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标题: 配体的top文件已爆炸怎么办？ [打印本页]

作者
Author: vandenberg 时间: 2019-12-2 17:39
标题: 配体的top文件已爆炸怎么办？
按照网址 http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/01_pdb2gmx.html的说明，构建了一个蛋白辅酶的配体，用pdb文件看了一下发现已经成星云状，敢问各位大神是怎么回事呀？

附上建好的配体参数文件。
THX

作者
Author: puzhongji 时间: 2019-12-2 17:52
http://research.bmh.manchester.ac.uk/bryce/amber/
这个网站收集了常见的辅因子力场参数，但是其中一些原子命名与我们常见的不一致。
首先通过以下脚本修改原子名
注意NADPH [NPH] NADP+[NAP]  NADH[NAI]  NAD+[NAD] 一定要注意残基名称，[ ]中内容为pdb文件中分子名称，切记一定要修改pdb中的分子名。

我们使用的是Holmberg及其合作者报道的力场参数，参考文献为：
Redesign of the coenzyme specificity in L-lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus using site-directed mutagenesis and media engineering.

下面是NADH 和 NAD+的修改脚本
sed -i "s/C'N1/C1D /g"  nadh.prep
sed -i "s/C'N2/C2D /g"  nadh.prep
sed -i "s/O'N2/O2D /g"  nadh.prep
sed -i "s/C'N3/C3D /g"  nadh.prep
sed -i "s/O'N3/O3D /g"  nadh.prep
sed -i "s/C'N4/C4D /g"  nadh.prep
sed -i "s/O'N4/O4D /g"  nadh.prep
sed -i "s/C'N5/C5D /g"  nadh.prep
sed -i "s/O'N5/O5D /g"  nadh.prep
sed -i "s/OPN1/O1N /g"  nadh.prep
sed -i "s/OPN2/O2N /g"  nadh.prep
sed -i "s/O3P /O3  /g"  nadh.prep
sed -i "s/OPA1/O1A /g"  nadh.prep
sed -i "s/OPA2/O2A /g"  nadh.prep
sed -i "s/O'A5/O5B /g"  nadh.prep
sed -i "s/C'A5/C5B /g"  nadh.prep
sed -i "s/C'A4/C4B /g"  nadh.prep
sed -i "s/O'A4/O4B /g"  nadh.prep
sed -i "s/C'A3/O3B /g"  nadh.prep
sed -i "s/O'A3/C3B /g"  nadh.prep
sed -i "s/C'A2/C2B /g"  nadh.prep
sed -i "s/O'A2/O2B /g"  nadh.prep
sed -i "s/C'A1/C1B /g"  nadh.prep
然后通过tleap验证力场参数是否合适：
source leaprc.protein.ff14SB
source leaprc.gaff2
loadamberparams nad.frcmod
loadamberprep nadh.prep
NADH = loadpdb NADH.pdb
savepdb NADH NADH_params.pdb
saveamberparm NADH NADH.gas.prm7 NADH.gas.rst7
quit
NADH.pdb中可以不添加氢原子，让Amber自己添加。

下面是NADPH 和 NADP的修改脚本
sed -i "s/C'N1/C1D /g"  nadph.prep
sed -i "s/C'N2/C2D /g"  nadph.prep
sed -i "s/O'N2/O2D /g"  nadph.prep
sed -i "s/C'N3/C3D /g"  nadph.prep
sed -i "s/O'N3/O3D /g"  nadph.prep
sed -i "s/C'N4/C4D /g"  nadph.prep
sed -i "s/O'N4/O4D /g"  nadph.prep
sed -i "s/C'N5/C5D /g"  nadph.prep
sed -i "s/O'N5/O5D /g"  nadph.prep
sed -i "s/OPN1/O1N /g"  nadph.prep
sed -i "s/OPN2/O2N /g"  nadph.prep
sed -i "s/O3P /O3  /g"  nadph.prep
sed -i "s/OPA1/O1A /g"  nadph.prep
sed -i "s/OPA2/O2A /g"  nadph.prep
sed -i "s/O'A5/O5B /g"  nadph.prep
sed -i "s/C'A5/C5B /g"  nadph.prep
sed -i "s/C'A4/C4B /g"  nadph.prep
sed -i "s/O'A4/O4B /g"  nadph.prep
sed -i "s/C'A3/O3B /g"  nadph.prep
sed -i "s/O'A3/C3B /g"  nadph.prep
sed -i "s/C'A2/C2B /g"  nadph.prep
sed -i "s/O'A2/O2B /g"  nadph.prep
sed -i "s/C'A1/C1B /g"  nadph.prep
sed -i "s/P'A2/P2B /g"  nadph.prep
sed -i "s/OA22/O1X /g"  nadph.prep
sed -i "s/OA23/O2X /g"  nadph.prep
sed -i "s/OA24/O3X /g"  nadph.prep

将其转为Gromacs力场参数：
https://github.com/ParmEd/ParmEd

# convert AMBER topology to GROMACS, CHARMM formats
amber = pmd.load_file('prmtop', 'inpcrd')
# Save a GROMACS topology and GRO file
amber.save('gromacs.top')
amber.save('gromacs.gro')

http://enzymedesign.cn:7777/file/downfile?fileName=cofactor.zip   链接为我已经修改过的力场参数，如果你没有修改过pdb数据库中这些辅酶的原子名，可以直接拿来用。

作者
Author: vandenberg 时间: 2019-12-2 18:22
回复太快了，太感谢了，我研究一下

作者
Author: vandenberg 时间: 2019-12-10 10:16

puzhongji 发表于 2019-12-2 17:52
http://research.bmh.manchester.ac.uk/bryce/amber/
这个网站收集了常见的辅因子力场参数，但是其中一些 ...

老师好，配体爆炸的的问题已经解决，但是有两个问题有点疑问，
1.我的配体在蛋白中具有一定的构象，是docking进去的，是不是有自己特殊的top，prm，itp参数，因此不能使用别的构象的参数？
2.两个配体的itp文件格式怎么组织呢？是把两个配体的每一个项目例如[ moleculetype ] ，[ atoms ]按顺序写到一起，还是把两个文件按顺序拷贝一下就行了。
谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-15 11:27

vandenberg 发表于 2019-12-10 10:16
老师好，配体爆炸的的问题已经解决，但是有两个问题有点疑问，
1.我的配体在蛋白中具有一定的构象，是do ...

1 参数、拓扑跟构象无关
2
第一个分子的[moleculetype]以及相关的内容写完了再写第二个分子的

作者
Author: vandenberg 时间: 2019-12-15 13:49

sobereva 发表于 2019-12-15 11:27
1 参数、拓扑跟构象无关
2
第一个分子的[moleculetype]以及相关的内容写完了再写第二个分子的

谢谢

作者
Author: xxzj 时间: 2021-10-19 19:46

sobereva 发表于 2019-12-15 11:27
1 参数、拓扑跟构象无关
2
第一个分子的[moleculetype]以及相关的内容写完了再写第二个分子的

老师，我的分子是固体小分子，在低温时npt可以正常进行，但是逐渐升至室温时，无论怎么改mdp参数文件都会发生爆炸，想请问老师应该从哪些方面入手解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-20 02:28

xxzj 发表于 2021-10-19 19:46
老师，我的分子是固体小分子，在低温时npt可以正常进行，但是逐渐升至室温时，无论怎么改mdp参数文件都会 ...

没细节没法说，大概率参数不合理，也可以先减小步长再试

作者
Author: xxzj 时间: 2021-10-20 16:13
本帖最后由 xxzj 于 2021-10-20 16:19 编辑

sobereva 发表于 2021-10-20 02:28
没细节没法说，大概率参数不合理，也可以先减小步长再试

老师，我在进行npt模拟时，都一直出现爆炸的情况，尝试调节步长，温度或压力的时间常数，耦合强度等都没有成功，无论采用哪种方法，统一出现的现象时模拟崩溃前产生很大pdb文件，如下面两个图，用户VMD打开时仅仅是一个一个小点，周围也有一些零散的点，或者右图中将其放大，外面分子出现很多键发生断裂，不是完整的小分子，所以想请问老师应该从哪里入手进行调整？ (, 下载次数 Times of downloads: 18) (, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-21 01:03

xxzj 发表于 2021-10-20 16:13
老师，我在进行npt模拟时，都一直出现爆炸的情况，尝试调节步长，温度或压力的时间常数，耦合强度等都没 ...

你都把ref_t设成了800，怎么是“逐渐升至室温”。速度很快被拉到这么高，很容易崩溃，而且800K的时候这种体系都汽化了

作者
Author: xxzj 时间: 2021-10-21 15:43

sobereva 发表于 2019-12-15 11:27
1 参数、拓扑跟构象无关
2
第一个分子的[moleculetype]以及相关的内容写完了再写第二个分子的

老师，我进行两个分子动力学模拟，一个分子是在室温下进行nvt-npt-md，而另一个分子按照该步骤进行时会出现大量真空，只能从高温逐渐降低至室温然后再进行md模拟，因为最终目的是为了获取相互作用后的分子构型，想请问老师，两种分子采用不同的方式可以放到同一篇文章中吗？还是说无论什么条件都必须要统一

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-22 03:02

xxzj 发表于 2021-10-21 15:43
老师，我进行两个分子动力学模拟，一个分子是在室温下进行nvt-npt-md，而另一个分子按照该步骤进行时会出 ...

看具体是哪两种分子，熔点是多少，从原理上想清楚有没有必要非得用不用的模拟流程
不是一定不能这么干，但模拟流程不符，用来发文章总得有个说得通的道理，审稿人问的时候能回答得有理有据

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