计算化学公社

标题: Gromacs的hbond ... -life命令分析氢键寿命求助 [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2019-12-9 15:02
标题: Gromacs的hbond ... -life命令分析氢键寿命求助
做了一个蛋白质的自组装，理论上随着时间的进行。hbond ...-life下氢键寿命应该随着反应的进行逐渐增加并趋于稳定，但我通过该命令发现随着时间的增加，-life命令下，却逐渐减小接近于0。似乎-life下并不是氢键寿命。应该指的是氢键出现的概率。请问寿命（lifetime）如何分析？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-14 12:31
如果你是指输出文件里给出的HB lifetime，这个就是你选的两个组之间的氢键的平均寿命，这个量没有问题，能够说明氢键的稳定性。我不知道你的组是怎么选的，具体什么结构，没法说明接近0的原因

作者
Author: Riddermark 时间: 2020-3-21 15:24

sobereva 发表于 2019-12-14 12:31
如果你是指输出文件里给出的HB lifetime，这个就是你选的两个组之间的氢键的平均寿命，这个量没有问题，能 ...

请教一下老师，gmx hbond里面-fitstart 这个相关函数拟合开始的时间，和-beginfit相关函数指数拟合开始时间是啥关系啊，我想用相关函数来计算氢键寿命，不太明白这两个什么关系

作者
Author: 随风 时间: 2020-10-19 16:58

Riddermark 发表于 2020-3-21 15:24
请教一下老师，gmx hbond里面-fitstart 这个相关函数拟合开始的时间，和-beginfit相关函数指数拟合开始时 ...

您好，我也是做蛋白质的自组装，我想请问一下，您是怎么统计a螺旋中氢键数量以及b-sheet中氢键的数量

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-1 14:16

随风发表于 2020-10-19 16:58
您好，我也是做蛋白质的自组装，我想请问一下，您是怎么统计a螺旋中氢键数量以及b-sheet中氢键的数量

gmx hbond的时候让你输入两个组，都输入alpha螺旋部分的组统计的就是这部分的内部的氢键
你需要自行创建索引文件把alpha螺旋的原子和beta折叠的原子定义为成两个组，提供给gmx hbond

作者
Author: 随风 时间: 2020-11-2 14:06
谢谢sob老师

作者
Author: lao7 时间: 2020-11-2 17:59
很佩服Sob做事情的态度，如果中国哪怕有1/5的学者能达到这样，国家科技何愁没有希望！

作者
Author: xiangmohuafeng 时间: 2023-2-9 17:30

Riddermark 发表于 2020-3-21 15:24
请教一下老师，gmx hbond里面-fitstart 这个相关函数拟合开始的时间，和-beginfit相关函数指数拟合开始时 ...

您好，使用相关函数计算氢键寿命的问题，您解决了么？若解决了，麻烦您讲解一下呗

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