其中dssp.tcl只具有普通的dssp计算功能，和do_dssp一致，只能输出某个蛋白中全部氨基酸的二级结构的比例。其中参数如下：outfile设置了输出文件名；select定义了需要计算dssp的结构（这里需要说明一下，这个参数所选中的必须是某个完整的结构单元，例如一条完整的蛋白质"protein"，绝对不能选择蛋白质的一部分，例如一段残基或者只有侧链原子/骨架原子，这种情况下dssp程序通常没法进行准确的计算）；structure是你要分析的二级结构的种类，允许的参数为HBEGITS之一，每个字母所代表的定义在脚本中给出了；execname是你的dssp可执行文件的名称，一般设置成dssp即可；freq是计算的频率，也就是每隔几帧进行一次计算。
dssp_v2.tcl中的参数与dssp.tcl中的类似，唯一不同的是select所代表的含义和新参数select_env。其中select_env所定义的必须是某个完整的结构单元，如"protein"，而select所定义的则是select_env的一部分，例如"protein and resid 0 to 30"。此时脚本会只计算这一部分中的残基的各种二级结构在由select_env所定义的结构的氨基酸数量中所占的比例。
上面的描述比较抽象，可以结合下面的具体例子来看。测试的轨迹模拟的是1ubq蛋白质在水盒子中的运动，共输出510帧。alpha_all.dat由dssp.tcl产生，alpha_0-30.dat和alpha_31-80.dat均由dssp_v2.tcl产生，计算二者时的select参数分别为"protein and resid 0 to 30"和"protein and resid 31 to 80"，select_env参数均为"protein"。从图中可以明确的看到，0-30号氨基酸中alpha螺旋的含量在模拟中保持不变，总的alpha螺旋含量变化完全由31-80号氨基酸所在的区域提供。 (, 下载次数 Times of downloads: 32)