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标题: 单个氨基酸拓扑构建问题 [打印本页]

作者
Author: 961106 时间: 2019-12-13 15:36
标题: 单个氨基酸拓扑构建问题
请问老师，有单个氨基酸的pdb文件，可以直接用pdb2gmx生成拓扑文件跑模拟吗？我这样尝试了，可以成功运行。但是又听说单个氨基酸需要使用小分子拓扑工具构建好再用gmx跑，所以请问老师，该使用哪一种方法呢？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-15 11:11
只要pdb2gmx能正常产生，模拟过程行为正常，就没有问题，没必要非得当成单个小分子处理

作者
Author: 961106 时间: 2019-12-16 11:07

sobereva 发表于 2019-12-15 11:11
只要pdb2gmx能正常产生，模拟过程行为正常，就没有问题，没必要非得当成单个小分子处理

谢谢老师

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