计算化学公社

标题: 求助在用gromacs计算界面张力时，用的是NPT系综，偏差太大怎么办 [打印本页]

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Author: weiyi8061225 时间: 2019-12-10 20:04
标题: 求助在用gromacs计算界面张力时，用的是NPT系综，偏差太大怎么办
大家好，我在用NPT系综和NVT系综计算界面张力时，压力变化太大，就是两帧可能由正的变成负的，所以计算出来的界面张力也是有正有负，导致界面张力的偏差太大，该怎么办呢？我看文章上一般都用的是NPnAT系综，是否需要换系综，怎么控制Pn-法线方向上的压力和界面面积不变呢？非常感谢各位！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-14 12:23
不要管相邻的帧之间压力变化多少，这肯定是很大的。只需要用平均压力算表面张力就完了。NVT完全没问题
计算例子：
Surface Absorption of a Solution at Equilibrium（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/10.3866/PKU.WHXB201506191）

作者
Author: weiyi8061225 时间: 2019-12-18 15:45

sobereva 发表于 2019-12-14 12:23
不要管相邻的帧之间压力变化多少，这肯定是很大的。只需要用平均压力算表面张力就完了。NVT完全没问题
计 ...

谢谢sob老师，我还有一个问题就是在计算界面张力的时间多少合适呢，因为我计算了5ns,10ns还是有一定差别的，所以想问一下多长时间比较合适呢？
sob老师，好多文章用的是NPnAT系综，我想问一下NPnAT和NVT在计算界面张力的时候有什么区别呢？
非常感谢sob老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-19 18:03

weiyi8061225 发表于 2019-12-18 15:45
谢谢sob老师，我还有一个问题就是在计算界面张力的时间多少合适呢，因为我计算了5ns,10ns还是有一定差别 ...

NPnAT我不清楚，反正NVT是肯定没问题的。
跑的时间越长，统计误差越小。假设你用10ns跑两次，发现结果差异大，就说明10ns长度仍不足以得到收敛的结果。以现在的计算能力一天通常就能跑个一二百ns，才10ns太短了

作者
Author: weiyi8061225 时间: 2019-12-20 15:01

sobereva 发表于 2019-12-19 18:03
NPnAT我不清楚，反正NVT是肯定没问题的。
跑的时间越长，统计误差越小。假设你用10ns跑两次，发现结果差 ...

好的，明白了，sob老师，非常感谢

作者
Author: xishaofan 时间: 2024-11-27 20:12

sobereva 发表于 2019-12-19 18:03
NPnAT我不清楚，反正NVT是肯定没问题的。
跑的时间越长，统计误差越小。假设你用10ns跑两次，发现结果差 ...

sob老师，你说的“假设你用10ns跑两次”，我可以理解为：假设我的模拟有em，npt平衡5ns，npt生产20ns三步，用同一个npt平衡后的体系产生两个tpr文件，分别做npt生产20ns这步，然后去计算第三步生产的结果。如果结果差异大，就增加模拟时长吗？（或者是npt平衡后的体系产生一个tpr文件，用同一个tpr进行两次模拟去计算结果？）

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