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标题: 求助gromacs跑模拟影响运算速度得因素有哪些 [打印本页]

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-12-18 14:49
标题: 求助gromacs跑模拟影响运算速度得因素有哪些
请问在MDP文件中设置了记录间隔如：
nstlog  = 10000
nstenergy = 10000
nstxout-compressed = 10000  和记录间隔为

nstlog  = 10
nstenergy = 10
nstxout-compressed = 10 最后一帧的数据是否是一样的？

设置第二种的话，计算速度大幅度下降了。而我需要平衡200ns，我打算前150ns采用大的间隔然后后50ns再用小的，这样是否得到的结果是精确的。或者在跑这种长时间的平衡过程中如何设置能最佳提速和保持精确度？

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-12-18 15:37
频繁读写硬盘肯定会使性能下降，另外计算能量也会消耗额外的资源

有什么特殊的需求需要每10步输出一次能量？

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-12-18 15:52

fhh2626 发表于 2019-12-18 15:37
频繁读写硬盘肯定会使性能下降，另外计算能量也会消耗额外的资源

有什么特殊的需求需要每10步输出一次能 ...

就是参考文献中的MSD取log的时候单位PS，然后最低的地方是0.01 ，不过他是分析的后50ns，我估计应该不是全部平衡过程都是10步，前面应该大一些

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-19 16:03
不要盲目效仿文献，取10根本没实际意义。倘若0.01ps保存一次，50ns就得5000000帧，哪搞得了

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-12-19 18:39

sobereva 发表于 2019-12-19 16:03
不要盲目效仿文献，取10根本没实际意义。倘若0.01ps保存一次，50ns就得5000000帧，哪搞得了

是的，以前15ns的时候差不多要77个G了。请问老师，我们平衡好的MD，记录数据大致多少步比较合理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-19 18:41

少年爱吃地三鲜发表于 2019-12-19 18:39
是的，以前15ns的时候差不多要77个G了。请问老师，我们平衡好的MD，记录数据大致多少步比较合理呢？

我通常1~2 ps记录一次，要频繁一些的话零点几ps一次也可以

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-12-19 18:45

sobereva 发表于 2019-12-19 18:41
我通常1~2 ps记录一次，要频繁一些的话零点几ps一次也可以

谢谢您的回复！

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