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标题: constrain类型的设置求助 [打印本页]

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mjluan    时间: 2019-11-29 10:49
标题: constrain类型的设置求助
请问老师,我想模仿文献中对于mdp文件的设置,对蛋白进行LINCS限制,对水溶剂进行SHAKE限制,我查看了手册,发现只能单一的设置,比如constraint_algorithm = lincs,如果要分开设置,应该怎么写呢?谢谢老师!

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sobereva    时间: 2019-11-29 12:16
GROMACS里用刚性水的时候用的是SETTLE,根本没必要用SHAKE
默认情况下约束就是通过LINCS实现的,唯独对于水用的是SETTLE
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mjluan    时间: 2019-11-29 17:09
sobereva 发表于 2019-11-29 12:16
GROMACS里用刚性水的时候用的是SETTLE,根本没必要用SHAKE
默认情况下约束就是通过LINCS实现的,唯独对于 ...

谢谢老师,您的意思是说如果mdp文件中设置的是constraint_algorithm     = lincs,那么就是对蛋白用了LINCS,对水还是用了SETTLE?
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sobereva    时间: 2019-11-30 03:07
mjluan 发表于 2019-11-29 17:09
谢谢老师,您的意思是说如果mdp文件中设置的是constraint_algorithm     = lincs,那么就是对蛋白用了LIN ...

y
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mjluan    时间: 2019-11-30 09:56
sobereva 发表于 2019-11-30 03:07
y

感谢老师!




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