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标题: CH3Br+OH(-)反应的过渡态 [打印本页]

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Author: Phil宏爷 时间: 2015-8-9 15:55
标题: CH3Br+OH(-)反应的过渡态
一个很简单的Sn2反应 CH3Br + OH(-) → CH3OH + Br(-)，一直得不到正确的过渡态。能正常收敛得到的结果，振动方式也不是C原子在振动，求助各位老师。附上我自己的输入文件，QST2方法，选用的b3lyp/6-311++G(d)基组。麻烦各位老师帮我看一下，谢谢！ (, 下载次数 Times of downloads: 24)
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Author: sobereva 时间: 2015-8-9 16:15
这个简单的过程不太建议用QST2，直接用opt=TS的话初猜结构便于自己把握
而且由于体系很小，可以用calcall加大找到正确过渡态的几率。

手头的CH4 + F- -> CH3F + H-的过渡态搜索的文件供你参考

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Author: liyuanhe211 时间: 2015-8-9 18:02
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-8-9 18:07 编辑

你的QST2的输入文件里反应物和产物根本就没有优化（或优化的不对），做QST2没有任何意义。
QST2的两个起始输入必须是最低点，请阅读：http://sobereva.com/44
用一样的水平opt了一下你的反应物(到minimum)，发现是不收敛的（还远着呢）：（最下面是每次SCF结束后的能量，右下角是四个收敛标准，虚线为收敛限）
(, 下载次数 Times of downloads: 37)

以及一点个人的建议，不要起“zhhg20150729CH3Br03.chk”这样难于查找的名字，日期和姓名在文件的属性里都有，按相应属性排序比写在文件名里好得多。

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Author: Phil宏爷 时间: 2015-8-9 19:06

sobereva 发表于 2015-8-9 16:15
这个简单的过程不太建议用QST2，直接用opt=TS的话初猜结构便于自己把握
而且由于体系很小，可以用calcall ...

谢谢sob老师，我试过TS方法了，依然也得不到心目中的正确结果，可以正常结束，但是振动方向不对，和QST2方法的结果是一样的。

作者
Author: Phil宏爷 时间: 2015-8-9 19:07

liyuanhe211 发表于 2015-8-9 18:02
你的QST2的输入文件里反应物和产物根本就没有优化（或优化的不对），做QST2没有任何意义。
QST2的两个起始 ...

首先谢谢老师的建议。其次，我还是量化菜鸟，对于收敛不收敛不太清楚具体，不过我老师都是说可以正常结束即可，在qst2中，各个分子都是优化过的，不过依然得不到心目中的结果。。不知能不能麻烦您帮我做一下，感激不尽！

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Author: liyuanhe211 时间: 2015-8-9 19:15

Phil宏爷发表于 2015-8-9 19:07
首先谢谢老师的建议。其次，我还是量化菜鸟，对于收敛不收敛不太清楚具体，不过我老师都是说可以正常结束 ...

要让别人算请找Sob算，参阅http://www.keinsci.com/services.html

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Author: sobereva 时间: 2015-8-9 19:56

Phil宏爷发表于 2015-8-9 19:07
首先谢谢老师的建议。其次，我还是量化菜鸟，对于收敛不收敛不太清楚具体，不过我老师都是说可以正常结束 ...

近期一直在忙着弄培训班的事，如果反复搞不定到时候有空我再帮你算这个

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Author: Phil宏爷 时间: 2015-8-9 21:49

sobereva 发表于 2015-8-9 19:56
近期一直在忙着弄培训班的事，如果反复搞不定到时候有空我再帮你算这个

好的，谢谢sob老师。我接着做，如果依然找不到正确的振动方向，那到时候估计就得麻烦您了。

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Author: Phil宏爷 时间: 2015-8-9 21:49

liyuanhe211 发表于 2015-8-9 19:15
要让别人算请找Sob算，参阅http://www.keinsci.com/services.html

好的，谢谢！

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Author: 978142355 时间: 2015-8-13 10:26
我用B3LYP/6-311++G(d)优化出来的过渡态没有成功，但是用HF/6-31+G(d)优化出来一个过渡态结构，且过渡态两边都符合反应物和产物的需求。
我也尝试用小方法/基组的结构为基础再用大方法/基组进行过渡态寻找，可是结构就跑了。。。。。。。。。。。

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Author: Phil宏爷 时间: 2015-8-13 11:07

978142355 发表于 2015-8-13 10:26
我用B3LYP/6-311++G(d)优化出来的过渡态没有成功，但是用HF/6-31+G(d)优化出来一个过渡态结构，且过渡态两 ...

谢谢，我刚刚试过了这个基组，的确可以做出来，再次感谢！

作者
Author: 978142355 时间: 2015-8-13 18:53
但是这样问题并没有解决啊，为什么大方法/基组就不行呢？大方法/基组找过渡态的时候，-OH就跑了，但是Br-是正常的，通过小方法/基组至少是发现羟基中的氢元素与C不是在一条直线的。同求问题解决方法以及大方法/基组不行的原因。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-8-13 19:29

978142355 发表于 2015-8-13 18:53
但是这样问题并没有解决啊，为什么大方法/基组就不行呢？大方法/基组找过渡态的时候，-OH就跑了，但是Br-是 ...

以前也遇到过类似的现象，打算试一下。

作者
Author: 978142355 时间: 2015-8-13 19:32

liyuanhe211 发表于 2015-8-13 19:29
以前也遇到过类似的现象，打算试一下。

我也得反思一下，以前做了几次老师留的作业，都是用小方法/基组做的，所以没遇到这种情况，今天用了相对大的方法/基组，本以为结果会更好，但事实是与实际偏差更大。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-8-13 19:35

978142355 发表于 2015-8-13 19:32
我也得反思一下，以前做了几次老师留的作业，都是用小方法/基组做的，所以没遇到这种情况，今天用了相对 ...

单纯用“小”和“大”来描述是不全面的，遇到过某个方法-基组不行，朝两个方向改变方法或基组都可以解决问题，使用类似计算量的其他方法有时也是可以的，但不知原因。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-8-13 19:35

Phil宏爷发表于 2015-8-13 11:07
谢谢，我刚刚试过了这个基组，的确可以做出来，再次感谢！

用HF得到的过渡态（尤其是其能量）几乎不会被接受，建议尝试一下其他的泛函。我有空也会试一下。

作者
Author: 978142355 时间: 2015-8-13 19:45
哦，不是“大”与“小”的问题，而是方法/基组用在这个特定的体系中不管用是吧？

作者
Author: Phil宏爷 时间: 2015-8-14 16:49

liyuanhe211 发表于 2015-8-13 19:35
用HF得到的过渡态（尤其是其能量）几乎不会被接受，建议尝试一下其他的泛函。我有空也会试一下。

谢谢，我这边用HF做出来了，不过老板应该不认可。

作者
Author: Phil宏爷 时间: 2015-8-14 16:50

liyuanhe211 发表于 2015-8-13 19:35
用HF得到的过渡态（尤其是其能量）几乎不会被接受，建议尝试一下其他的泛函。我有空也会试一下。

如果您这边有空，能否帮忙做一下试试，感谢。我已经尝试了很多了。

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