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标题: chemshell用amber力场二面角报错该怎么改，分子中存在共线的三键 [打印本页]

作者
Author: sqpc 时间: 2019-12-4 16:34
标题: chemshell用amber力场二面角报错该怎么改，分子中存在共线的三键
本帖最后由 sqpc 于 2019-12-4 16:38 编辑

unexpected torsion connectivity
param: connectivity pattern for atom sequence 65 66 67 68 :
0 0 0
1 0
1
does not match any recognised for a improper torsion
param: JUNCTION STATUS OF atom sequence 65 66 67 68 :
0 0 0 0
param: QC STATUS OF atom sequence 65 66 67 68 :
0 0 0 0
param.c: Error adding AMBER FF parameter cosine dihedral

这种错误貌似还挺常见的，谢谢大家！

作者
Author: 找雷 时间: 2020-8-18 17:58
老师，能否分享下程序吗

作者
Author: chenjinfeng850 时间: 2020-8-18 18:35
试一下在你chemshell的输入脚本中，加入
add_connection coords = *.c i=65 j=66
chemshell之前的论坛上有问过这个问题
https://www.chemshell.org/node/25

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