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标题: gromacs模拟溶剂环境，有机强酸如何体现酸的电离？ [打印本页]

作者
Author: yuying348 时间: 2019-11-29 09:28
标题: gromacs模拟溶剂环境，有机强酸如何体现酸的电离？
请教老师，用gromacs模拟两种溶剂1.对甲基苯磺酸-乙醇混合溶液，2.对甲基苯磺酸-乙醇-水混合溶液（对甲基苯磺酸是有机强酸，在水中会完全电离）我分别用 packmol建模，采用GAFF力场，RESP电荷，跑完MD两种溶剂几乎看不出差别，对甲基苯磺酸都没有电离。请教老师，对于2号混合溶液，怎么样做可以体现酸的电离？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-29 09:51
注意看清楚板块再发贴，求助帖别发到资源分享子版块，给你移动了

当前体系氢被bond项连着，当然不会在模拟过程中自发解离。应当模拟的是对甲基苯磺酸根和质子化溶剂阳离子

作者
Author: yuying348 时间: 2019-11-29 12:00
谢谢社长。根据您的提示，对于2号溶剂，模拟对甲基苯磺酸根离子，水合氢离子，乙醇三种组分用packmol来建模，对吗？水合氢离子有点特殊，如果用GAFF力场该怎么处理？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-30 03:38

yuying348 发表于 2019-11-29 12:00
谢谢社长。根据您的提示，对于2号溶剂，模拟对甲基苯磺酸根离子，水合氢离子，乙醇三种组分用packmol来建模 ...

不光是水合氢离子，还有可能有质子化的乙醇出现

按照一般拓扑文件规则自己手写，可以用比如在氨气分子基础上进行编辑

作者
Author: yuying348 时间: 2019-12-1 00:10
谢谢社长。

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