计算化学公社

标题: 求助：gmx genion不能识别2+及以上离子? [打印本页]

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Author: tjuptz 时间: 2019-11-27 22:12
标题: 求助：gmx genion不能识别2+及以上离子?
本帖最后由 tjuptz 于 2020-2-3 15:41 编辑

如题，CA MG 等自带的不论-conc 还是-neutral都不管用，必须手动指定数目才好

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Author: wuzhiyi 时间: 2019-11-27 23:26
你有试过pq flag么

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-11-28 07:02

wuzhiyi 发表于 2019-11-27 23:26
你有试过pq flag么

没。回去我试一下，一直以为那个指定电荷数是指定总电荷数目

作者
Author: LINQIXUAN 时间: 2021-4-9 21:05
你好~我最近也发现这个问题了，gmx genion加上-neutral这个指令没有办法加入正确数目的二价以上的离子，请问这是正常的吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2021-4-9 22:52
-neutral 默认是用氯化钠的浓度

作者
Author: 冷血 时间: 2021-4-15 13:49
借楼请教个问题，就是我想用amber想用硫酸根离子(类似的离子)来平衡电荷应该怎样操作呀？看手册好像addions要求是Ions must be monatomic。

作者
Author: 牧生 时间: 2021-4-15 15:40
本帖最后由牧生于 2021-4-15 15:42 编辑

冷血发表于 2021-4-15 13:49
借楼请教个问题，就是我想用amber想用硫酸根离子(类似的离子)来平衡电荷应该怎样操作呀？看手册好像addions ...

gromacs中是这样的gmx insert-molecules -f 硫酸根.gro -ci 需要加入的.gro -nmol 硫酸根个数 -o 输出的.gro

amber的不会

作者
Author: 冷血 时间: 2021-4-15 16:05

牧生发表于 2021-4-15 15:40
gromacs中是这样的gmx insert-molecules -f 硫酸根.gro -ci 需要加入的.gro -nmol 硫酸根个数 -o 输出的.gr ...

好，谢谢，我再研究一下。

作者
Author: panernie 时间: 2021-4-15 19:58

牧生发表于 2021-4-9 22:52
-neutral 默认是用氯化钠的浓度

这个应该是自动添加反点盒吧。氯化钠浓度要-conc 0.15

作者
Author: 牧生 时间: 2021-4-15 20:16

panernie 发表于 2021-4-15 19:58
这个应该是自动添加反点盒吧。氯化钠浓度要-conc 0.15

-neutral 自动加电荷到电中性

-conc 0.15 加入氯化钠浓度到0.15 m

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