计算化学公社

标题: 可以让Gaussian用户懒惰到家的一些脚本 [打印本页]
作者
Author: yjcmwgk    时间: 2015-8-9 17:55
标题: 可以让Gaussian用户懒惰到家的一些脚本
本帖最后由 yjcmwgk 于 2015-8-12 10:31 编辑

以前我发过查看当前服务器状态的脚本，这个是我写的（http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1323）
论坛里也有人给出了批量提交Gaussian任务的脚本，这个不是我（http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=520）
论坛里甚至给出了“无耻”的抢资源提交Gaussian任务的脚本，这个更不是我啊（http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1433）
假期好无聊，我就寻思着还能干什么呢？
于是写了个“只要登录就能查看你的Gaussian任务状态”的脚本。
@jiewei
正文开始
首先，我们需要一个“查看最近被修改或被新建的文件的文件名”的命令。
这个命令被命名为n吧，取new的第一个字母：

  2. if [ $1 = "-h" ]; then
  3. echo
  4. echo
  5. echo "___________New or Changed Files in the Last Hour _________________"
  6. echo
  7. find /home -type f -mmin -1500 -ls | grep -v '/tmp' | grep -v 'bash' | grep -v 'lastnotifi'| grep -v 'viminfo' | awk '{print "Time:",$8,$9,$10,"------>",$11}'
  8. echo "__________________________________________________________________"
  9. echo
  10. elif [ $1 = "-d" ]; then
  11. echo
  12. echo
  13. echo "___________New or Changed Files in the Last 24 Hours______________"
  14. echo
  15. find /home -type f -mmin -24 -ls | grep -v '/tmp' | grep -v 'bash' | grep -v 'lastnotifi'| grep -v 'viminfo' | awk '{print "Time:",$8,$9,$10,"------>",$11}'
  16. echo "__________________________________________________________________"
  17. echo
  18. elif [ $1 = "-w" ]; then
  19. echo
  20. echo
  21. echo "___________New or Changed Files in the Last Week__________________"
  22. echo
  23. find /home -type f -mmin -10000 -ls | grep -v '/tmp' | grep -v 'bash' | grep -v 'lastnotifi'| grep -v 'viminfo' | awk '{print "Time:",$8,$9,$10,"------>",$11}'
  24. echo "__________________________________________________________________"
  25. echo
  26. elif [ $1 = "-m" ]; then
  27. echo
  28. echo
  29. echo "___________New or Changed Files in the Last Month_________________"
  30. echo
  31. find /home -type f -mmin -40000 -ls | grep -v '/tmp' | grep -v 'bash' | grep -v 'lastnotifi'| grep -v 'viminfo' | awk '{print "Time:",$8,$9,$10,"------>",$11}'
  32. echo "__________________________________________________________________"
  33. echo
  34. elif [ $1 = "-min" ]; then
  35. echo
  36. echo
  37. echo "___________New or Changed Files in Last Minite____________________"
  38. echo
  39. find /home -type f -mmin -1 -ls | grep -v '/tmp' | grep -v 'bash' | grep -v 'lastnotifi'| grep -v 'viminfo' | awk '{print "Time:",$8,$9,$10,"------>",$11}'
  40. echo "__________________________________________________________________"
  41. echo
  42. elif [ $1 = "-y" ]; then
  43. echo
  44. echo
  45. echo "___________New or Changed Files in Last Year  _____________________"
  46. echo
  47. find /home -type f -mmin -550000 -ls | grep -v '/tmp' | grep -v 'bash' | grep -v 'lastnotifi'| grep -v 'viminfo' | awk '{print "Time:",$8,$9,$10,"------>",$11}'
  48. echo "__________________________________________________________________"
  49. echo
  50. else
  51. echo "You input the WRONG Expression."
  52. echo "Usage: n [option]"
  53. echo "options:  -min, -h, -d, -w, -m, -y"
  54. fi
复制代码

上述文件被命名为search_new_or_changed_files.sh

然后，去.bashrc加入这么两句话
  1. alias t="echo;uptime;echo;ps aux|grep -v '0.0  0.0'"
  2. alias n="sh search_new_or_changed_files.sh"
复制代码


好啦，命令n建立完毕（其实我还同时建立了一个t命令）
稍微解释一下：
  1. n -min 查看最近一分钟内新建的文件
  2. n -h 查看最近一小时内新建的文件
  3. n -d 查看最近一天内新建的文件
  4. n -w 查看最近一周内新建的文件
  5. n -m 查看最近一月内新建的文件
  6. n -y 查看最近一年内新建的文件（此参数慎用！！！！！！！！！！！！）
复制代码

如果你需要查看最近被新建或者被修改的文件是什么，这个命令可以直接用的。
其实到现在为止还跟高斯没啥关系呢

然后打开.bash_profile，加入以下行
  1. echo "_________Working Program__________________________________________"
  2. t
  3. echo "__________________________________________________________________"

  5. n -m

  7. n -m | grep ".log" | awk '{print $6}'> tmp_logfile_name
  8. echo "_________Gausssian Output Files in the Last Month_________________"
  9. while read line
  10. do
  11.   echo
  12.   echo $line
  13.   grep " # " $line
  14.   grep " #p " $line
  15.   grep " #P " $line
  16.   grep " #n " $line
  17.   grep " #N " $line
  18.   grep " #t " $line
  19.   grep " #T " $line
  20.   grep "Normal termination" $line
  21.   grep "Error termination" $line
  22.   echo "__________________________________________________________________"
  23. done < tmp_logfile_name

  25. rm -rf tmp_logfile_name
复制代码



好了，完毕。
只要登录服务器，服务器立刻甩给你这些信息
“我的负载有多重？我正在干什么活儿？我最近一个月新增的文件是谁？这些文件中，哪些是高斯的输出文件？这些输出文件的命令行是什么？它们是Normal termination还是Error Termination？”

举个例子吧，我登录服务器时候，我的服务器甩给我的信息如下：

  2. Last login: Sun Aug  9 17:25:59 2015 from 192.168.100.1

  4.   ________NODE 16______________________________________________

  6.   Hey, I am NODE 16! I have 12 CPU cores and 64GB memories.
  7.   DO NOT use %nproc>12 and %mem>60GB.

  9.   Before executing your jobs, DO confirm that I am empty!

  11.   If you are kind to me, I can work for you in a very long time.
  12.   Now I am already pleased to serve you at any time.
  13.   ______________________________________________________________



  17. _________Working Program__________________________________________

  19. 17:50:51 up 1 day, 22 min,  2 users,  load average: 0.00, 0.01, 0.05

  21. USER        PID %CPU %MEM    VSZ   RSS TTY      STAT START   TIME COMMAND
  22. gdm        3912  0.3  0.2 1760540 143064 ?      Sl   Aug08   4:32 gnome-shell --mode=gdm
  23. __________________________________________________________________


  26. ___________New or Changed Files in the Last Month_________________

  28. Time: Jul 23 15:52 ------> /home/g/wcm/SubPc/Exercise/34-divine-twoboron-1.com
  29. Time: Jul 27 04:26 ------> /home/g/wcm/SubPc/Exercise/34-divine-twoboron-1.chk
  30. Time: Jul 29 19:44 ------> /home/g/wcm/SubPc/Exercise/25-e.fchk
  31. Time: Jul 29 19:44 ------> /home/g/wcm/SubPc/Exercise/25-e.chk
  32. Time: Jul 20 09:01 ------> /home/g/wcm/SubPc/Exercise/25-5-i-nn-ts-1.com
  33. Time: Jul 22 06:29 ------> /home/g/wcm/SubPc/Exercise/25-5-i-nn-ts-1.log
  34. Time: Jul 22 06:29 ------> /home/g/wcm/SubPc/Exercise/25-5-i-nn-ts-1.chk
  35. Time: Jul 27 04:26 ------> /home/g/wcm/SubPc/Exercise/34-divine-twoboron-1.log
  36. Time: Jul 29 19:36 ------> /home/g/wcm/Exercise/Cyx/9.com
  37. Time: Jul 29 19:36 ------> /home/g/wcm/Exercise/Cyx/nohup.out
  38. Time: Aug 3 15:41 ------> /home/g/wcm/Exercise/Cyx/9.log
  39. Time: Aug 3 15:41 ------> /home/g/wcm/Exercise/Cyx/9.chk
  40. Time: Jul 16 09:08 ------> /home/g/.ssh/known_hosts
  41. Time: Jul 13 11:05 ------> /home/g/q/sh-15-07-04-shanghong-CAM-B3LYP.gjf
  42. Time: Jul 13 11:58 ------> /home/g/q/sh-15-07-04-shanghong-CAM-B3LYP.log
  43. Time: Jul 13 11:58 ------> /home/g/q/sh-15-07-04-shanghong.chk
  44. Time: Jul 15 16:52 ------> /home/g/zly/S-f8bophf-td.chk
  45. Time: Jul 15 16:52 ------> /home/g/zly/S-f8bophf-td.com
  46. Time: Jul 15 16:52 ------> /home/g/zly/S-f8bophf-td.log
  47. Time: Jul 15 17:02 ------> /home/g/zly/S-tdulfine.com
  48. Time: Jul 15 17:27 ------> /home/g/zly/S-tdulfine.log
  49. Time: Jul 16 09:06 ------> /home/g/zly/S-tdulfine.chk
  50. Time: Jul 16 09:06 ------> /home/g/zly/S-tdulfine.fchk
  51. Time: Jul 16 13:25 ------> /home/g/zly/sub-td.com
  52. Time: Jul 16 22:25 ------> /home/g/zly/subC4-sp.log
  53. Time: Jul 16 22:32 ------> /home/g/zly/subC4-sp.chk
  54. Time: Jul 16 22:32 ------> /home/g/zly/subC4-sp.fchk
  55. Time: Jul 17 08:39 ------> /home/g/zly/sub-sp.com
  56. Time: Jul 17 08:43 ------> /home/g/zly/sub-sp.log
  57. Time: Jul 17 08:53 ------> /home/g/zly/sub-sp.chk
  58. Time: Jul 17 08:53 ------> /home/g/zly/sub-sp.fchk
  59. Time: Jul 27 17:42 ------> /home/g/zly/sub-td.chk
  60. Time: Jul 16 13:52 ------> /home/g/zly/sub-td.log
  61. Time: Jul 27 10:38 ------> /home/g/zly/subC4-td.com
  62. Time: Jul 27 11:09 ------> /home/g/zly/subC4-td.log
  63. Time: Jul 27 17:42 ------> /home/g/zly/subC4-td.chk
  64. Time: Jul 27 17:42 ------> /home/g/zly/sub-td.fchk
  65. Time: Jul 27 17:42 ------> /home/g/zly/subC4-td.fchk
  66. __________________________________________________________________

  68. _________Gausssian Output Files in the Last Month_________________

  70. /home/g/wcm/SubPc/Exercise/25-5-i-nn-ts-1.log
  71. #p opt=(qst2,maxcycle=200,loose,maxstep=5) freq=noraman 6-311+g(d) scr
  72. #P Geom=AllCheck Guess=TCheck SCRF=Check GenChk RM062X/6-311+G(d) Freq
  73. Normal termination of Gaussian 09 at Tue Jul 21 10:27:26 2015.
  74. Normal termination of Gaussian 09 at Wed Jul 22 06:29:55 2015.
  75. __________________________________________________________________

  77. /home/g/wcm/SubPc/Exercise/34-divine-twoboron-1.log
  78. #p opt=(qst2,maxcycle=200,loose,maxstep=5) freq=noraman 6-311+g(d) geo
  79. #P Geom=AllCheck Guess=TCheck SCRF=Check GenChk RM062X/6-311+G(d) Freq
  80. Normal termination of Gaussian 09 at Sat Jul 25 11:56:03 2015.
  81. Normal termination of Gaussian 09 at Mon Jul 27 04:26:18 2015.
  82. __________________________________________________________________

  84. /home/g/wcm/Exercise/Cyx/9.log
  85. #p nmr=giao mpw1pw91/gen pop=nboread
  86. __________________________________________________________________

  88. /home/g/q/sh-15-07-04-shanghong-CAM-B3LYP.log
  89. #p CAM-B3LYP lanl2dz td(nstates=30,conver=3)
  90. Normal termination of Gaussian 09 at Mon Jul 13 11:58:11 2015.
  91. __________________________________________________________________

  93. /home/g/zly/S-f8bophf-td.log
  94. #p td(nstates=50) m06/chkbasis geom=allcheck guess=read iop(9/46=48)
  95. #p td(nstates=50) m06/chkbasis geom=allcheck guess=read iop(9/46=48)\\
  96. Normal termination of Gaussian 09 at Mon Apr 20 18:35:55 2015.
  97. __________________________________________________________________

  99. /home/g/zly/S-tdulfine.log
  100. #p b3p86/6-31g(d) geom=allcheck guess=read td(nstates=18) scf(conver=6
  101. Normal termination of Gaussian 09 at Wed Jul 15 17:27:49 2015.
  102. __________________________________________________________________

  104. /home/g/zly/subC4-sp.log
  105. #p 6-311g(d) m06 nosymm
  106. Normal termination of Gaussian 09 at Thu Jul 16 22:25:47 2015.
  107. __________________________________________________________________

  109. /home/g/zly/sub-sp.log
  110. #p 6-311g(d) m06 nosymm
  111. Normal termination of Gaussian 09 at Fri Jul 17 08:43:21 2015.
  112. __________________________________________________________________

  114. /home/g/zly/sub-td.log
  115. #p td=(nstates=14) 6-311g(d) iop(9/40=5,9/46=12) m06 nosymm
  116. Normal termination of Gaussian 09 at Thu Jul 16 13:52:16 2015.
  117. __________________________________________________________________

  119. /home/g/zly/subC4-td.log
  120. #p 6-311g(d) m06 nosymm td(nstates=16) scf(conver=6) iop(9/40=5,9/46=1
  121. Normal termination of Gaussian 09 at Mon Jul 27 11:09:46 2015.
  122. __________________________________________________________________

复制代码

备注1：我举的例子中，最前面有一段“欢迎词”，那是motd里的，你们无视它吧，非常个人的东西。
备注2：我在.bash_profile中写了两次"n -m"，这是查看最近一月内新建的文件。如果你想查看其他时间段，就把"-m"改成其他参数就好。

再举个例子吧，我自己把我的.bash_profile中写了两次"n -m"改成了"n -w"
效果如下

  2. _________Working Program__________________________________________

  4. 18:00:02 up 1 day, 31 min,  2 users,  load average: 0.00, 0.01, 0.05

  6. USER        PID %CPU %MEM    VSZ   RSS TTY      STAT START   TIME COMMAND
  7. gdm        3912  0.3  0.2 1760540 143064 ?      Sl   Aug08   4:34 gnome-shell --mode=gdm
  8. root      68811  3.0  0.0 116536  3116 pts/0    Ss+  18:00   0:00 -bash
  9. __________________________________________________________________


  12. ___________New or Changed Files in the Last Week__________________

  14. Time: Aug 3 15:41 ------> /home/g/wcm/Exercise/Cyx/9.log
  15. Time: Aug 3 15:41 ------> /home/g/wcm/Exercise/Cyx/9.chk
  16. __________________________________________________________________

  18. _________Gausssian Output Files in the Last Week _________________

  20. /home/g/wcm/Exercise/Cyx/9.log
  21. #p nmr=giao mpw1pw91/gen pop=nboread
  22. __________________________________________________________________
复制代码

是不是简洁多了？

又换了台电脑试了试，效果是这样的。证明通用性
(, 下载次数 Times of downloads: 84)
作者
Author: lindlar    时间: 2015-8-10 08:04
学习啦，谢谢！
作者
Author: aaa    时间: 2015-8-10 09:06
懒成这样……新手永远学不会linux shell了高手为新手提供了太多懒惰的机会
再次证明80%的贡献来自20%的人
作者
Author: qczgzly    时间: 2015-8-10 10:25
实测效果不错
作者
Author: zsu007    时间: 2015-8-10 11:43
谢谢分享!
作者
Author: zidu113    时间: 2015-8-10 18:27
感谢，
作者
Author: jiewei    时间: 2015-8-12 11:00
哈哈，谢谢小卒为大家分享。 话说 你艾特我 我不是这个班的版主啊
作者
Author: yjcmwgk    时间: 2015-8-15 08:05
jiewei 发表于 2015-8-12 11:00
哈哈，谢谢小卒为大家分享。 话说 你艾特我 我不是这个班的版主啊

那你当超版就多好⊙▽⊙
作者
Author: abdoman    时间: 2015-8-24 20:41
我觉得可以写一个function，变量加个时间就行。
作者
Author: yjcmwgk    时间: 2015-8-28 17:26
本帖最后由 yjcmwgk 于 2015-8-28 17:31 编辑
abdoman 发表于 2015-8-24 20:41
我觉得可以写一个function，变量加个时间就行。

说的好有道理！可是我笨啊！当时没想过func，直接复制粘贴了。
真正的起因是，我以前给自己写过这个脚本
  1. echo "___________New or Changed Files in the Last 24 Hours______________"
  2. echo
  3. find /home -type f -mmin -1440 -ls | grep -v '/tmp' | grep -v 'bash' | grep -v 'lastnotifi'| grep -v 'viminfo' | awk '{print "Time:",$8,$9,$10,"------>",$11}'
  4. echo "__________________________________________________________________"
复制代码

当我发现我需要多个时间选择的时候，我……我太懒了，我直接把以前的脚本拿来复制粘贴了……我实在是懒成猪啊事实上我对bash的掌握其实挺差的……
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2015-10-29 00:44
为什么那段欢迎词里表明有16线程的时候最好不要用超过12个？
作者
Author: yjcmwgk    时间: 2016-1-3 14:05
本帖最后由 yjcmwgk 于 2016-1-3 14:07 编辑
liyuanhe211 发表于 2015-10-29 00:44
为什么那段欢迎词里表明有16线程的时候最好不要用超过12个？

原因很简单，因为你看错了。哈哈哈哈(ಡωಡ)hiahiahia 。
这个节点的名字叫做第十六号节点，也就是node 16。这个节点中有两个E5-2643v2共十二个真实核心



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