计算化学公社

标题: 求助 -算“每个水分子的氢键数的分布”的脚本 [打印本页]

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2019-12-9 11:01
标题: 求助 -算“每个水分子的氢键数的分布”的脚本
求助算每个水分子的氢键数的分布的脚本，本人菜鸟，真的不太会写

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-14 11:46
gmx hbond加上-nhbdist选项，对得到的nhbdist.xvg进行分析即可

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2019-12-19 17:41

sobereva 发表于 2019-12-14 11:46
gmx hbond加上-nhbdist选项，对得到的nhbdist.xvg进行分析即可

谢谢老师

作者
Author: 向往阳光 时间: 2020-12-20 18:28

sobereva 发表于 2019-12-14 11:46
gmx hbond加上-nhbdist选项，对得到的nhbdist.xvg进行分析即可

请问老师nhbdist中得到的是每个氢原子形成的氢键数，该怎么把得到的结果转化成每个水分的氢键数呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-21 00:21

向往阳光发表于 2020-12-20 18:28
请问老师nhbdist中得到的是每个氢原子形成的氢键数，该怎么把得到的结果转化成每个水分的氢键数呢？

含有884个水分子的盒子的统计一例
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作者
Author: 向往阳光 时间: 2020-12-21 11:21

sobereva 发表于 2020-12-21 00:21
含有884个水分子的盒子的统计一例

分析hbnum里的内容得到每个水分子的平均氢键我能理解；但nhbdist得到的是每个氢原子形成的氢键，每个水分子又有两个氢原子，怎么得到题主所问的每个水分子的氢键分布呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-21 14:01

向往阳光发表于 2020-12-21 11:21
分析hbnum里的内容得到每个水分子的平均氢键我能理解；但nhbdist得到的是每个氢原子形成的氢键，每个水分 ...

默认情况下，如果一个氢键给体上的多个氢都与一个氢键受体之间形成了氢键，会被当成其中一个氢形成了多个氢键看待。因此水盒子的nhbdist相当于水分子形成的氢键数。想避免这种统计，即区分氧上的两个氢，可以用-nomerge

作者
Author: 向往阳光 时间: 2021-3-10 11:01

sobereva 发表于 2020-12-21 14:01
默认情况下，如果一个氢键给体上的多个氢都与一个氢键受体之间形成了氢键，会被当成其中一个氢形成了多个 ...

突然想起来，水上的氧既可以做受体也可以做给体。按照nhbdist的统计方法，对于一个水分子来说，是不是只统计了它的氢形成的氢键，而没有统计氧做受体时形成的氢键？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-11 01:11

向往阳光发表于 2021-3-10 11:01
突然想起来，水上的氧既可以做受体也可以做给体。按照nhbdist的统计方法，对于一个水分子来说，是不是只 ...

统计氢键数目是对于满足判据的氢键而言的，不用管原子是给体还是受体的问题

作者
Author: 向往阳光 时间: 2021-3-11 20:33

sobereva 发表于 2021-3-11 01:11
统计氢键数目是对于满足判据的氢键而言的，不用管原子是给体还是受体的问题

如果只是hbond -num的话确实是这样，但我看手册上写是“ -nhbdist: compute the number of HBonds per hydrogen”，这是不是就是没包括O的氢键呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-12 02:02

向往阳光发表于 2021-3-11 20:33
如果只是hbond -num的话确实是这样，但我看手册上写是“ -nhbdist: compute the number of HBonds per hy ...

当前说的对象是氢，你就看每个氢与其它氢键受体原子总共形成多少氢键就行了
gmx hbond只把N和O作为可能的氢键受体

作者
Author: narroto 时间: 2022-1-7 17:35

sobereva 发表于 2020-12-21 00:21
含有884个水分子的盒子的统计一例

老师好，根据nhbidist.xvg所得到的文件所得到含有0个1个2个3个氢键的氢原子数目，该怎么分析具有0个1个2个3个氢键的水分子数目

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-7 22:10

narroto 发表于 2022-1-7 17:35
老师好，根据nhbidist.xvg所得到的文件所得到含有0个1个2个3个氢键的氢原子数目，该怎么分析具有0个1个2 ...

gmx hbond的时候不写-nomerge，会把水上两个氢形成的氢键合并来计，这时候结果直接就是形成不同数目氢键的水数

作者
Author: narroto 时间: 2022-1-8 17:28
本帖最后由 narroto 于 2022-1-8 17:43 编辑

sobereva 发表于 2022-1-7 22:10
gmx hbond的时候不写-nomerge，会把水上两个氢形成的氢键合并来计，这时候结果直接就是形成不同数目氢键 ...

老师好我用的命令是gmx hbond -f md2.xtc -s md2.tpr -num hbond_num.xvg -life hbond_life.xvg -nhbdist perH_bondnum.xvg得到的是XVG是下图，没有使用nomerge，把显示的含不同个数的氢键的氢原子的2.3.4.5行数目加起来不是2022个（体系加了1011个水分子），我加上之后nomerge之后如第二张图，氢原子个数加起来是2022个，但是显示含有三个氢键的一行全部为零我要计算含不同氢键个数的水分子个数是需要在命令加上-nomerge选项吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-9 04:10

narroto 发表于 2022-1-8 17:28
老师好我用的命令是gmx hbond -f md2.xtc -s md2.tpr -num hbond_num.xvg -life hbond_life.xvg -nhbdis ...

你算的是什么体系？纯水盒子？

作者
Author: narroto 时间: 2022-1-9 10:07
老师，是气液体系，4*4*4的盒子，一半是水（1011个水分子），一半是气体臭氧分子体系

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-9 10:19

narroto 发表于 2022-1-9 10:07
老师，是气液体系，4*4*4的盒子，一半是水（1011个水分子），一半是气体臭氧分子体系

gmx hbond里你选的两个组各是什么？

作者
Author: narroto 时间: 2022-1-9 17:14
老师，我两个索引组都选的水water

作者
Author: cheryl 时间: 2023-2-26 21:36
本帖最后由 cheryl 于 2023-2-26 22:20 编辑

卢老师您好，对于这个帖子我有进一步的问题：如何计算一条链与水形成氢键的水分子个数？此链在水分子溶液中的模型，这条聚合度为8的壳聚糖(GNH)链，每个单元中含有2个H-O和一个N-H。请问以下两种方法，是不是第二种计算的才是形成氢键的水分子的个数？

作者
Author: 巴普洛夫的狗 时间: 2025-9-3 10:32
老师我想请问一下，由gmx得出来的nhbdist文件，最多不是只能显示到形成3个氢键的水分子吗，可是一个水分子最多形成4个氢键（如楼主的首图），这样统计出来的数据不会不准确吗？拥有四个氢键的水分子数目又该如何统计呢

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