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标题: 求助：如何预设MD的计算时长？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2019-11-28 12:22
标题: 求助：如何预设MD的计算时长？
本帖最后由 lao7 于 2020-10-29 16:27 编辑

跑一个体系，四个氨基酸构成的多肽，盒子里肽20个，参与反应的卤化物阴离子219个，水分子22700个，其他还有几百个钠离子中和电荷。想考察通过阴离子通过氢键与肽的氨基残基结合，发生絮凝。不知道要计算多久？我选择的是恒温、恒体积计算。我初步设定300 ns，看看计算倒计时要跑一周多，实在跑不动了。
谢谢各位！

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答案：这个体系一般120ns最合适。

作者
Author: agent99 时间: 2019-11-29 07:04
一周多不算长吧。。。你觉得体系平衡了之后可以随时停掉计算，用现有的数据分析

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Author: lao7 时间: 2019-11-29 14:22

agent99 发表于 2019-11-29 07:04
一周多不算长吧。。。你觉得体系平衡了之后可以随时停掉计算，用现有的数据分析

谢谢！有道理。

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-11-29 15:58

agent99 发表于 2019-11-29 07:04
一周多不算长吧。。。你觉得体系平衡了之后可以随时停掉计算，用现有的数据分析

你好，请问您说的这个停是怎么停的？正常停了不都是白跑了吗？有别的什么命令可在当前状态下停并且保留之前轨迹？

作者
Author: agent99 时间: 2019-11-30 18:59

少年爱吃地三鲜发表于 2019-11-29 01:58
你好，请问您说的这个停是怎么停的？正常停了不都是白跑了吗？有别的什么命令可在当前状态下停并且保留之 ...

怎么会“白跑了”呢。。。你的输入文件里肯定会指定每多少步写一次轨迹啊

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-11-30 19:08

agent99 发表于 2019-11-30 18:59
怎么会“白跑了”呢。。。你的输入文件里肯定会指定每多少步写一次轨迹啊

你说的停掉当前的任务，是如何停的呢？正常我们终止一个任务，不就都没有了么？

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