计算化学公社

标题: 利用径向分布函数计算油滴质心周围其它组分径向密度分布求助 [打印本页]

作者
Author: SpongeBob 时间: 2019-12-16 10:11
标题: 利用径向分布函数计算油滴质心周围其它组分径向密度分布求助
目前我的模型是一个油滴四周吸附着表面活性剂，想计算以油滴质心为中心的各组分的径向密度分布。想通过计算油滴质心周围其他组分的镜像分布函数来进行转化，计算油滴组分的命令是 gmx rdf -f npt.xtc -s npt.tpr -ref 'com of resname OIL' -sel 'resname OIL' -b 18000 -e 20000 -o rdf-density-oil

最终转化的结果确是产生了一个峰值，请问我的错误出现在了哪里？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-16 10:58
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的不恰当标题“利用径向分布函数计算径向密度分布”改了，以后务必注意

我看不懂你的问题
-ref和-sel选的都是OIL，怎么可能考察油滴周围其它组分？-sel明显设的不对

如果油滴是球对称的，用rdf分析也不是什么好的选择，统计从整个油滴质心到外侧不同径向距离的其它组分的粒子数和数密度变化有意义得多

作者
Author: SpongeBob 时间: 2019-12-16 14:35
老师，十分抱歉，以后我一定注意
我在此处选择-sel 'resname OIL'是为了计算相对于油滴质心油分子的分布，计算表面活性剂会相应的进行替换
“统计从整个油滴质心到外侧不同径向距离的其它组分的粒子数和数密度变化”，统计粒子数可以通过rdf命令中的-cn命令实现,关于数密度分布应该具体如何操作计算呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-19 19:03
自己写个VMD的tcl脚本分析很容易

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作者
Author: SpongeBob 时间: 2019-12-20 16:23

sobereva 发表于 2019-12-19 19:03
自己写个VMD的tcl脚本分析很容易

嗯嗯好的我试一下谢谢老师

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