计算化学公社

标题: 离子液体体系氢键强度计算问题 [打印本页]

作者
Author: yuclark 时间: 2019-12-5 13:29
标题: 离子液体体系氢键强度计算问题
(1) 计算几种阳离子A+,B+,C+与H2O之间的结合能（根据结合能定义），采用的基组是B3LYP/6-311+G(d,p), em=d3bj
得到的结合能顺序是：A-H2O<B-H2O<C-H2O
(2)利用sob老师文章J. Comput. Chem., 40, 2868-2881 (2019) DOI: 10.1002/jcc.26068中，在上述得到的fchk文件，通过Multiwfn软件，采用E_HB = -332.34*ρ(BCP)-1.0661计算出来的阳离子-H2O之间的氢键结合能顺序如下：
A-H2O>B-H2O>C-H2O
请问，两个顺序相反，以哪一个为准? 如何判断阳离子与H2O之间相互作用的强弱呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-5 13:35
求助帖不要发到“资源分享”版，给你移动了，以后注意

没有具体细节没法判断是否适合用那个预测公式。当前用DFT算的结合能是没有问题的，只要过程正确。

作者
Author: yuclark 时间: 2019-12-5 13:56
如图为阳离子-H2O优化的几何结构，结构中看到的确有氢键形成，并且做了CVB指数（顺序：A-H2O<B-H2O<C-H2O）

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-5 16:49

yuclark 发表于 2019-12-5 13:56
如图为阳离子-H2O优化的几何结构，结构中看到的确有氢键形成，并且做了CVB指数（顺序：A-H2O

这种情况作用能相差肯定非常小，必须用很可靠的计算级别才能充分区分

B3LYP/6-311+G(d,p), em=d3bj用于优化够了，建议拿双杂化结合更大的基组算结合能

至于CVB那些方法，不容易区分出这三个体系作用能的微小差异，甚至可能由于噪音导致顺序是错的

作者
Author: 风起时想你 时间: 2019-12-7 14:08

sobereva 发表于 2019-12-5 16:49
这种情况作用能相差肯定非常小，必须用很可靠的计算级别才能充分区分

B3LYP/6-311+G(d,p), em=d3bj用 ...

老师，像这种离子液体，只是烷基链的长度不一样，使得相互作用产生微小的差异，应该从哪些方面分析这些差异的原因呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-7 19:24

风起时想你发表于 2019-12-7 14:08
老师，像这种离子液体，只是烷基链的长度不一样，使得相互作用产生微小的差异，应该从哪些方面分析这些差 ...

表面静电势极值点分析是一定要做的，这和作用强度关系最直接，参考
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159

也可以计算氢的原子电荷予以说明

作者
Author: 风起时想你 时间: 2019-12-8 11:17

sobereva 发表于 2019-12-7 19:24
表面静电势极值点分析是一定要做的，这和作用强度关系最直接，参考
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着 ...

感谢老师的解答。

作者
Author: danyj 时间: 2021-4-15 22:28
本帖最后由 danyj 于 2021-4-15 22:38 编辑

sobereva 发表于 2019-12-7 19:24
表面静电势极值点分析是一定要做的，这和作用强度关系最直接，参考
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着 ...

卢老师，那请问一下这种通过计算氢的原子电荷来说明氢键强度的差异选用哪种原子电荷合理呢？看了老师那篇原子电荷计算方法的对比，是否该选用ADCH电荷？在文献中看到有用CHELPG电荷的，这种电荷在老师您的文章中没有提及，又是否可以采用呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-16 09:12

danyj 发表于 2021-4-15 22:28
卢老师，那请问一下这种通过计算氢的原子电荷来说明氢键强度的差异选用哪种原子电荷合理呢？看了老师那篇 ...

ADCH、CHELPG都可以

作者
Author: danyj 时间: 2021-4-16 16:32

sobereva 发表于 2021-4-16 09:12
ADCH、CHELPG都可以

好的感谢老师解惑

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