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标题: 求助：DSSP中蛋白质二级结构的编码 [打印本页]

作者
Author: jackie 时间: 2019-12-3 13:56
标题: 求助：DSSP中蛋白质二级结构的编码

Gromacs程序中使用DSSP方法来分析蛋白质二级结构生成两个文件：scount.xvg and ss.xpm。scount.xvg文件里的内容如下加粗斜体文字，其中的：s0 legend "Structure"、 s4 legend "Bend"、 s5 legend "Turn"分别表示什么二级结构？其分别对应ss.xpm文件中二级结构的简单英文字母的二级结构编码分别是什么？

# Command line:
# gmx do_dssp -s md.tpr -f md_nopbc.xtc
# gmx do_dssp is part of G R O M A C S:
#
@ s0 legend "Structure"
@ s1 legend "Coil"
@ s2 legend "B-Sheet"
@ s3 legend "B-Bridge"
@ s4 legend "Bend"
@ s5 legend "Turn"
@ s6 legend "A-Helix"
@ s7 legend "5-Helix"
@ s8 legend "3-Helix"
   0 239 56 57    2 45 51 129    0 21
   100 240 64 56    2 40 52 130    0 17
   200 244 56 58    2 39 54 130    0 22

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-4 04:56
Structure = A-Helix + B-Sheet + B-Bridge + Turn
turn看https://en.wikipedia.org/wiki/Turn_(biochemistry)

作者
Author: 随风 时间: 2020-10-20 13:45
您好，请问一下，你这个是怎么计算的呢

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-10-20 13:57

随风发表于 2020-10-20 13:45
您好，请问一下，你这个是怎么计算的呢

第二行那么大个命令

作者
Author: 随风 时间: 2020-10-21 14:28
谢谢了，您好，我想请问一下dssp这个程序装在超算上的话，直接把安装包上传就可以吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-1 13:57

随风发表于 2020-10-21 14:28
谢谢了，您好，我想请问一下dssp这个程序装在超算上的话，直接把安装包上传就可以吗

没有安装包。就直接把可执行文件上传上去就完了。

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