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标题: Gromacs能否取出多少距离以内的构型 [打印本页]

作者
Author: Yoghurt 时间: 2019-12-4 16:49
标题: Gromacs能否取出多少距离以内的构型
请问大家，如果关注的是小分子在蛋白内的光学性质，用GROMACS跑完动力学，如何能取出小分子所在一定范围内，比如5埃之内的构型呢？主要是考虑到这个距离以外的原子对分子性质影响不大。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-4 17:09
用VMD的within语句进行选择，然后保存结构文件。参看
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-12-4 20:31
库伦力哭晕在厕所

作者
Author: puzhongji 时间: 2019-12-4 22:16
我常用的方法, AmberTools
cpptraj
parm start-structure.pdb
trajin trj.pdb
reference start-structure
strip !(:LIG<:5.0)
trajout with5A.pdb
run
quit

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