计算化学公社

标题: 如何定量的分析分子中空间位阻的大小？ [打印本页]

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-8-6 14:17
标题: 如何定量的分析分子中空间位阻的大小？
看到一些分析直接用原子间距减掉范德华半径和，得到一个距离来指征，但是我觉得用范德华半径非常不妥，不同分子中用这同一个半径、还当成球，肯定不合适。
有人用NBO的E(2)，但是我个人觉得不大对，不是很确定。

想问有什么合适（最好易于使用）的方法？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-6 19:21
可以计算电子密度0.001等值面的穿透距离，这比起用范德华球更合理，因为体现了电子结构，见此文末尾
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196

另外可以用RDG分析，位阻区域越红位阻越大，定量比较可以用AIM，见：
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

E2并不适合。NBO里面有个steric分析，可以给出每一对儿NLMO之间的位阻能，可以试试。

作者
Author: 虎王 时间: 2015-8-14 14:45
如果要知道分子的动力学直径，有什么简单的办法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-15 02:52

虎王发表于 2015-8-14 14:45
如果要知道分子的动力学直径，有什么简单的办法吗？

最严格做法还是进行分子穿过分子筛的模拟。粗略一些就算范德华直径

作者
Author: zhanghuize 时间: 2017-7-2 16:22
你好，我想咨询一下，如果只是想简单粗略的比较一下空间效应，用什么方法比较好

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-7-3 11:08

zhanghuize 发表于 2017-7-2 16:22
你好，我想咨询一下，如果只是想简单粗略的比较一下空间效应，用什么方法比较好

RDG分析，位阻区域越红位阻越大。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-3 12:08

冰释之川发表于 2017-7-3 11:08
RDG分析，位阻区域越红位阻越大。

值得一提的是，Multiwfn 3.4中支持了RDG域积分，并根据J. Phys. Chem. A, 115, 12983 (2011)的方法可以区分吸引和互斥，对讨论这个可能有用（但方法的普适性没有充分测试），见手册4.200.14节的例子。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2020-9-4 17:29

sobereva 发表于 2015-8-6 19:21
可以计算电子密度0.001等值面的穿透距离，这比起用范德华球更合理，因为体现了电子结构，见此文末尾
使用M ...

AIM是怎么可以定量比较位阻大小的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-5 02:56

15whyhq 发表于 2020-9-4 17:29
AIM是怎么可以定量比较位阻大小的呢？

看临界点位置的sign(lambd2)rho的具体数值

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-5 02:57
再补充一点，可以通过Multiwfn做基于力场的能量分解，计算交换互斥项进行衡量
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）

作者
Author: 任可儿 时间: 2022-5-28 19:33

sobereva 发表于 2017-7-3 12:08
值得一提的是，Multiwfn 3.4中支持了RDG域积分，并根据J. Phys. Chem. A, 115, 12983 (2011)的方法可以 ...

楼主我想问一下问么比较叔丁基，异丙基，苯基，乙基以及环己基位阻大小呢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-29 01:27

任可儿发表于 2022-5-28 19:33
楼主我想问一下问么比较叔丁基，异丙基，苯基，乙基以及环己基位阻大小呢

需要结合具体体系才能说位阻的事。没前提的情况下顶多计算一下基团的范德华体积

作者
Author: 朽木可自雕 时间: 2023-3-5 18:58

sobereva 发表于 2020-9-5 02:57
再补充一点，可以通过Multiwfn做基于力场的能量分解，计算交换互斥项进行衡量
使用Multiwfn做基于分子力场 ...

老师，可以用GKS-EDA中的交换互斥能来定量描述空间位阻吗？

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