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标题: 如何从IRC输出文件中读出各个原子电子云或者分子的电荷分布的变化？ [打印本页]

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-12-3 08:24
标题: 如何从IRC输出文件中读出各个原子电子云或者分子的电荷分布的变化？
如题。

小白只会看IRC path 中各个原子间距、角度等随着质权坐标的变化，而不知道能否看到分子的电荷分布或者某几个原子周围的电荷分布随质权坐标的变化情况。不知道IRC的输出文件中哪里能看见呢？

谢谢！

作者
Author: ShuangfeiZhu 时间: 2019-12-3 08:41
http://sobereva.com/199 产生Gaussian的IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具
参考这篇博文能分析IRC每个点的波函数。

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-12-3 20:45
好的谢谢！

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-12-3 23:08

ShuangfeiZhu 发表于 2019-12-3 08:41
http://sobereva.com/199 产生Gaussian的IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具
参考这篇博文能分析IRC每 ...

没有对Gaussian运行环境进行配置。
进入系统-高级系统设置-环境变量，把Gaussian的目录添加进用户的PATH环境变量，并新建GAUSS_EXEDIR环境变量，内容也定义为Gaussian的目录（如D:\study\g09w）。
之后，双击那个bat文件，出现的是：

Search path GAUSS_EXEDIR is ""
: No such file or directory
Calculation of eleNA0006.gjf failed at 2019/12/03 周二 23:05:31.90
Calculating eleNA0007.gjf...
No executable for file l1.exe.

不知道是哪里出问题了呢。

作者
Author: snljty 时间: 2019-12-3 23:18

Kellyyyy 发表于 2019-12-3 23:08
没有对Gaussian运行环境进行配置。
进入系统-高级系统设置-环境变量，把Gaussian的目录添加进用户的PAT ...

建议把你改完环境变量的截图，你的Gaussian安装的文件夹和路径截图都发上来，应该配置错了。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-4 05:15

Kellyyyy 发表于 2019-12-3 23:08
没有对Gaussian运行环境进行配置。
进入系统-高级系统设置-环境变量，把Gaussian的目录添加进用户的PAT ...

明显是GAUSS_EXEDIR环境变量没生效
重启机子，如果还不行，说明没改对位置

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-12-4 08:30

snljty 发表于 2019-12-3 23:18
建议把你改完环境变量的截图，你的Gaussian安装的文件夹和路径截图都发上来，应该配置错了。

解决了，就是把GAUSS输入成了GAUSSIAN了。。。

谢谢提醒！

不过感觉计算的速度很慢啊。

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-12-4 08:32

sobereva 发表于 2019-12-4 05:15
明显是GAUSS_EXEDIR环境变量没生效
重启机子，如果还不行，说明没改对位置

嗯嗯，谢谢。

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-12-4 12:14

sobereva 发表于 2019-12-4 05:15
明显是GAUSS_EXEDIR环境变量没生效
重启机子，如果还不行，说明没改对位置

那为什么双击了那个bat文档之后，并没有实现批量计算呢？虽然命令提示符里面还在显示calculating ...gjf，但是我看到0001的out文件中已经出现normal termination了。0002并没有接着再算。这是不是有什么问题呢？

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-12-4 12:28

sobereva 发表于 2019-12-4 05:15
明显是GAUSS_EXEDIR环境变量没生效
重启机子，如果还不行，说明没改对位置

如果出了一点问题的话，如何让后台停止运行啊？
需要在哪输入什么指令呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-5 12:49

Kellyyyy 发表于 2019-12-4 12:14
那为什么双击了那个bat文档之后，并没有实现批量计算呢？虽然命令提示符里面还在显示calculating ...gjf ...

学点dos批处理脚本常识，自然就知道怎么回事了，仔细看
从高斯windows下的批量执行谈dos批处理文件
http://sobereva.com/6

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-5 12:49

Kellyyyy 发表于 2019-12-4 12:28
如果出了一点问题的话，如何让后台停止运行啊？
需要在哪输入什么指令呢？

直接关了窗口

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-5 12:49

Kellyyyy 发表于 2019-12-4 08:30
解决了，就是把GAUSS输入成了GAUSSIAN了。。。

谢谢提醒！

如果输入文件里没写用的核数，默认用单核，除非你把含有-P-的Default.Rou文件放到当前目录，这样才会在计算过程中被读取

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-12-9 11:56
哦哦，谢谢。
就是算出来的结果出现error:
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 0.0000, after 0.0000

这是怎么回事呢？

另外输出的文件可以直接用VMD打开吗？
为什出现这样的情况呢？
(, 下载次数 Times of downloads: 28)

作者
Author: snljty 时间: 2019-12-9 13:39

Kellyyyy 发表于 2019-12-9 11:56
哦哦，谢谢。
就是算出来的结果出现error:
Annihilation of the first spin contaminant:

首先说一句，路径反斜线\会被转义，应该写两个\代表\。
VMD当然不能直接读Gaussian私有的二进制文件。想用vmd看轨道用formchk把chk转成fch(k)文件，用Multiwfn主功能200自功能3导出想看轨道的格点文件cub，用VMD载入或者直接用Multiwfn附带文件里的showorb.vmd或者showcub.vmd脚本加载。

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-12-10 10:10
哦哦，原来必须得是fchk啊。
我参照sob老师的http://sobereva.com/199 博文在自己电脑上生成的只有chk和out文档（大约有两百多个），请问如何用自带的windows系统上的高斯软件（高斯09 D01）把得到的所有chk文件打包式地转化为fchk文件啊？指令需要怎么输入呢还是说有别的插件？

麻烦解答一下，谢谢！

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-12-10 10:10

snljty 发表于 2019-12-9 13:39
首先说一句，路径反斜线\会被转义，应该写两个\代表\。
VMD当然不能直接读Gaussian私有的二进制文件。想 ...

因为感觉一个一个转实在是太麻烦了

作者
Author: snljty 时间: 2019-12-10 11:22

Kellyyyy 发表于 2019-12-10 10:10
哦哦，原来必须得是fchk啊。
我参照sob老师的http://sobereva.com/199 博文在自己电脑上生成的只有chk和o ...

卢老师的博文都有，我忘了是哪篇了。
Win10为例，双击计算机，右键单击属性，点高级系统设置，环境变量，在上面的或者下面的任何一个PATH(下面就行)里面点编辑，新建一个路径，输入g09.exe所在的目录(不包括g09.exe)，然后再新建一个叫GAUSS_EXEDIR的变量，也写上刚才的路径。做完了后就可以命令行调用formchk.exe了。g16类似。Linux下原理一样，只要你安装没问题上面的应该是已经配置好的。
在想要处理的目录，打开一个命令行窗口，写

for /r . %i in (*.chk) do formchk %i %~ni.fch

复制代码

回车就行了。或者把上面命令存成文本，改名叫.bat，双击批处理。好像批处理要把%换成%%。

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-12-10 15:44

snljty 发表于 2019-12-10 11:22
卢老师的博文都有，我忘了是哪篇了。
Win10为例，双击计算机，右键单击属性，点高级系统设置，环境变量 ...

嗯嗯，在同一篇博文里找到了。谢谢！
就是算出来的结果出现error:
out文件中显示：
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 0.0000, after 0.0000

这是怎么回事呢？

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-12-10 15:53

snljty 发表于 2019-12-10 11:22
卢老师的博文都有，我忘了是哪篇了。
Win10为例，双击计算机，右键单击属性，点高级系统设置，环境变量 ...

还有就是VMD依然打不开fch文件呀。
(, 下载次数 Times of downloads: 29)

这又是什么原因呢

作者
Author: snljty 时间: 2019-12-10 18:19

Kellyyyy 发表于 2019-12-10 15:53
还有就是VMD依然打不开fch文件呀。

我没说VMD能打开fch啊，不是说了先用Multiwfn生成轨道格点文件嘛。

作者
Author: snljty 时间: 2019-12-10 18:22

Kellyyyy 发表于 2019-12-10 15:44
嗯嗯，在同一篇博文里找到了。谢谢！
就是算出来的结果出现error:
out文件中显示：

error完整信息是什么？

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-12-10 23:17

snljty 发表于 2019-12-10 18:22
error完整信息是什么？

Rotational constants (GHZ):    1.2902019    0.5685601    0.4466162
Standard basis: 6-311++G(d,p) (5D, 7F)
There are 337 symmetry adapted cartesian basis functions of A symmetry.
There are 327 symmetry adapted basis functions of A symmetry.
327 basis functions, 505 primitive gaussians, 337 cartesian basis functions
49 alpha electrons    49 beta electrons
   nuclear repulsion energy    759.2927058887 Hartrees.
NAtoms= 23 NActive= 23 NUniq= 23 SFac= 1.00D+00 NAtFMM= 60 NAOKFM=F Big=F
Integral buffers will be 262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis= 327 RedAO= T EigKep=  1.60D-05  NBF= 327
NBsUse= 327 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU= 327
ExpMin= 3.60D-02 ExpMax= 9.34D+04 ExpMxC= 3.17D+03 IAcc=3 IRadAn=       5 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor=  402 and IRadAn=    5 diagonalized for initial guess.
HarFok:  IExCor=  402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=       5 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT=  3500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=          0 FMFlag=    100000 FMFlg1=          0
      NFxFlg=          0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
      wScrn=  0.000000 ICntrl=    500 IOpCl=  0 I1Cent= 200000004 NGrid=          0
      NMat0= 1 NMatS0=    1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
Petite list used in FoFCou.
Initial guess <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 0.0000 S= 0.0000
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on          energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -1199.97032848    A.U. after 18 cycles
         NFock= 18  Conv=0.42D-08    -V/T= 2.0023
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 0.0000 S= 0.0000
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation    0.0000, after    0.0000

然后是 Population analysis using the SCF density.

最后显示：
Input section not terminated by blank line.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l9999.exe

（这是算的IRC过程中每个态对应的能量及轨道分布）

你看看这是什么问题呢？IRC整个跑出来是没问题的。

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-12-10 23:18

snljty 发表于 2019-12-10 18:19
我没说VMD能打开fch啊，不是说了先用Multiwfn生成轨道格点文件嘛。

好的，我尽快试一下。

作者
Author: snljty 时间: 2019-12-10 23:18

Kellyyyy 发表于 2019-12-10 23:17
Rotational constants (GHZ): 1.2902019 0.5685601 0.4466162
Standard basis: 6-311++ ...

输入文件最后空两行试试....

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-12-11 09:21

snljty 发表于 2019-12-10 23:18
输入文件最后空两行试试....

本来全部都空了两行啊

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