计算化学公社

标题: 计算反应速率常数时反应物结构优化和能量计算求助 [打印本页]

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Author: Luffy-D-M 时间: 2019-12-12 18:04
标题: 计算反应速率常数时反应物结构优化和能量计算求助
有两个问题：1.将一个分子和自由基作为反应复合物进行结构优化得到的能量最小稳定结构。2.将这个分子和自由基分别作为反应物进行优化，将分别得到的能量相加为反应复合物的能量吗？我算了一遍，基组方法都一样，为什么两种方法得到的反应复合物能量不一样。用哪个更为准确呢？因为要用这个基于QA,QB配分函数计算反应速率常数。这里能量指sum of electronic and zero-point Energies。有哪位大佬解答一下，万分感谢！！

作者
Author: DClean 时间: 2019-12-12 21:35
显然是不一样的
反应物片段之间有相互作用
放在一块优化作为反应复合物能量是合理的

作者
Author: Luffy-D-M 时间: 2019-12-13 15:08

DClean 发表于 2019-12-12 21:35
显然是不一样的
反应物片段之间有相互作用
放在一块优化作为反应复合物能量是合理的

谢谢！！我两种方法都算了一遍，发现反而两个反应物分开优化然后能量相加最后算出来的反应速率常数是最接近的，几乎一样。而放在一起作为反应复合物则差的比较远。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-13 22:32
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的不恰当标题“结构优化和能量计算”改了，以后务必注意。

算双分子反应速率常数就应当将两个反应物独立计算的能量加和用于势垒的计算，除非两个反应物一开始形成了非常稳定的复合物，届时当成单分子反应计算

作者
Author: Luffy-D-M 时间: 2019-12-16 10:31

sobereva 发表于 2019-12-13 22:32
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具 ...

好的老师，恩恩，我用您那个表格算过了，结果很好！感谢老师！！

作者
Author: huyongxin 时间: 2020-3-5 15:34

sobereva 发表于 2019-12-13 22:32
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具 ...

Sob 老师，什么情况下可以看作两个反应物形成了稳定的复合物呢？将两个反应物放在一起优化之后是正常结束，并且能量低于两个反应物只和，这样是不是可以说是形成了稳定的复合物呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-7 10:23

huyongxin 发表于 2020-3-5 15:34
Sob 老师，什么情况下可以看作两个反应物形成了稳定的复合物呢？将两个反应物放在一起优化之后是正常结束 ...

严格来说是看自由能是否下降较多，而不是看电子能量

作者
Author: huyongxin 时间: 2020-3-8 13:39

sobereva 发表于 2020-3-7 10:23
严格来说是看自由能是否下降较多，而不是看电子能量

哦，好的，谢谢sob老师。

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Author: clark_yang 时间: 2021-5-7 16:13

sobereva 发表于 2020-3-7 10:23
严格来说是看自由能是否下降较多，而不是看电子能量

下降较多，有具体标准么？同时计算自由能垒时到底用复合物还是用单个相加，现在已经晕了！

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Author: wzkchem5 时间: 2021-5-7 16:27

clark_yang 发表于 2021-5-7 09:13
下降较多，有具体标准么？同时计算自由能垒时到底用复合物还是用单个相加，现在已经晕了！

下降较多的标准因实际体系而异，因为本来“稳定”就没有唯一的标准。你要是做sensor，mM级别的结合就算稳定了，要是做药物设计，恐怕得nM才叫稳定。最保险的方法是把自由能下降的量换算成平衡常数，代入到具体的实验情景里，看看能否认为是足够稳定的。
计算自由能垒应该取复合物和单个相加里面能垒较高的那个。

作者
Author: 胆小鬼 时间: 2024-5-15 21:12

DClean 发表于 2019-12-12 21:35
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您好，打扰一下。请问放在一块优化作为反应复合物计算能量，最后两个自由基会形成一个稳定分子，那反应物的能量是以文件计算过程的第一步的体系能量为准吗？如果是的话，那开始摆放位置不同能量不同应该怎么处理

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