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标题: 求助：计算电生理学的镜像双膜的两个盒子的界面如何处理 [打印本页]

作者
Author: 昊彦祖 时间: 2019-12-16 14:29
标题: 求助：计算电生理学的镜像双膜的两个盒子的界面如何处理
各位老师，我想做左图的模拟，两个膜蛋白体系是界面对称的 (, 下载次数 Times of downloads: 7) (, 下载次数 Times of downloads: 12)
目前遇到两个问题（右图）：
1.两个盒子拼接的时候，边界处的水分子会有重叠（由于是镜像盒子），我目前的处理是将重叠的水分子去除，会产生一定区域的空隙，然后重新平衡，请问还能怎么处理呢
2.镜像后用VMD看图时，下面蛋白的二级结构不全了，请问这可能是哪出问题了呢
歇息大家

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-16 17:49
拼接后没必要去那么多。甚至于一点都不去，做一下em再跑MD一般也不会有问题

检查pdb里链之间是否有TER分隔，原子名、残基名、端基残基状态是否正确等等

作者
Author: 昊彦祖 时间: 2019-12-17 09:51

sobereva 发表于 2019-12-16 17:49
拼接后没必要去那么多。甚至于一点都不去，做一下em再跑MD一般也不会有问题

检查pdb里链之间是否有TER分 ...

谢谢sob老师，我试下
不过下面的蛋白是我直接editconf -scale -1 -1 -1复制的，用vmd看的话就是图中的情况了，有点想不通。

作者
Author: 昊彦祖 时间: 2019-12-19 20:11
本帖最后由昊彦祖于 2019-12-19 20:30 编辑

sobereva 发表于 2019-12-16 17:49
拼接后没必要去那么多。甚至于一点都不去，做一下em再跑MD一般也不会有问题

检查pdb里链之间是否有TER分 ...

sob老师，我没有去除重叠的水分子，直接跑em，用的是您培训时的em.mdp，有如下报错，请问需要改什么吗
Polak-Ribiere Conjugate Gradients:
Tolerance (Fmax) =  1.00000e+03
Number of steps =       10000
F-max          =       inf on atom 39342
F-Norm          =       nan

段错误(吐核)
增：原来是只把z坐标取反导致斥力无穷大；
我改成xyz坐标全取反再拼，就能执行em了，谢谢sob老师

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