计算化学公社

标题: 酶与小分子相互作用用什么软件模拟比较好？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2015-8-3 10:06
标题: 酶与小分子相互作用用什么软件模拟比较好？
本帖最后由 lao7 于 2015-8-3 10:11 编辑

想模拟酶的残基与小分子相互作用。其中需要计算结合能和蛋白质酶构象的变化。很显然，如果考虑水环境的话，传统量化软件算不动，请问什么样的软件能处理这么大的体系？既能获得结合能的变化，也能预测蛋白质构象变化。（500以上原子）分子动力学模拟的话，计算的能量靠谱吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-3 11:55
你可以截一段，然后用MOPAC开MOZYME跑PM6-D3H4，见
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
这种的情况是能够优化得动的。另外就是用高斯ONIOM或其它程序做QMMM也可以。

水分子用隐式溶剂模型就够了，如果有对结合影响明显的就在旁边加几个水也就够了。

基于力场做分子动力学模拟也还是可以的，结合能用MMPBSA/GBSA来做。

作者
Author: lao7 时间: 2015-8-3 18:20
本帖最后由 lao7 于 2015-8-3 18:26 编辑

sobereva 发表于 2015-8-3 11:55
你可以截一段，然后用MOPAC开MOZYME跑PM6-D3H4，见
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com ...

谢谢！
如果用高斯的ONION计算，获得的结果可以对弱力进行Gradient isosurfaces分析，以区分不同的弱力吗？还有一个问题，如果一个分子量在5万左右的酶蛋白是否可以用ONION计算？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-3 23:02
没听说过Gradient isosurfaces
做ONIOM时别把整个蛋白都纳入考虑，就把活性部分作为QM，附近的区域作为MM就够了

作者
Author: lao7 时间: 2015-8-4 14:16
本帖最后由 lao7 于 2015-8-4 15:47 编辑

sobereva 发表于 2015-8-3 23:02
没听说过Gradient isosurfaces
做ONIOM时别把整个蛋白都纳入考虑，就把活性部分作为QM，附近的区域作为MM ...

谢谢Sob。Gradient isosurfaces指的是弱力的梯度等值面。你以前发过帖子，分子力，色散力，斥力呈现方法，呈现的等值面就是Gradient isosurfaces呀？
请问，所谓的活性中心附近区域，如何取舍呢？是人为通过软件取舍（存在人为界定边界的问题），还是能下载到活性中心的现成文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-4 20:13

lao7 发表于 2015-8-4 14:16
谢谢Sob。Gradient isosurfaces指的是弱力的梯度等值面。你以前发过帖子，分子力，色散力，斥力呈现方法 ...

各种函数都有梯度

那个应当明确称为isosurface of reduced density gradient

活性中心是根据已有文章、实验或经验判断的

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