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标题: 请问一下，如何去除下面图中的跨周期的键，让构型的键正常显示? [打印本页]

作者
Author: sakura 时间: 2019-11-27 11:26
标题: 请问一下，如何去除下面图中的跨周期的键，让构型的键正常显示?
我想提取该时刻的构型图，但该构型由于周期性一半到了另一边，如何才能正常显示该构型？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-11-27 13:22
如果是动力学轨迹，可以通过相应轨迹处理工具，比如Amber的轨迹用cpptraj的autoimage，Gromacs用trjconv，挪动跑出周期的分子，再用VMD打开。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-27 22:11
如果懒得重新处理轨迹的话，用dynamics bond方式显示连键（根据当前距离实时判断成键），而用vdW显示原子球

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