计算化学公社

标题: 求助优化长程校正泛函w参数的optDFTw在集群上安装并使用的相关问题 [打印本页]

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Author: 小西瓜123 时间: 2019-12-24 10:37
标题: 求助优化长程校正泛函w参数的optDFTw在集群上安装并使用的相关问题
老师您好，我看http://bbs.keinsci.com/thread-4100-1-3.html 这个网址提供了优化长程校正泛函w参数的简便工具，因为g09是在集群上，我直接下网页上的安装包然后上传到集群上，下一步怎么让他变为可以被调用的呢？我试了chmod +x optDFTw 和optDFTw.f90，这两个变成了绿色，然后我如图编写了pbs文件，但是一提交就停了，也没有生成log文件，只有一个.o文件，如图2所示，请问应该怎么做才能使用这个小程序呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 40) (, 下载次数 Times of downloads: 33)

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Author: sobereva 时间: 2019-12-25 11:42
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的严重不恰当标题“优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw”改了，以后务必注意。你的标题明显有非常严重的问题，会让别人以为你的帖子是分享一个新的叫做optDFTw的程序。在本论坛给帖子设置标题时一定要非常谨慎、重视。

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Author: 小西瓜123 时间: 2019-12-25 15:00

sobereva 发表于 2019-12-25 11:42
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具 ...

谢谢老师，我已把标题修改了，请问应该操作才能在集群上使用这个小程序呢

作者
Author: 冰释之川 时间: 2019-12-26 13:38

小西瓜123 发表于 2019-12-25 15:00
谢谢老师，我已把标题修改了，请问应该操作才能在集群上使用这个小程序呢

编译好的optDFTw 文件丢入g09程序所在目录，并给予其执行权限，然后作业提交脚本可以参考如下脚本进行修改：

#!/bin/sh
#PBS -N Gaussian
#PBS -o job.log
#PBS -e err.log
#PBS -q yuan
#PBS -l nodes=1:ppn=6:yuan
#PBS -l mem=6000mb
#PBS -l walltime=1440:00:00
#PBS -j oe
mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID
cd /tmp/$PBS_JOBID
optDFTw 0.002 0.3 0.151828
cp -r /tmp/$PBS_JOBID/* $PBS_O_WORKDIR
rm -rf /tmp/$PBS_JOBID

复制代码

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Author: 小西瓜123 时间: 2019-12-29 19:46
本帖最后由小西瓜123 于 2019-12-30 14:34 编辑

冰释之川发表于 2019-12-26 13:38
编译好的optDFTw 文件丢入g09程序所在目录，并给予其执行权限，然后作业提交脚本可以参考如下脚本进行修 ...

好的，谢谢老师，请问应该怎么编译呢？关于Linux系统了解的很少，今天老师给了一个编译后的版本，运行的时候，用默认值能运行，但是会报错， (, 下载次数 Times of downloads: 107) (, 下载次数 Times of downloads: 38) 然后如果是指定的值，有的结果只能显示一步，有的结果直接报错，报错如图 (, 下载次数 Times of downloads: 36) 请问这是怎么回事呢？

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Author: 让你变成回忆 时间: 2019-12-31 08:54

小西瓜123 发表于 2019-12-29 19:46
好的，谢谢老师，请问应该怎么编译呢？关于Linux系统了解的很少，今天老师给了一个编译后的版本，运行的 ...

在你使用默认参数的时候前面已经正常计算了N步了，说明optDFTw此时是能够正常运行的，报错的原因也已经提示了“error in finding Alpha virt. eigenvalues”，这不是optDFTw的报错，而是你的高斯任务没有正常结束，你需要打开N.out 或者N+1.out或者N-1.out看看究竟是什么原因导致的报错（极有可能是SCF没有收敛）；
后面是指定w的范围，报错原因和上面类似，应该是去找高斯的输出文件。
PS：编译的话，可以使用，ifort optDFTw.f90 -o optDFTw

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2019-12-31 14:15
本帖最后由小西瓜123 于 2019-12-31 14:17 编辑

让你变成回忆发表于 2019-12-31 08:54
在你使用默认参数的时候前面已经正常计算了N步了，说明optDFTw此时是能够正常运行的，报错的原因也已经提 ...

谢谢老师，我刚刚看了N.out,N-1.out是normal的， N+1.out502不收敛了，这种情况应该怎么解决呢？

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Author: 让你变成回忆 时间: 2019-12-31 14:42

小西瓜123 发表于 2019-12-31 14:15
谢谢老师，我刚刚看了N.out,N-1.out是normal的， N+1.out502不收敛了，这种情况应该怎么解决呢？

去论坛里或者http://sobereva.com/网站下找关于如何解决SCF不收敛的帖子。

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2019-12-31 15:43
本帖最后由小西瓜123 于 2019-12-31 15:46 编辑

让你变成回忆发表于 2019-12-31 14:42
去论坛里或者http://sobereva.com/网站下找关于如何解决SCF不收敛的帖子。

谢谢老师，请问相应解决SCF不收敛的关键词是加在N+1.gjf ,N-1.gjf, N.gjf这几个文件吗？还是直接加在template.gjf 呢？那我可以分别优化正负离子然后把坐标放到对应的输入文件，然后再用optDFTw程序得到w吗？

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2019-12-31 17:12

小西瓜123 发表于 2019-12-31 15:43
谢谢老师，请问相应解决SCF不收敛的关键词是加在N+1.gjf ,N-1.gjf, N.gjf这几个文件吗？还是直接加在temp ...

直接在template.gjf加就行了；
你优化正负离子干啥？整个optDFTw过程中，分子的坐标都是没变的，仅仅算了正负离子的单点而已。

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2019-12-31 20:23

让你变成回忆发表于 2019-12-31 17:12
直接在template.gjf加就行了；
你优化正负离子干啥？整个optDFTw过程中，分子的坐标都是没变的，仅仅算 ...

我现在在template.gjf 里加入了关键词，三个文件都Normal了，在等w的迭代计算结果，之前我们是手动计算优化w的，就是三种状态的分子结构是单独优化的，离子态的坐标应该和中性坐标有微小区别吧，然后从0到0.6分别算单点能，进而得到j^2最小值对应的w,

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2020-1-2 08:32

小西瓜123 发表于 2019-12-31 20:23
我现在在template.gjf 里加入了关键词，三个文件都Normal了，在等w的迭代计算结果，之前我们是手动计算优 ...

还是那句话，优化w和结构优化没有关系，在某个结构下只对应一个最优的w值。
当然，如果你指的是优化w和结构优化到自洽另当别论。

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Author: 小潘潘 时间: 2020-9-23 11:04
本帖最后由小潘潘于 2020-9-23 11:08 编辑

老师，这是我提交作业的脚本文件，但输出的结果中还是没有修改w的上限和下限，麻烦老师看一下到底哪里出了错误

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-28 13:18

小潘潘发表于 2020-9-23 11:04
老师，这是我提交作业的脚本文件，但输出的结果中还是没有修改w的上限和下限，麻烦老师看一下到底哪里出了 ...

后来optDFTw更新过一次，解决了一个bug。你重新下载最新版本再试试。如果本机能正常计算，PBS提交方式不行，那最好问管理员，PBS的事我不清楚

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Author: 小潘潘 时间: 2020-9-29 10:10

sobereva 发表于 2020-9-28 13:18
后来optDFTw更新过一次，解决了一个bug。你重新下载最新版本再试试。如果本机能正常计算，PBS提交方式不 ...

好的，谢谢老师

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