计算化学公社

标题: 求助。与文献相似体系，相对能量却比文献大出十几万 [打印本页]

作者
Author: 明园 时间: 2019-11-27 20:51
标题: 求助。与文献相似体系，相对能量却比文献大出十几万
本帖最后由明园于 2020-5-30 18:13 编辑

社长，请问截图里的计算方法是否就是您说的这种方法呢?(文献已附上)
社长，我目前只用了您说的最粗糙的方法，通过 Sum of electronic and thermal Free Energies=后面的值查看吉布斯自由能，#p opt freq wb97xd/genecp scrf=(smd,solvent=toluene)，但是发现中间体与中间体间的吉布斯自由能相差极大，文献中相差就很小，是否是因为精度问题呢？（我的三个分子中A结构就相当于文献图中的1）

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-11-27 21:20
原子数、非赝势的电子数不守恒吧

作者
Author: 明园 时间: 2019-11-27 21:35

liyuanhe211 发表于 2019-11-27 21:20
原子数、非赝势的电子数不守恒吧

谢谢您，请问您是说我画的分子结构不对吗？还是说的是ABB*三个分子是由于原子数、非赝势的电子数不守恒才导致的自由能相差大呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-27 22:08
只有化学组成相同的体系之间比较能量才有意义。差两百多Hartree一看就是那几个结构化学组成都不一致（或者对某种元素，有的结构计算用了赝势有的没用）

作者
Author: 明园 时间: 2019-11-28 14:21

sobereva 发表于 2019-11-27 22:08
只有化学组成相同的体系之间比较能量才有意义。差两百多Hartree一看就是那几个结构化学组成都不一致（或者 ...

社长，我的结构中过渡金属都用了SDD。请问化学组成相同的意思是价数，原子数，都要相同吗？您看我上传的文献图中似乎也并不是都相同。请问为什么他们的能量也相差很小呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-29 08:35

明园发表于 2019-11-28 14:21
社长，我的结构中过渡金属都用了SDD。请问化学组成相同的意思是价数，原子数，都要相同吗？您看我上传的 ...

两个结构之间，每种元素的原子数都相同

作者
Author: 明园 时间: 2019-11-29 15:35

sobereva 发表于 2019-11-29 08:35
两个结构之间，每种元素的原子数都相同

谢谢社长

作者
Author: 明园 时间: 2019-11-29 21:22

sobereva 发表于 2019-11-29 08:35
两个结构之间，每种元素的原子数都相同

谢谢社长，我明白了什么是化学组成相同了，但还有一个问题要问下您，您看30和31这两个中间体，就是相差一个py，按说它俩的化学组成也不同，但是能量相差也不大。请问以下两种计算方法哪种才是正确的呢？
1.优化31这个结构的时候，将py拿到远端，不让py与Pd成键，以这个结构进行优化。
2.单独优化31结构不带py，然后单独算py结构,得到两个结构的能量加在一起。
若有不对的地方，希望社长指点。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-30 03:34

明园发表于 2019-11-29 21:22
谢谢社长，我明白了什么是化学组成相同了，但还有一个问题要问下您，您看30和31这两个中间体，就是相差一 ...

30和31本身的电子能量相差得有几百Hartree
之所以图中看起来小，那是因为31和单独算的Py的能量加在了一起

“拿到远端”这是没有意义的

作者
Author: 明园 时间: 2019-11-30 10:28

sobereva 发表于 2019-11-30 03:34
30和31本身的电子能量相差得有几百Hartree
之所以图中看起来小，那是因为31和单独算的Py的能量加在了一 ...

好的谢谢社长。

作者
Author: 明园 时间: 2019-11-30 11:42
本帖最后由明园于 2019-11-30 12:05 编辑

sobereva 发表于 2019-11-30 03:34
30和31本身的电子能量相差得有几百Hartree
之所以图中看起来小，那是因为31和单独算的Py的能量加在了一 ...

社长，请问在甲苯环境中计算中间体及过渡态，但是温度是383.15K，能用图中您说的这种方法吗？
还是就算两遍结构，第一遍Thermal correction to Gibbs Free Energy=后面的值，第二遍用高精度算单点，然后两者加起来？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-2 02:15

明园发表于 2019-11-30 11:42
社长，请问在甲苯环境中计算中间体及过渡态，但是温度是383.15K，能用图中您说的这种方法吗？
还是就算 ...

opt freq、单点、溶解自由能都应当单独算，博文最后有现成的例子
唯一区别是opt freq那一步加上temperature=383.15

作者
Author: 明园 时间: 2019-12-2 08:50

sobereva 发表于 2019-12-2 02:15
opt freq、单点、溶解自由能都应当单独算，博文最后有现成的例子
唯一区别是opt freq那一步加上temperat ...

谢谢社长

作者
Author: wurui 时间: 2022-10-14 08:16
请问，上面图的IN8下面对应的数据(2.4)和_3.4怎么来的呢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)