计算化学公社

标题: 请问molpro关于内存需要设置吗？并行可以用多少cpu？ [打印本页]

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Author: yiwei 时间: 2019-12-16 10:28
标题: 请问molpro关于内存需要设置吗？并行可以用多少cpu？
请问老师molpro在计算的时候需要设置吗？我在计算CCSD(T)计算的时候有时需要算的原子数较多，不设置的话就会报错，这样就会在28核的机器上只能用2个到5个核。请问这样做是正确的吗？还是有别的效率高的办法？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-16 10:43
当然不可能就用默认的设置。设多少核多少内存显然得看机子有多少核多少物理内存

作者
Author: yiwei 时间: 2019-12-16 10:50

sobereva 发表于 2019-12-16 10:43
当然不可能就用默认的设置。设多少核多少内存显然得看机子有多少核多少物理内存

谢谢老师回复，内心还有个疑问，比如说一个128G的机器，有28核，那如果我只用了5个核的话这个内存是分配到5个核还是整台机器上了呢？我有个不明白的地儿，就是不论我用多大内存的机器，如果我设置了内存4000m，就只能用1个核计算，如果想多核并行就会报错……不知道是不是哪里设置错了。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-16 11:51
molpro有MPI并行也有OpenMP并行。对于前者，-m设的是每个MPI进程的内存使用量，实际消耗量需要乘以核数
你那个问题没有具体情况说不清楚，理应不会如此

作者
Author: Jennifer-J 时间: 2022-9-16 21:35

yiwei 发表于 2019-12-16 10:50
谢谢老师回复，内心还有个疑问，比如说一个128G的机器，有28核，那如果我只用了5个核的话这个内存是分配 ...

你好，想问一下，molpro怎么设置使用几个核计算呀？我提交任务总是默认一个核，特别慢。所以想请教一下，不胜感激

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-16 22:38
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-9-16 22:39 编辑

Jennifer-J 发表于 2022-9-16 21:35
你好，想问一下，molpro怎么设置使用几个核计算呀？我提交任务总是默认一个核，特别慢。所以想请教一下， ...

最好不要重复发帖http://bbs.keinsci.com/thread-32068-1-1.html 这个论坛的回复速度是我见过世界上所有量化论坛里回复最快的，根本没有必要担心别人看不到、重复发帖
例如molpro -n 16 -t 1 -m 500m a.com
表示使用16个MPI进程，每个MPI进程采用1个OpenMP线程（你可以粗暴地理解为16核并行），-m表示指定内存。这些在molpro手册里全都有写。

作者
Author: 林守龙 时间: 2024-4-17 10:13

zjxitcc 发表于 2022-9-16 22:38
最好不要重复发帖http://bbs.keinsci.com/thread-32068-1-1.html 这个论坛的回复速度是我见过世界上所有 ...

请问老师，不写 -t -1时，计算效率有区别吗

作者
Author: 林守龙 时间: 2024-4-17 11:01

zjxitcc 发表于 2022-9-16 22:38
最好不要重复发帖http://bbs.keinsci.com/thread-32068-1-1.html 这个论坛的回复速度是我见过世界上所有 ...

试了一下不加-t -1 计算很慢很慢

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-4-17 11:09

林守龙发表于 2024-4-17 10:13
请问老师，不写 -t -1时，计算效率有区别吗

注意，不是-t -1，是-t 1，不要在转述我的话时产生错误。

如果没写这个，会导致Molpro开启MPI+OpenMP混合并行，但你只指定了MPI进程数，没指定OpenMP线程数（默认全线程并行），此时程序使用的线程数远大于你机器物理核心数，计算资源大量竞争，故而计算慢。

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