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标题: lammps进行nvt模拟结果诡异 [打印本页]

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2019-12-2 19:14
标题: lammps进行nvt模拟结果诡异
如图，构建了一个固液体系进行模拟，力场参数和结构都是参照文献构建的，在模拟5ns后水分子跑出了盒子，想请教一下各位老师是哪儿出了问题。输入文件的参数如下：
units             metal
dimension          3
boundary          p p p
atom_style       full
bond_style       harmonic
angle_style       harmonic
pair_style       hybrid/overlay lennard/mdf 9.0 10.0 coul/long 9.0
kspace_style       ewald 0.3945
thermo_style custom step  time pe ke etotal enthalpy evdwl ecoul epair emol density
thermo       1000
timestep       0.001  #1fs
fix fShakeSPCE spce shake 0.0001 10 0 b 2 a 2
fix          1 all nve
neighbor       2.0 bin
fix          3 surface temp/rescale 200 300 300 0.5 0.2 #对固体表面控温
fix          4 spce temp/rescale 200 300 300 0.5 0.2  #对水进行控温
dump          1 all custom 1000 md.lammpstraj mol type x y z fx fy fz
run_style    verlet

run          5000000
write_data    md.data
write_restart md.rest
unfix          1
unfix          3
unfix          4
unfix          fShakeSPCE

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-12-2 19:27
只是显示的问题，不用担心，你可以试试用VMD 的pbc wrap命令（但不清楚是否能很好的支持lammps的轨迹文件），一般建议保存成DCD

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2019-12-2 23:03
本帖最后由 Lacrimosa 于 2019-12-2 23:05 编辑

fhh2626 发表于 2019-12-2 19:27
只是显示的问题，不用担心，你可以试试用VMD 的pbc wrap命令（但不清楚是否能很好的支持lammps的轨迹文件） ...

非常感谢!，确实是显示的问题...还想请教您一下,使用pbc wrap之后键的连接会出问题,用vmd可以解决吗? 还是用gmx的trjconv指令来处理呢?

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-12-2 23:43

Lacrimosa 发表于 2019-12-2 23:03
非常感谢!，确实是显示的问题...还想请教您一下,使用pbc wrap之后键的连接会出问题,用vmd可以解决吗? 还 ...

用dynamic bonds的显示方式，配合VDW

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2019-12-3 12:55

fhh2626 发表于 2019-12-2 23:43
用dynamic bonds的显示方式，配合VDW

谢谢老师指导

作者
Author: 灰天皮匠 时间: 2019-12-3 14:52
想请问下楼主为什么要用temp/rescale控温？之前看到有说这种控温方法不太好。

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2019-12-3 17:50

灰天皮匠发表于 2019-12-3 14:52
想请问下楼主为什么要用temp/rescale控温？之前看到有说这种控温方法不太好。

见http://bbs.keinsci.com/thread-15360-1-1.html

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