计算化学公社

标题: 求助，计算connolly surface和solvent accessable surface 的时候如何确定半径 [打印本页]

作者
Author: MrTracker 时间: 2019-12-6 17:18
标题: 求助，计算connolly surface和solvent accessable surface 的时候如何确定半径
请问各位在计算晶面的connolly surface 和溶剂可及面的过程中如何确定connolly radius和溶剂分子的半径？这两个值对最终得到的康诺利面和溶剂可及面的面积影响很大。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-7 20:30
前者用原子范德华半径，后者没有唯一确定方法，可以用下文的方式计算
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190

作者
Author: MrTracker 时间: 2019-12-8 10:53

sobereva 发表于 2019-12-7 20:30
前者用原子范德华半径，后者没有唯一确定方法，可以用下文的方式计算
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述 ...

好的，谢谢老师，我下去试试看

作者
Author: ShuangfeiZhu 时间: 2019-12-8 11:02
看你在ms模块下问这个问题，那就简单说一下ms中的处理。其实很简单，创建好镜面后，工具栏tools下面选atom volumer & surfaces就可以计算了，里面的设置很详细。不懂的看help文件绝对能搞定。

作者
Author: MrTracker 时间: 2019-12-10 15:03
其实这些我都有看过，但是Help文件里对于如何取这些值没有介绍，也没有介绍康诺利半径和溶剂可接触面半径的物理意义，而这两个物理量对于计算康诺利面和溶剂可接触面的影响又很大，所以为了得到较为精确的结果，就想请教一下各位这两个物理量该如何取值

作者
Author: spumbaa 时间: 2022-10-21 10:50
楼主解决了吗？能不能分享一下方法？谢谢

作者
Author: wjx1128 时间: 2024-1-22 15:00

sobereva 发表于 2019-12-7 20:30
前者用原子范德华半径，后者没有唯一确定方法，可以用下文的方式计算
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述 ...

请问如果晶体层为大分子，而不是简单的原子，晶面的Connolly半径该如何计算呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-23 03:28

wjx1128 发表于 2024-1-22 15:00
请问如果晶体层为大分子，而不是简单的原子，晶面的Connolly半径该如何计算呢？

对于晶面没法说半径，注意表达的准确性、正确理解概念
能用半径衡量的是原子、分子、团簇之类

作者
Author: wjx1128 时间: 2024-1-30 09:32

sobereva 发表于 2024-1-23 03:28
对于晶面没法说半径，注意表达的准确性、正确理解概念
能用半径衡量的是原子、分子、团簇之类

好的谢谢您

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