计算化学公社

标题: 求助：用gromacs模拟计算药物分子成核速率遇到问题？ [打印本页]

作者
Author: dbw 时间: 2019-11-27 15:13
标题: 求助：用gromacs模拟计算药物分子成核速率遇到问题？
看了有关分子动力学模拟成核速率文献的时候，有一种方法是Yasuoka-Matsumoto method，说斜率就是成核速率，我有如下问题：1.论文用的是the supersaturated solutions were constructed by quenching the saturated solutions at 353.15 and 373.15 K to the temperature of 273.15 K, respectively .淬火的方法得到过饱和度，我在成品模拟的时候是否利用退火命令？以及退火时间我怎样设置？
2. 文中a cluster was defined as an aggregate of molecules within a radius of 0.21 nm. 这个截断半径我该怎样取值呢？
3.考虑到分子不是蛋白质，我用gmx clustsize 命令分析，但是得出的数据结果我怎么用呢？怎么去分析呀？下图就是论文中得到成核速率的图，我分析了半天，就是看不懂，请各位老师指点一二，谢谢。

(, 下载次数 Times of downloads: 30)

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-27 23:47
1 是。时间问题看文中的说法，如果这篇没写，你再看作者其它文章有没有写
2 如果你的体系和他的类似，也用这个就可以。这个标准比碳的范德华半径大一些，有一定任意性
3 gmx clustsize只能给出总的簇的数目随时间变化（nclust.xvg），没法给出不同容量的簇的数目随时间变化

作者
Author: dbw 时间: 2019-11-28 09:27
好的老师，非常感谢。我找一下作者的其他论文，那最后这个簇分析我该用什么方法呢？

作者
Author: bobosiji 时间: 2019-11-28 14:15

dbw 发表于 2019-11-28 09:27
好的老师，非常感谢。我找一下作者的其他论文，那最后这个簇分析我该用什么方法呢？

自己写程序。参考
http://mu****g.com/t-2045494-1-authorid-748787
http://www.gromacs.org/documenta ... ng_xtc_from_fortran
自己写程序直接读xtc文件作分析

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-29 09:57

dbw 发表于 2019-11-28 09:27
好的老师，非常感谢。我找一下作者的其他论文，那最后这个簇分析我该用什么方法呢？

自己写VMD的tcl脚本进行计算，要么就修改gmx clustsize的源代码

作者
Author: dbw 时间: 2019-11-29 10:48

sobereva 发表于 2019-11-29 09:57
自己写VMD的tcl脚本进行计算，要么就修改gmx clustsize的源代码

好的，谢谢老师

作者
Author: dbw 时间: 2019-11-30 17:26

sobereva 发表于 2019-11-29 09:57
自己写VMD的tcl脚本进行计算，要么就修改gmx clustsize的源代码

老师，今天我看了一些编写tcl脚本的资料以及vmd的教程，一头雾水，感觉找不到地方下手，老师，您能给我点指导吗？谢谢您。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-1 02:47

dbw 发表于 2019-11-30 17:26
老师，今天我看了一些编写tcl脚本的资料以及vmd的教程，一头雾水，感觉找不到地方下手，老师，您能给我点 ...

先把user guide自带的脚本看明白，举一反三
http://sobereva.com右侧VMD分类里也有不少我之前写的脚本可以参考

作者
Author: LWM 时间: 2023-10-31 10:24

bobosiji 发表于 2019-11-28 14:15
自己写程序。参考
http://mu****g.com/t-2045494-1-authorid-748787
http://www.gromacs.org/documenta ...

你好，前辈，能重新发下链接么，自己最近也在做成核率的相关计算

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)