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标题: Multiwfn可否针对Gromacs的结果进行IR、氢键可视化分析？ [打印本页]

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Author: lao7 时间: 2019-12-3 17:28
标题: Multiwfn可否针对Gromacs的结果进行IR、氢键可视化分析？
本帖最后由 lao7 于 2019-12-3 17:43 编辑

用Gromacs运行了几十个肽和阴离子相互作用的动力学，两者通过氢键结合。想用Multiwfn分析其结果，遇到两个棘手问题：1、能否用Multiwfn统一分析体系内生成的氢键，进一步可视化显示主要氢键在肽上的位点？（我注意到之前的帖子：http://sobereva.com/186，但这个分析中体系内就一个有机体系，而不是多个肽对多个阴离子）
2、如何用Multiwfn进一步分析Gromacs产生的IR图？
3、下面这幅图是截自于论文，请问这幅图怎么绘制出来的？我记得之前第一届培训班讲过。
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谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-4 05:28
1、2 Multiwfn没有这种功能。分析氢键靠VMD灵活的tcl脚本和自带的氢键分析命令就可以实现

3 没有上下文没法说。貌似是对轨迹进行SASA和氢键分析，然后通过自己的程序整理成散点分布，然后再显示成密度图。

作者
Author: lao7 时间: 2019-12-4 17:54

sobereva 发表于 2019-12-4 05:28
1、2 Multiwfn没有这种功能。分析氢键靠VMD灵活的tcl脚本和自带的氢键分析命令就可以实现

3 没有上下文 ...

针对第三个问题的追问，你说的很对。
我记得第一届分子动力学培训，您说过这个内容（提到过最大的氢键分析）？我自从参加过培训班，现在才开始用gromacs。忘完了！哪里有教学内容我参照一下这个图形的做法？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-5 12:46

lao7 发表于 2019-12-4 17:54
针对第三个问题的追问，你说的很对。
我记得第一届分子动力学培训，您说过这个内容（提到过最大的氢键分 ...

培训中，均相体系模拟、蛋白质的模拟、蛋白质-配体复合物的模拟、核酸的模拟中都用了gmx hbond命令，是专门分析氢键的。

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