计算化学公社

标题: ORCA4.2.0在windows下并行报错 [打印本页]

作者
Author: 树深时见鹿 时间: 2019-11-27 10:18
标题: ORCA4.2.0在windows下并行报错
ORCA4.2.0的输入文件如下：
！B97-3c SCFConvForced opt freq pal8
* xyz 0 1
I...
...
*
报错内容如下：
!!! ERROR(ORCA_MAIN): for parallel runs !!!
!!! ORCA has to be called with full pathname !!!
台式机配置有4个内核，8个逻辑处理器，intel core i7-6700K cpu@4GHz。之前算MS的时候可以把8个core全都用上也没出问题，昨天用默认的并行核数也没问题，今天加了个pal8就出问题了。
在cmd终端的命令如下：
F:\ORCA_files>orca MAPbI3.inp > MAPbI3.out

请各位老师指点下ORCA在windows下并行设置的注意事项！谢谢啦

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-27 10:32
仔细看
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451（http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html）
明确说了要写完整路径，要么装个cmder设个alias

作者
Author: biogon 时间: 2019-11-27 10:47
orca最多只能用到物理核心数上限，多了就报错

作者
Author: 树深时见鹿 时间: 2019-11-27 10:58

sobereva 发表于 2019-11-27 10:32
仔细看
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451（http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1 ...

老师，我按照您的方法输入绝对路径
F:\ORCA_files>orca F:\ORCA_files\MAPbI3.inp > MAPbI3.out
结果还是报相同的错误。。

作者
Author: 树深时见鹿 时间: 2019-11-27 11:03

biogon 发表于 2019-11-27 10:47
orca最多只能用到物理核心数上限，多了就报错

这个物理核心数怎么看？我在电脑上的设备管理器上的处理器上看有8个条目，这个不就是8个核心吗？那pal8没问题呀

作者
Author: lao7 时间: 2019-11-27 12:01
特别不建议把ORCA装在windows下面。Win对软件内存的调用特别严格。超过了吃内存就给你杀了！
其次，ORCA对内存的控制比较宽泛，是缺点也是优点。但个人觉得弊大于利！如果体系稍大，总共即使调用CPU核心数、内存总量的各一半，有时候都会因为内存不足而报错。但是如果分子体系小，就不会！

所以orca报错很复杂！一般初始时期报错，大多是结构问题。运行到振动计算等报错，往往调用内存的问题。我没有检查过！但实际运用中遇到过好多次！

作者
Author: Jasminer 时间: 2019-11-27 13:58

树深时见鹿发表于 2019-11-27 10:58
老师，我按照您的方法输入绝对路径
F:\ORCA_files>orca F:\ORCA_files\MAPbI3.inp > MAPbI3.out
结果还 ...

是可执行文件要用绝对路径，不是inp文件

作者
Author: 树深时见鹿 时间: 2019-11-27 15:05

Jasminer 发表于 2019-11-27 13:58
是可执行文件要用绝对路径，不是inp文件

好的，谢谢

作者
Author: 树深时见鹿 时间: 2019-11-27 15:07

lao7 发表于 2019-11-27 12:01
特别不建议把ORCA装在windows下面。Win对软件内存的调用特别严格。超过了吃内存就给你杀了！
其次，ORCA对 ...

这个结构体系比较小，但是也有100多个原子，所以还是果断选择linux系统运算好点

作者
Author: biogon 时间: 2019-11-27 15:11

树深时见鹿发表于 2019-11-27 11:03
这个物理核心数怎么看？我在电脑上的设备管理器上的处理器上看有8个条目，这个不就是8个核心吗？那pal8没 ...

谁告你6700K是8核了，8个那是逻辑线程数，你看下面有物理核心数

作者
Author: 树深时见鹿 时间: 2019-11-27 17:19

biogon 发表于 2019-11-27 15:11
谁告你6700K是8核了，8个那是逻辑线程数，你看下面有物理核心数

找到了，我的电脑确实是4个物理核心，8个线程的，谢谢啦！

作者
Author: lao7 时间: 2019-11-27 20:13

树深时见鹿发表于 2019-11-27 15:07
这个结构体系比较小，但是也有100多个原子，所以还是果断选择linux系统运算好点

100个原子 win系统下计算也算大体系了！所以即使安装好，也会报错！

作者
Author: 树深时见鹿 时间: 2019-11-27 20:50

lao7 发表于 2019-11-27 20:13
100个原子 win系统下计算也算大体系了！所以即使安装好，也会报错！

照这么说，windows下算ORCA的结果岂不是不靠谱？那linux下的如何？400个原子的体系linux下可以跑吗？

作者
Author: lao7 时间: 2019-11-27 21:43

树深时见鹿发表于 2019-11-27 20:50
照这么说，windows下算ORCA的结果岂不是不靠谱？那linux下的如何？400个原子的体系linux下可以跑吗？

看你在什么计算水平下跑？一般常规水平吧 100个原子 B3LYP/6-31G 跑不起来！

linux下跑 B3LYP/6-31G Opt Freq你能2-3天跑完就幸运！

作者
Author: lao7 时间: 2019-11-27 21:45

lao7 发表于 2019-11-27 21:43
看你在什么计算水平下跑？一般常规水平吧 100个原子 B3LYP/6-31G 跑不起来！

linux下跑 B3LYP/6-31G O ...

我不到100个原子，这个计算水平下。24个核心，48个线程的V3处理器，128G内存。都要几乎十几个小时！

作者
Author: duguex 时间: 2019-11-27 21:49
你试一下%pal procs 4/8
end

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-27 22:23
2~8核直接用pal2~pal8即可，用不着写%pal nprocs
运行不成功明显就是没写ORCA绝对路径，我在我的博文里已经说得详细得不能再详细了

能跑多大的体系不在于windows还是linux，对于ORCA两个平台运行效率都差不多，关键在于用什么机子
4核优化100个原子基本没戏，哪怕用B97-3c这样廉价且保底级别。而算100个原子单点倒是没问题

作者
Author: 树深时见鹿 时间: 2019-11-28 15:52

sobereva 发表于 2019-11-27 22:23
2~8核直接用pal2~pal8即可，用不着写%pal nprocs
运行不成功明显就是没写ORCA绝对路径，我在我的博文里已 ...

谢谢Sob老师，确实是核数出错还有绝对路径的问题，后来修改过来了，但是运行的时候发现ORCA里4核并行还是不能完全调用8个线程。
还想问下Sob老师，在MS下优化好的结构可以直接用ORCA或Gaussian算单点得到波函数吗？可以不可以省略高斯或ORCA的优化步骤呢？

作者
Author: 树深时见鹿 时间: 2019-11-28 15:54

duguex 发表于 2019-11-27 21:49
你试一下%pal procs 4/8
end

好的，谢谢啦。不过Sob老师后来回复了，2-8核可以直接写pal2~pal8。

作者
Author: 树深时见鹿 时间: 2019-11-28 15:57

lao7 发表于 2019-11-27 21:43
看你在什么计算水平下跑？一般常规水平吧 100个原子 B3LYP/6-31G 跑不起来！

linux下跑 B3LYP/6-31G O ...

win下的资源有限，不过linux下最多可以调用16个核，%nprocs=16，速度应该会快点。

作者
Author: 树深时见鹿 时间: 2019-11-28 16:01

lao7 发表于 2019-11-27 21:45
我不到100个原子，这个计算水平下。24个核心，48个线程的V3处理器，128G内存。都要几乎十几个小时！

昨天在linux下提交了一个100多个原子的任务，16个核心，30G内存，用的Gauusian09，但是用B3LYP/6-31G报错说基组太小，体系原子数目太多，后来换成了B3LYP/def2-TZVP不知道要跑多久？

作者
Author: lao7 时间: 2019-11-28 17:08

树深时见鹿发表于 2019-11-28 16:01
昨天在linux下提交了一个100多个原子的任务，16个核心，30G内存，用的Gauusian09，但是用B3LYP/6-31G报错 ...

要分配60G以上内存，TZVP就更算不动了。

作者
Author: 树深时见鹿 时间: 2019-11-28 18:48

lao7 发表于 2019-11-28 17:08
要分配60G以上内存，TZVP就更算不动了。

TZVP算不动100个原子的吗？还是内存要60G才可以算呀？

作者
Author: lao7 时间: 2019-11-28 19:28
Linux平台Gaussian没有算不动的，只怕你等不起！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-29 08:37

树深时见鹿发表于 2019-11-28 15:52
谢谢Sob老师，确实是核数出错还有绝对路径的问题，后来修改过来了，但是运行的时候发现ORCA里4核并行还是 ...

要求ORCA四核并行凭什么会调用8个线程？

另外，仔细看此文了解超线程
正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响
http://sobereva.com/392

如果M$里优化的级别恰当，可以这样

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-29 08:38

树深时见鹿发表于 2019-11-28 16:01
昨天在linux下提交了一个100多个原子的任务，16个核心，30G内存，用的Gauusian09，但是用B3LYP/6-31G报错 ...

没有因为基组太小而报错一说

用6-31G不带极化纯属搞笑，仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

优化用def2-TZVP纯粹瞎糟蹋时间，撑死了def-TZVP也够了，仔细看上文
注意分清楚def和def2

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-29 08:39

树深时见鹿发表于 2019-11-28 18:48
TZVP算不动100个原子的吗？还是内存要60G才可以算呀？

普通DFT泛函优化跟本就不耗多少内存，10GB都能跑

作者
Author: 树深时见鹿 时间: 2019-11-29 08:58

sobereva 发表于 2019-11-29 08:37
要求ORCA四核并行凭什么会调用8个线程？

另外，仔细看此文了解超线程

谢谢Sob老师！MS里优化的级别是GGA-PBE，应该可以直接用高斯算单点。

作者
Author: 树深时见鹿 时间: 2019-11-29 08:59

sobereva 发表于 2019-11-29 08:39
普通DFT泛函优化跟本就不耗多少内存，10GB都能跑

好的。

作者
Author: 树深时见鹿 时间: 2019-11-29 10:24

sobereva 发表于 2019-11-29 08:38
没有因为基组太小而报错一说

用6-31G不带极化纯属搞笑，仔细看

Sob老师，我如果要对体系的波函数和偶极矩都进行分析，那针对体系的波函数，用B3LYP/6-311G+(d)的话，在高斯的.gjf文件也是这样写吗？之前选择的方法是def2-TZVP，在高斯里却写成def2tzvp。

针对体系的偶极矩，用B3LYP/def2-TZVP，应该可以了吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-30 03:24

树深时见鹿发表于 2019-11-29 10:24
Sob老师，我如果要对体系的波函数和偶极矩都进行分析，那针对体系的波函数，用B3LYP/6-311G+(d)的话，在 ...

6-311+G(d)

def2-TZVP不带弥散函数，根本算不准偶极矩。图便宜用def2-SVPD，图准确用def2-TZVPD，不要用Pople系列基组（哪怕带弥散的）

作者
Author: 树深时见鹿 时间: 2019-11-30 10:04

sobereva 发表于 2019-11-30 03:24
6-311+G(d)

def2-TZVP不带弥散函数，根本算不准偶极矩。图便宜用def2-SVPD，图准确用def2-TZVPD，不要 ...

好的，谢谢Sob老师！

作者
Author: 天道啊啊 时间: 2019-12-15 23:10
楼主能告诉我最后怎么解决并行报错的吗？就比如这个代码 F:\ORCA_files>orca MAPbI3.inp > MAPbI3.out 到底是哪没写对？谢谢！

作者
Author: 树深时见鹿 时间: 2019-12-18 09:40

天道啊啊发表于 2019-12-15 23:10
楼主能告诉我最后怎么解决并行报错的吗？就比如这个代码 F:\ORCA_files>orca MAPbI3.inp > MAPbI3.out 到 ...

你哪儿报错了？你得看具体报错的信息行，方便的话把报错的输出贴上来

作者
Author: snljty 时间: 2019-12-18 10:56

天道啊啊发表于 2019-12-15 23:10
楼主能告诉我最后怎么解决并行报错的吗？就比如这个代码 F:\ORCA_files>orca MAPbI3.inp > MAPbI3.out 到 ...

这个问题两个月内感觉至少有人问了5次了，前面讨论写的也非常非常清楚，倒是自己看一下啊。
把Orca的路径写成绝对路径，输入输出文件的路径无所谓。比如C:\orca\orca.exe xxx.inp > xxx.out，其中.exe写不写无所谓。

作者
Author: 赵云跳槽 时间: 2020-3-4 18:59
我也遇到这个问题了，我自己的错误原因
D:\Desktop>D:\desktop\orca\orca test.inp 正常运行
D:\Desktop>D:/desktop/orca/orca test.inp
出现ERROR (ORCA_MAIN): For parallel runs ORCA has to be called with full pathname
对路径有 “/” 和 “\” 区别

作者
Author: zako 时间: 2020-3-4 20:09
I would like to ask if it's possible to use ORCA program on a cluster ?

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-5 12:26

zako 发表于 2020-3-4 20:09
I would like to ask if it's possible to use ORCA program on a cluster ?

Of course it is possible

作者
Author: zako 时间: 2020-3-5 22:06
Dear Professor could you please cite me the tools i need to succeed run orca on a cluster because i'm a beginner with orca and cluster configuration.

作者
Author: doublezhang 时间: 2020-3-5 22:08
B97-3c好用吗？我用这玩意优化个有机小分子居然优化出3个虚频……我的结构可是mopac摇过的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-7 11:23

doublezhang 发表于 2020-3-5 22:08
B97-3c好用吗？我用这玩意优化个有机小分子居然优化出3个虚频……我的结构可是mopac摇过的

B97-3c虚频的问题在此文里提了
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）
解析Hessian貌似有问题，非要算可以看用numfreq。优化出的结构并没问题

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-7 11:25

zako 发表于 2020-3-5 22:06
Dear Professor could you please cite me the tools i need to succeed run orca on a cluster because i' ...

ORCA is a program based on MPI parallel. After installing openMPI and make proper configuration (you can easily use google to find related descriptions), then ORCA will be able to run on single or multiple nodes.
However, the efficiency of cross-node running may be low. I suggest only running on single node.

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