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标题: 求助聚合物和小分子作用模拟的初始结构如何构建问题 [打印本页]

作者
Author: wdali 时间: 2019-12-4 15:29
标题: 求助聚合物和小分子作用模拟的初始结构如何构建问题
各位老师好，我是MS的新手，想要模拟聚合物和小分子的相互作用。
现在我已经可以构造一个三维周期性条件的聚合物结构。接下来就是要构造模拟的初始体系。
根据文献的描述“The microplastics-SMT systems include the polymer chains, one SMT molecule, and a vacuum layer (60 Å) ”，如下图所示。

我的问题是，我应该通过什么样的方式给这个聚合物结构加上这个真空层？我看了很多教程，现在的理解是，需要先构造一个surface,在这个surface上利用Build vacuum slab加上真空层。如果是这样的话，那么surface是不是用cleave surface来实现呢？或者，是否有办法就构造一个有surface的聚合物结构呢？可能我想的也不对，希望大家能够指点迷津，非常感谢各位。

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（文献中分子模拟的初始体系）

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-5 05:02
用ac建个扁平的充满聚合物分子的盒子，然后直接改大z方向晶胞尺寸，真空区就出来了

作者
Author: wdali 时间: 2019-12-5 08:46

sobereva 发表于 2019-12-5 05:02
用ac建个扁平的充满聚合物分子的盒子，然后直接改大z方向晶胞尺寸，真空区就出来了

谢谢您，我先去试试。

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