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标题: 请教，高主频低核数的处理器是否更合适Post-HF计算？ [打印本页]

作者
Author: DoorBell 时间: 2019-11-29 00:44
标题: 请教，高主频低核数的处理器是否更合适Post-HF计算？
例如CCSD(T)计算，感觉如果设置的并行核数太多速度会大幅下降。
个人的理解是CPU可以并行计算，但是硬盘的总读写速度就这么大（譬如说PM961的3G/s），线程一多大家互相争夺IO资源计算也就慢了。譬如说我们这里的8路节点有192核6T内存，但是由于硬盘读写性能的限制，做cc的话大部分的核都得闲着...普通节点192G内存40核，一般也就是能16线程并行，要是40线程并行的话直接卡死...
若是按sob老师推荐的“较好双路服务器推荐配置”，36核满载的话平均一个线程也只能分到3.5G内存（至少印象里ORCA很难用这么少的maxcore来算cc，很容易爆内存），这时候硬盘的读写压力会不会很大而使得降低并行度可以提高计算速度？
所以说是不是如果主要是后HF计算、耦合簇，即使考虑到价格用高主频低核数的CPU也要更合适一些？

刚刚接触计算不到一年，如有说法有误还请各位老师不吝赐教~非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-29 07:51
先明确具体用什么程序，不同程序的情况截然不同，诸如ORCA是MPI并行，内存需求量与并行进程数线性相关，而Gaussian是共享内存并行，则没有这种情况。

高频CPU性价比很低，不要盲目用高主频的。还不如性价比高的CPU多配点内存。

作者
Author: biogon 时间: 2019-11-29 09:31
是的，高频大内存机器跑起来快的多，我用双路6254在36核并行下跑也就比双路8173M在56核并行下跑慢一丁点，还不担心爆内存

作者
Author: DoorBell 时间: 2019-11-29 12:13
本帖最后由 DoorBell 于 2019-11-29 12:24 编辑

sobereva 发表于 2019-11-29 07:51
先明确具体用什么程序，不同程序的情况截然不同，诸如ORCA是MPI并行，内存需求量与并行进程数线性相关，而G ...

谢谢sob老师！
如果买一台服务器主要就是用ORCA和Molpro这两个程序做CCSD(T)（10-20个原子），高斯用的不多，不知道您有什么推荐的吗？
另外感觉如果是CC计算的话，硬盘应该是一个比较大的瓶颈？（用top命令看诸如orca_mdci_mpi进程的状态都是D？）

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-30 03:13

DoorBell 发表于 2019-11-29 12:13
谢谢sob老师！
如果买一台服务器主要就是用ORCA和Molpro这两个程序做CCSD(T)（10-20个原子），高斯用的 ...

上大内存，>=256GB，核数>=36

硬盘问题这里有体现
硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试
http://sobereva.com/397（http://bbs.keinsci.com/thread-7478-1-1.html）
对硬盘速度要求没那么夸张

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