计算化学公社

标题: 真香：优化w值的optDFTw上传到linux系统可以直接用吗？ [打印本页]

作者
Author: Babily777 时间: 2019-12-4 18:29
标题: 真香：优化w值的optDFTw上传到linux系统可以直接用吗？
我想要优化WB97XD里的W值，网上下载到sob老师的很厉害的optDFTw。http://sobereva.com/346 解压之后上传到平时做计算的平台

对于帖子中写到的“在template.gjf准备好后直接启动optDFTw就可以进行对w的优化。”不是很理解，怎么启动？用什么命令？
多谢指教！

作者
Author: Babily777 时间: 2019-12-4 18:34
直接输入 optDFTw *.gjf，得到的结果是：./optDFTw: Permission denied

作者
Author: snljty 时间: 2019-12-4 18:40

Babily777 发表于 2019-12-4 18:34
直接输入 optDFTw *.gjf，得到的结果是：./optDFTw: Permission denied

chmod +x optDFTw

作者
Author: Babily777 时间: 2019-12-4 19:09

snljty 发表于 2019-12-4 18:40
chmod +x optDFTw

非常感谢，可以运行了！然后出错了。。。
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit -5, file Internal List-Directed Read
Image             PC             Routine          Line       Source
optDFTw          000000000048061A  Unknown             Unknown  Unknown
optDFTw          000000000047F116  Unknown             Unknown  Unknown
optDFTw          00000000004417B0  Unknown             Unknown  Unknown
optDFTw          000000000040B75E  Unknown             Unknown  Unknown
optDFTw          000000000040AC9F  Unknown             Unknown  Unknown
optDFTw          000000000042035B  Unknown             Unknown  Unknown
optDFTw          000000000041EB2E  Unknown             Unknown  Unknown
optDFTw          0000000000402D39  Unknown             Unknown  Unknown
optDFTw          0000000000402A9C  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00002B9A4E4F0B35  Unknown             Unknown  Unknown
optDFTw          0000000000402999  Unknown             Unknown  Unknown

作者
Author: snljty 时间: 2019-12-4 19:14

Babily777 发表于 2019-12-4 19:09
非常感谢，可以运行了！然后出错了。。。
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit ...

上传输入文件，格式应该有问题。

作者
Author: Babily777 时间: 2019-12-4 19:54

snljty 发表于 2019-12-4 19:14
上传输入文件，格式应该有问题。

每个小时只能发三个帖子，我被限制了。。。
我的输入文件是
%mem=24GB
%nprocshared=12
# wb97xd/6-31g(d,p)

我查阅了论坛里的其他帖子，说是要把optDFTw放在gaussian安装的目录下，这是必须的吗？如果是，我想请教一下我怎么看我们计算平台上的gaussian安装在哪里呢？非常感谢！

作者
Author: snljty 时间: 2019-12-4 20:00

Babily777 发表于 2019-12-4 19:54
每个小时只能发三个帖子，我被限制了。。。
我的输入文件是
%mem=24GB

不需要，但是你的g09或者g16得在$PATH里。就是终端输入g09或者g16得找得着命令。$GAUSS_EXEDIR这个路径也要正确设置。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2019-12-4 20:44
本帖最后由冰释之川于 2019-12-4 20:47 编辑

在template.gjf准备好后直接启动optDFTw就可以进行对w的优化。Brent优化算法需要给定初始的w范围以及初猜，给得越合适越可能用较少步数收敛，范围一定要能够把实际的w值囊括在此范围中。默认的w下限是0.05（不能写0，否则Gaussian没法运行），默认上限是0.6（一般足够大了），默认的w收敛限是0.0001，默认的初猜值是上下限的中间值。如果要自己设这些参数，需要以命令行方式运行，即：
optDFTw [下限] [上限] [初猜] [收敛限]
没设的参数会自动用默认值。迭代次数上限是100，如果要改的话需要改源代码里的maxit参数。

——以上内容均摘自《优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw》http://sobereva.com/346

作者
Author: 冰释之川 时间: 2019-12-4 20:48

Babily777 发表于 2019-12-4 19:54
每个小时只能发三个帖子，我被限制了。。。
我的输入文件是
%mem=24GB

把optDFTw放在工作目录下(与template.gjf模板文件处于同一目录即可)

作者
Author: Babily777 时间: 2019-12-4 21:14

冰释之川发表于 2019-12-4 20:48
把optDFTw放在工作目录下(与template.gjf模板文件处于同一目录即可)

谢谢！我写了一个sub文件成功把我的任务算上啦！
我想请问一下，我可以在template.gjf 中加入溶剂在有溶剂的情况下优化我的W吗？
比如scrf=(solvent=generic,read)
谢谢！

作者
Author: 冰释之川 时间: 2019-12-4 22:02

Babily777 发表于 2019-12-4 21:14
谢谢！我写了一个sub文件成功把我的任务算上啦！
我想请问一下，我可以在template.gjf 中加入溶剂在有溶 ...

可以

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-5 04:43

Babily777 发表于 2019-12-4 21:14
谢谢！我写了一个sub文件成功把我的任务算上啦！
我想请问一下，我可以在template.gjf 中加入溶剂在有溶 ...

一般不建议在溶剂模型下优化w，而应当真空下优化w，哪怕最终是要用于溶剂环境中的计算

作者
Author: Babily777 时间: 2019-12-5 16:05

sobereva 发表于 2019-12-5 04:43
一般不建议在溶剂模型下优化w，而应当真空下优化w，哪怕最终是要用于溶剂环境中的计算

如您所说，加了溶剂之后读取输入文件时就报错了：
Using the following non-standard input for PCM:
1 2 1.0 3 2.0 27 1.0
------------------------------------------------------------------------------
The following wrong keyword(s) have been found:

1.0
------------------------------------------------------------------------------
Error termination via Lnk1e in /home/scicons/Gaussian09.D01/l301.exe at Thu Dec 5 14:22:06 2019.

您看还能拯救一下吗？
我用没加溶剂优化出来的W（12.09）计算了后续激发态的能量，结果和文献报道的差距还挺大的。
scrf=(solvent=generic,read)
eps=3

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-5 17:17

Babily777 发表于 2019-12-5 16:05
如您所说，加了溶剂之后读取输入文件时就报错了：
Using the following non-standard input for PCM:
...

别写solvent=generic

作者
Author: zhangwenyu 时间: 2023-9-29 15:50
本帖最后由 zhangwenyu 于 2023-9-29 16:03 编辑

snljty 发表于 2019-12-4 20:00
不需要，但是你的g09或者g16得在$PATH里。就是终端输入g09或者g16得找得着命令。$GAUSS_EXEDIR这个路径也 ...

老师您好，我也看了关于sob老师的推送http://sobereva.com/346，但是对于其中“Windows下运行之前需要在系统中添加GAUSS_EXEDIR环境变量使之指向g09.exe或g16.exe所在目录，并且在PATH环境变量里也添加这个目录，使得能通过命令行方式顺利调用Gaussian。”这项操作困扰了很久，我也出现了相同的问题，如图。也发现您也说了这个问题，但是我还是不太懂这个怎么设置，麻烦您能不能详细说一下。真的是刚刚入手计算化学，一个人成长太难了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-30 06:54

zhangwenyu 发表于 2023-9-29 15:50
老师您好，我也看了关于sob老师的推送http://sobereva.com/346，但是对于其中“Windows下运行之前需要在 ...

哪来的什么LC-wPEB
关键词先写对了再说，跟optDFTw没半点关系

作者
Author: zhangwenyu 时间: 2023-10-4 08:45

sobereva 发表于 2023-9-30 06:54
哪来的什么LC-wPEB
关键词先写对了再说，跟optDFTw没半点关系

[url=]sob老师您好，真抱歉假期还要打扰您。我是参考这个模板创建的[/url]

，好像就是少了一个空格，我换了之后再运行也是这样的情况

(, 下载次数 Times of downloads: 27)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-4 14:32

zhangwenyu 发表于 2023-10-4 08:45
sob老师您好，真抱歉假期还要打扰您。我是参考这个模板创建的，好像就是少了一个空格，我换了之后再 ...

提示写得很清楚了，程序要读取的template.gjf不存在。自行检查路径

作者
Author: zhangwenyu 时间: 2023-10-4 17:05

sobereva 发表于 2023-10-4 14:32
提示写得很清楚了，程序要读取的template.gjf不存在。自行检查路径

老师您好，我相应的修改好了模板文件，运行之后，出现了这样情况，我猜想是环境变量设置的问题，我找了相关的介绍，但这个我不太清楚怎么设置，已经困扰好长时间了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-5 06:57

zhangwenyu 发表于 2023-10-4 17:05
老师您好，我相应的修改好了模板文件，运行之后，出现了这样情况，我猜想是环境变量设置的问题，我找了相 ...

提示得非常清楚，g16命令找不到，显然是g16没正确安装所致

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

作者
Author: 小韩 时间: 2024-9-6 17:28

Babily777 发表于 2019-12-4 21:14
谢谢！我写了一个sub文件成功把我的任务算上啦！
我想请问一下，我可以在template.gjf 中加入溶剂在有溶 ...

你好我想请教一下您sub文件是怎么写的，我写了一个sge文件但是每次通上去不一会就Eqw了

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