合溶剂在SMD下自定义的部分乙腈和水是常见的高斯内置的溶剂，这两个混合的话应该可以定义完整的参数同时计算极性部分和非极性部分吧苏尼明达里应该有这两个溶剂的完整参数取加权平均值，这样计算行吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-27 01:51

linima 发表于 2019-11-26 23:49
[quote][url=forum.php?mod=redirect

sob老师刚刚看了您更新的关于计算溶剂自由能的帖子里面讲到混合溶 ...

可以

作者
Author: linima 时间: 2019-11-27 12:08

sobereva 发表于 2019-11-27 01:51
可以

感谢sob老师回复，我查了一下苏尼明达发现水没有完整的参数

好不合理啊，水很常见的溶剂呀

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-28 02:26

linima 发表于 2019-11-27 12:08
感谢sob老师回复，我查了一下苏尼明达发现水没有完整的参数好不合理啊，水很常见的溶剂呀:dizzy ...

是明尼苏达
看原文就知道水在SMD模型里是一个特例

作者
Author: ZnPMg 时间: 2020-11-11 13:55
您好，请问像您这个溶剂的比例是9:1应该怎么设置？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-11 15:40

ZnPMg 发表于 2020-11-11 13:55
您好，请问像您这个溶剂的比例是9:1应该怎么设置？

按三楼说的方法就行了

作者
Author: ZnPMg 时间: 2020-11-14 16:46

wzkchem5 发表于 2020-11-11 15:40
按三楼说的方法就行了

感谢您的回复。

Sob老师的帖子里说：对于混合溶剂，应该将几种溶剂的eps和epsinf按照体积比例进行混合来定义自定义溶剂。

对于乙腈：水=9:1
自定义的esp是否等于：9*eps（乙腈）+1*eps（水）
自定义的epsinf是否等于：9*epsinf（乙腈）+1*epsinf（水）

高斯自带的溶剂给出的介电常数Water: ε=78.3553；Acetonitrile: ε=35.688是eps还是epsinf？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-14 20:16

ZnPMg 发表于 2020-11-14 16:46
感谢您的回复。
Sob老师的帖子里说：对于混合溶剂，应该将几种溶剂的eps和epsinf按照体积比例进行混 ...

对
是eps，epsinf一般比eps小，对于强极性溶剂更是小得多

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-15 08:25

ZnPMg 发表于 2020-11-14 16:46
感谢您的回复。
Sob老师的帖子里说：对于混合溶剂，应该将几种溶剂的eps和epsinf按照体积比例进行混 ...

显然是0.9和0.1的混合比

各种溶剂的epsinf都在3以下，几十的显然是eps。没说是epsinf的情况一律是eps

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-15 11:09

sobereva 发表于 2020-11-15 08:25
显然是0.9和0.1的混合比

各种溶剂的epsinf都在3以下，几十的显然是eps。没说是epsinf的情况一律是eps

我看到9和1自动脑补成0.9和0.1了。。。希望没有误导

作者
Author: ZnPMg 时间: 2020-11-19 10:55

wzkchem5 发表于 2020-11-14 20:16
对
是eps，epsinf一般比eps小，对于强极性溶剂更是小得多

谢谢您的回复

作者
Author: ZnPMg 时间: 2020-11-19 11:00

wzkchem5 发表于 2020-11-15 11:09
我看到9和1自动脑补成0.9和0.1了。。。希望没有误导

谢谢，应该是对的。
查了一下加权平均数，https://baike.baidu.com/item/%E5 ... 0366&fr=aladdin
如果加权，体积看看成是权，体积比为乙腈：水=9:1
则加权平均值为：【9*epsinf（乙腈）+1*epsinf（水）】/(9+1)=0.9*epsinf（乙腈）+0.1*epsinf（水）

作者
Author: ZnPMg 时间: 2020-11-19 14:56
本帖最后由 ZnPMg 于 2020-11-19 16:07 编辑

先只用一种溶剂，例如：#p M062X/6-31G(d,p) SCRF=(smd,solvent=Acetonitrile)，简单算一下，.log文件中会出现该溶剂的Eps和Eps(inf)值。
Solvent             : Acetonitrile, Eps=  35.688000 Eps(inf)= 1.806874
Solvent             : Water, Eps=  78.355300 Eps(inf)= 1.777849
V（Acetonitrile：Water）=9:1  混合溶剂的Eps=35.688*0.9+78.355300*0.1=39.95473；Eps(inf)=0.9*1.806874+0.1* 1.777849=1.8039715

作者
Author: ZnPMg 时间: 2020-11-19 16:13
本帖最后由 ZnPMg 于 2020-11-19 16:34 编辑

sobereva 发表于 2020-11-15 08:25
显然是0.9和0.1的混合比

各种溶剂的epsinf都在3以下，几十的显然是eps。没说是epsinf的情况一律是eps

Sob先生，
Solvent             : Acetonitrile, Eps=  35.688000 Eps(inf)= 1.806874
Solvent             : Water, Eps=  78.355300 Eps(inf)= 1.777849
V（Acetonitrile：Water）=9:1
混合溶剂的Eps=35.688*0.9+78.355300*0.1=39.95473；
Eps(inf)=0.9*1.806874+0.1* 1.777849=1.8039715

算出混合溶剂的Eps和Eps(inf)值，如下编辑输入文件就可以了吗？
#p M062X/6-31+G(d,p) Opt  Freq  SCRF=(smd,solvent=generic)

a

0 1
分子结构

Eps=39.95473
Eps(inf)=1.8039715

运算结果出错了，如下： Integral buffers will be 131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
Using the following non-standard input for PCM:
Eps=39.95473
Epsinf=1.8039715
End of line while reading PCM input.
Error termination via Lnk1e in /home/slgao/CCsoft/g16/l301.exe at Thu Nov 19 01:46:18 2020.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  7.0 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  1.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    6 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

去掉后solvent=generic后可以计算了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-20 04:34

ZnPMg 发表于 2020-11-19 16:13
Sob先生，
Solvent : Acetonitrile, Eps= 35.688000 Eps(inf)= 1.806874
Solvent ...

显然要去掉generic，你又没提供非极性部分的参数

作者
Author: ZnPMg 时间: 2020-11-20 16:58
本帖最后由 ZnPMg 于 2020-11-23 14:09 编辑

这个帖子（http://bbs.keinsci.com/thread-12720-1-1.html）说的很详细，就是把它漏掉了，打扰各位老师了，不好意思。

作者
Author: yiwind 时间: 2022-5-21 16:23

ZnPMg 发表于 2020-11-19 14:56
先只用一种溶剂，例如：#p M062X/6-31G(d,p) SCRF=(smd,solvent=Acetonitrile)，简单算一下，.log文件中会 ...

我的想计算一个过渡态和反应物的单点能，反应溶剂是乙腈：水= 1：1，可以直接用这个数值吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-21 16:36

yiwind 发表于 2022-5-21 09:23
我的想计算一个过渡态和反应物的单点能，反应溶剂是乙腈：水= 1：1，可以直接用这个数值吗？

要用0.5和0.5代替那个公式里的0.9和0.1，自己重新计算

作者
Author: Dreamlovesu 时间: 2022-9-30 11:27
本帖最后由 Dreamlovesu 于 2022-9-30 11:29 编辑

sobereva 发表于 2019-11-28 02:26
是明尼苏达
看原文就知道水在SMD模型里是一个特例

老师，那既然水是特例，那请问与水的混合溶剂的其它参数应该取什么呢？我看完整个帖子，还是没有找到应该怎样处理。我也查不到水的参数数据。我也是想用与水的混合溶剂做结构优化和单点能计算。谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-2 04:41

Dreamlovesu 发表于 2022-9-30 11:27
老师，那既然水是特例，那请问与水的混合溶剂的其它参数应该取什么呢？我看完整个帖子，还是没有找到应该 ...

结构优化本来也不推荐用SMD，下文明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

用默认的IEFPCM，自定义混合溶剂的eps就完了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)