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标题: 求助：找过渡态过程中出现硬盘空间不足的问题 [打印本页]

作者
Author: Poly_Maohua 时间: 2019-12-17 16:32
标题: 求助：找过渡态过程中出现硬盘空间不足的问题
在做过渡态的时候出现了如下报错：

Symmetrizing basis deriv contribution to polar:
IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00
G2DrvN: will do 36 centers at a time, making 1 passes doing MaxLOS=3.
Calling FoFCou, ICntrl=  3107 FMM=F I1Cent= 0 AccDes= 0.00D+00.
FoFDir/FoFCou used for L=0 through L=3.
End of G2Drv Frequency-dependent properties file 721 does not exist.
End of G2Drv Frequency-dependent properties file 722 does not exist.
      IDoAtm=11111111111111111111111111111111111
      Differentiating once with respect to electric field.
            with respect to dipole field.
      Differentiating once with respect to nuclear coordinates.
      There are 108 degrees of freedom in the 1st order CPHF.  IDoFFX=5.
105 vectors produced by pass  0 Test12= 3.80D-14 1.00D-09 XBig12= 1.09D+03 1.90D+01.
AX will form 105 AO Fock derivatives at one time.
105 vectors produced by pass  1 Test12= 3.80D-14 1.00D-09 XBig12= 1.55D+02 1.98D+00.
105 vectors produced by pass  2 Test12= 3.80D-14 1.00D-09 XBig12= 4.16D+00 4.28D-01.
105 vectors produced by pass  3 Test12= 3.80D-14 1.00D-09 XBig12= 8.51D-02 3.60D-02.
105 vectors produced by pass  4 Test12= 3.80D-14 1.00D-09 XBig12= 4.17D-04 2.35D-03.
105 vectors produced by pass  5 Test12= 3.80D-14 1.00D-09 XBig12= 8.59D-07 7.31D-05.
   68 vectors produced by pass  6 Test12= 3.80D-14 1.00D-09 XBig12= 1.29D-09 3.15D-06.

我根据http://bbs.keinsci.com/thread-3092-1-1.html帖子推测是因为硬盘不足所以报错。
可奇怪的是，我的硬盘还有1.8T没用，为什么会出现这个报错呢？麻烦大家帮我看一看，非常感谢！

以下是输入文件的头部
%chk=/data/gaussian/ts1213/ts1213.chk
%nproc=12
# B3LYP/6-31G** geom=connectivity opt(TS,calcall,noeigen)

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-12-17 16:47
没指定内存是不好的习惯。更大的可能性是内存不足。

作者
Author: Poly_Maohua 时间: 2019-12-17 17:09

zjxitcc 发表于 2019-12-17 16:47
没指定内存是不好的习惯。更大的可能性是内存不足。

我之前用300MW跑也是一样的问题。
2G内存不够用的话，我用更大内存再试试吧。谢谢您！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-12-17 17:18

Poly_Maohua 发表于 2019-12-17 17:09
我之前用300MW跑也是一样的问题。
2G内存不够用的话，我用更大内存再试试吧。谢谢您！

你这体系不小，用calcall时间巨长，为何不用calcfc。12核才给2GB太少了，8GB以上，越多越好。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-17 17:46
普通泛函做这种任务消耗不了什么硬盘，没硬盘的事。你的情况跟那个帖子根本没直接关系。

Q：Gaussian任务没有报错，但是却停了怎么办？
A：有以下可能原因
1 巧合。尝试重算，或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试，对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子

作者
Author: Poly_Maohua 时间: 2019-12-17 17:53

sobereva 发表于 2019-12-17 17:46
普通泛函做这种任务消耗不了什么硬盘，没硬盘的事。你的情况跟那个帖子根本没直接关系。

Q：Gaussian任 ...

谢谢sobereva老师，您的意思是说这不是报错么？

作者
Author: Poly_Maohua 时间: 2019-12-17 18:08

zjxitcc 发表于 2019-12-17 17:18
你这体系不小，用calcall时间巨长，为何不用calcfc。12核才给2GB太少了，8GB以上，越多越好。

我想用8G内存来做一下，结果又出现了如下问题，
galloc: could not allocate memory.: Cannot allocate memory
galloc: could not allocate memory.

我查了http://sobereva.com/439这个帖子，是内存不足的问题。但是我有32G内存，为什么说我内存不足呢？

以下是输入的文件的头部
%chk=/data/gaussian/ts1213/ts1213.chk
%mem=1000MW
%nprocs=12
# opt=(calcall,ts,noeigen) b3lyp/6-31g* geom=connectivity

以下是top输出的内存情况
KiB Mem : 32766456 total, 31652840 free, 648056 used, 465560 buff/cache

麻烦您了，感谢！

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-12-17 19:40

Poly_Maohua 发表于 2019-12-17 17:53
谢谢sobereva老师，您的意思是说这不是报错么？

你1L贴的文字里没有报错信息。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-12-17 19:42

Poly_Maohua 发表于 2019-12-17 18:08
我想用8G内存来做一下，结果又出现了如下问题，
galloc: could not allocate memory.: Cannot allocate ...

只能排查有没有其他原因限制内存分配，诸如我曾经发现有一个组会限制每个用户的内存总使用量。最好找个能直接操作的人排查。可以先试探一下Gaussian能用的内存上限是多少。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-12-17 19:50
本帖最后由 zjxitcc 于 2019-12-17 19:52 编辑

Poly_Maohua 发表于 2019-12-17 18:08
我想用8G内存来做一下，结果又出现了如下问题，
galloc: could not allocate memory.: Cannot allocate ...

可以用free -g或free -h查看当前系统的内存情况，有些机器的内存可以释放的，有没啥用的东西占着。

作者
Author: Poly_Maohua 时间: 2019-12-17 22:34

liyuanhe211 发表于 2019-12-17 19:42
只能排查有没有其他原因限制内存分配，诸如我曾经发现有一个组会限制每个用户的内存总使用量。最好找个能 ...

试了以下，上限在300MW附近，真令人头秃。
我在网上查了用户内存分配的方法，把用户内存上限改成了20G，也是毫无作用。
请问老师有什么好办法么？

作者
Author: Poly_Maohua 时间: 2019-12-17 22:36

zjxitcc 发表于 2019-12-17 19:50
可以用free -g或free -h查看当前系统的内存情况，有些机器的内存可以释放的，有没啥用的东西占着。

我查了内存使用情况，31G内存，用了2G，其余的都在旁观。。。请问这种情况如何应对呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-19 18:08

Poly_Maohua 发表于 2019-12-17 22:36
我查了内存使用情况，31G内存，用了2G，其余的都在旁观。。。请问这种情况如何应对呢？

谁负责机子就问谁
如果没有额外动过手脚，不可能你的情况才只能用最多300MW附近

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