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标题: 求助：CGenFF产生的GMX用的力场文件.prm和.itp的关系 [打印本页]

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-11-30 22:02
标题: 求助：CGenFF产生的GMX用的力场文件.prm和.itp的关系
本帖最后由 tjuptz 于 2020-8-16 15:43 编辑

如题。另外VMD的topotools插件writegmxtop命令可以准备top文件，官方描述If one or more parameter files (in CHARMM format) are provided, the resulting topology file is suitable for running simulations using the provided parameters. This allows the preparation of systems with CHARMM tools and to run the simulations with gromacs instead. 命令示例如下

package require topotools 1.6
# Load the structure into VMD.
mol new structure.psf
mol addfile structure.pdb
# Pass along a list of parameters to generate structure.top, suitable for preparing gromacs simulations.
topo writegmxtop structure.top [list parameterfile1.prm parameterfile2.prm]
# This would be prepared for simulation using grompp to create a tpr file
# gmx grompp -f simulationsetup.mdp -c structure.pdb -p structure.top -o simulation.tpr

复制代码

请问有人用过上述方法，这个parameterfile1.prm和parameterfile2.prm具体指的是什么文件呢？
注：已解决

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-2 01:48
NAMD的参数文件

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-12-2 06:24

sobereva 发表于 2019-12-2 01:48
NAMD的参数文件

请问对于gromacs模拟而言.prm有用吗？感觉像是给itp打的参数补丁

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-3 07:37

tjuptz 发表于 2019-12-2 06:24
请问对于gromacs模拟而言.prm有用吗？感觉像是给itp打的参数补丁

gmx不直接利用
只是产生拓扑信息的时候有这样的文件才能把参数写进拓扑文件里

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-12-3 19:09
本帖最后由 tjuptz 于 2019-12-3 19:10 编辑

sobereva 发表于 2019-12-3 07:37
gmx不直接利用
只是产生拓扑信息的时候有这样的文件才能把参数写进拓扑文件里

就是在用grompp产生tpr文件的时候？那请问老师对于topotools那个命令中该提供什么样的.prm文件有建议吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-4 06:52

tjuptz 发表于 2019-12-3 19:09
就是在用grompp产生tpr文件的时候？那请问老师对于topotools那个命令中该提供什么样的.prm文件有建议吗 ...

有prm文件的话topo writegmxtop产生的top文件里应当直接就体现了参数。我没试过，更多的我不清楚

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-12-4 11:50

sobereva 发表于 2019-12-4 06:52
有prm文件的话topo writegmxtop产生的top文件里应当直接就体现了参数。我没试过，更多的我不清楚

谢谢老师

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-1-28 18:37

sobereva 发表于 2019-12-4 06:52
有prm文件的话topo writegmxtop产生的top文件里应当直接就体现了参数。我没试过，更多的我不清楚

老师，请问如何获取NAMD用的prm格式的分子文件呢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-29 01:06

tjuptz 发表于 2020-1-28 18:37
老师，请问如何获取NAMD用的prm格式的分子文件呢

我不用NAMD，最好问用NAMD的人

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-1-29 08:24

sobereva 发表于 2020-1-29 01:06
我不用NAMD，最好问用NAMD的人

谢谢老师

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-1-30 23:47

tjuptz 发表于 2020-1-28 18:37
老师，请问如何获取NAMD用的prm格式的分子文件呢

http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-2-3 09:23
本帖最后由 tjuptz 于 2020-2-3 14:03 编辑

fhh2626 发表于 2020-1-30 23:47
http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml

谢谢老师指点，我把力场包里的par_all36_cgenff.prm放到工作目录下，打开pdb后使用命令writegmxtop命令，结果产生top文件为空，去掉[list par_all36_cgenff.prm]可以产生伪top文件，是必须有psf文件吗？

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