计算化学公社

标题: 求助：ONIOM加溶剂模型时内存不够用 [打印本页]

作者
Author: 霜晨月 时间: 2019-12-4 15:39
标题: 求助：ONIOM加溶剂模型时内存不够用
我用ONIOM计算一个酶-底物复合物，做的是几何优化，酶只有三百个残基。因为催化位点是暴露在酶的表面，受溶剂影响可能较大，所以加了隐式溶剂。但计算没多久就出错，看样子是溶剂模型占用内存太大导致的。
关键词：# opt oniom(m062x/6-31g(d,p) em=gd3:amber) scrf=(smd,solvent=water,oniompcm=x) geom=connectivity
报错：
AMBER calculation of energy and first derivatives.
------------------------------------------------------------------------------
Atomic radii for non-electrostatic terms: SMD-CDS.
------------------------------------------------------------------------------
Out-of-memory error in routine PCMMM2 (IEnd= 73926278707 MxCore= 7514372758)
Use %mem=70504MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e in /xxxx/g16/g16/l402.exe at Wed Dec 4 14:45:47 2019.
参考了网上的一些建议，将scrf=oniompcm=x改为scrf=oniompcm=c，结果一样，报错给出的内存需求量也并没有减小。

我把SMD溶剂模型改为IEFPCM，也是这个报错，不过这时说的是
Use %mem=42518MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
可是我分配给任务的内存是56GB，任务中止之后，系统的空闲内存也有49GB，比任务要求的内存还大，为什么还是报错呢？

请教一下各位老师，有没有什么解决方法？论坛上搜到不少ONIOM的帖子，但好像没看见有谁遇到这个问题，是不是我的设置有问题（或者大家的服务器内存都超级大）

作者
Author: puzhongji 时间: 2019-12-4 15:43
论文里都是用显示水的。

作者
Author: 霜晨月 时间: 2019-12-4 15:46

puzhongji 发表于 2019-12-4 15:43
论文里都是用显示水的。

加一层显式水（用MM计算）就不用外加隐式溶剂了吗？

作者
Author: puzhongji 时间: 2019-12-4 16:02
本帖最后由 puzhongji 于 2019-12-4 16:06 编辑

看看论文，看到后的文章给我分享下。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-5 04:48
原子数非常多的时候，用隐式溶剂模型会导致耗时暴增，几乎没法算
暴露的区域加显式水，之后就不用隐式溶剂模型了
要么把计算的模型取小一点，只保留底物附近一圈残基，这时候用隐式溶剂模型也能算

作者
Author: 霜晨月 时间: 2019-12-5 09:00

sobereva 发表于 2019-12-5 04:48
原子数非常多的时候，用隐式溶剂模型会导致耗时暴增，几乎没法算
暴露的区域加显式水，之后就不用隐式溶剂 ...

好的，多谢社长

作者
Author: zdd 时间: 2021-12-20 20:54
你好，我发现你用到的溶剂化方法是smd模型和oniompcm联用，即scrf=(smd,solvent=water,oniompcm=x)。想问一下这样写的依据是什么呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-24 01:59

zdd 发表于 2021-12-20 20:54
你好，我发现你用到的溶剂化方法是smd模型和oniompcm联用，即scrf=(smd,solvent=water,oniompcm=x)。想问一 ...

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