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标题: lammps例子个人搜集-2015年 [打印本页]

作者
Author: 朱雪刚 时间: 2015-8-14 10:03
标题: lammps例子个人搜集-2015年
本帖最后由朱雪刚于 2024-4-5 17:12 编辑

lammps入门需要上网查资料。有相关的入门引导。本人纯粹自学，还是在一楼说说自学过程吧。

前段时间一个视屏讲的分子入门引导，主要是为lammps做准备，优酷视屏，感觉挺好。在此分享网址（该网址已不可用2024.04.05）

附件将添加我搜集的lammps例子。这些例子我也只是看过，但是没有去进行调试和运行。这些资料有些有说明有些没有说明，我挑拣着把有例子的放到一个文件夹内都上传了。例子有重复。
希望大家把有关lammps的例子等资料多多分享。如果有相关的资料，希望回复我个网址或上传一些资料

另外超哥的帖子里边第二个网址有详细的in文件和说明，有的还有分析过程，英语。那个网址我今年春天才从同学那里得到有种相见恨晚的感觉。
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ypeid%26typeid%3D29

资料是2015年手机的，已经旧了，并未更新

作者
Author: 朱雪刚 时间: 2015-8-14 10:03
标题: lammps学习经历
本帖最后由朱雪刚于 2024-4-4 10:50 编辑

14年3月份儿，导师指定一片已经毕业的师姐的毕业论文，让我用lammps做相似金属的融化。
师姐说lammps要看英语手册，要网上看资料，我就开始了学lammps了。

在网上看到一个lammps入门引导等资料，原网址不知道在哪里，贴个百度文库的资料吧。这个应该不会消失吧。

lammps学习指南（这两个个应该也是超哥的，刚开始没注意到呢）
http://wenku.baidu.com/link?url= ... eoO9eYKCzq1gwpMvvYq
lammps编译，文库的应该不会消失。第二个是分子模拟论坛的网址。网址曾今有过改动
http://wenku.baidu.com/link?url= ... shTJXEYxTq6znQX53ua
http://simulation.haotui.com/thread-26886-1-1.html
期间还看了Linux一个百度的入门视屏。Linux 入门基础 http://wenku.baidu.com/course/view/4fdf50e2524de518964b7d00
等等，我先在网上大体了解了一下lammps。然后就很乖的听从了师兄，师姐和大家的建议啃lammps英文manual。但是我了解的太少了也就仅仅知道in文件的写法而已
结果是我狂啃了两个月，说实话，感觉没什么收获。主要原因是对分子模拟的基础不是太清楚。所以大家在啃manual前最好先了解分子模拟的一些基础。

14年5月份儿，导师让我跟着一个快毕业的师兄用DFT理论计算气体的吸附。我就把lammps放下了。（DFT结果算的太水了，文章投了两次直接被拒，后来我就放弃不投了）

直到15年的1月份儿，快放寒假前导师要做粗粒化，我就查相关资料。后来见文献内有lammps做石墨烯粗粒化模拟的。我们就想仿照文献尝试尝试。
到了过年回来后到了三月份，粗粒化没什么进展。甚至模型都没建立。很是郁闷。

导师也经常催促，可是没有进展，最后我就决定打打分子模拟基础（虽然导师很是不赞同）
看过——分子模拟的理论与实践_陈正隆等(2007新版)
通过这本书了解力场的相关信息（以前还真不知道）还看过其它的书籍。总之感觉都是给分子模打了个基础

超哥贴子里虽然后提示，但是我曾忽略了。
当然还看过一些其它的书籍（哎，感觉基础太差了），不过和lammps不相关，
例如汉语的[emuch.net]固体与表面 [美国]+R.霍夫曼+着；[emuch.net]趣谈量子化学；[emuch.net]图解量子化学-完美版；（大概就这几本吧，以后再寻其它的）
还断断续续的看了鸟哥的Linux私房菜（大概看了15六章，后面的不打算看了）

后来又看了楼上说的视屏，大概就混到5月份儿了（哎）。知道分子势函数的引用可以分开计算。就算开始做lammps粗粒化了。
做粗粒化感觉没有例子指导，很是郁闷，就同师妹搜集相关例子，师妹的同学给了一个例子的网址，就是楼上我提到的超哥给的第二个网址，尝试做了拉伸模拟

建模刚开始是用ms的一个粗粒化程序，后来导师推荐用GaussView看键角等信息，（虽然GaussView不能得到正确的键角信息，但是可以显示原子序号，通过序号我后来才建立起模型）
不过最终建模是用excell建立的。因为石墨烯的键角等很麻烦，只能手动寻找添加输入了。（哎，我不太熟悉编程呢）

应该是在5月份儿中旬大体就弄清楚了模拟过程和方法（虽然不确定对不对）
后来我想更近一步，去做势函数；可惜不是太懂，导师也催文章就这样拖下来了。

应该是在六月份儿左右，我重读了lammps的manual，（貌似三四天完成了超哥的建议，虽然还是有点懵懂，但是感觉比第一次看两个月收获大多了）

粗粒化模拟又碰到瓶颈了。
其实就是不会拟合势函数，以及lammps计算其他的相关性质。
现在特想找lammps的一种例子，就是有计算分析的，如同上面超哥给的网址里边的例子，最好有分析，可惜还未如愿，还在搜寻中。

这样就一直拖到了现在8月份儿了。其实粗粒化没什么结果，我都想放弃了，想做量化分析，打算学学Gauss。导师不建议我先这么做，建议我先从粗粒化入手写篇文章，毕竟我现在几乎没什么成果（哎

）

很久以前写的的文件了，今天突然看到，很是感谢以前努力的自己。
现在已经博士毕业，就职于石家庄学院。最近购买12台E5***V2，4000-6000之间，V3的机子，构建服务器，安装了最小化的centos8，安装vasp出问题，看论坛有帖子介绍centos8不好用，打算改用centos7。
粗粒化模拟比较简单，同正常的动力学模拟一样，不同之处就是势函数中把原子的半径设置大点（或者说拟合势函数时让原子有较大的空间站位），就是拟合势函数。
lammps的输入文件也不难，其实就是把用到的命令组合起来，首先需要知道自己需要计算什么性质，然后从手册中收搜相关性质的英文名称，应该能搜到相关命令。写in文件可以跟其他类似的in文件写，也可以看其他动力学模拟的软件的输入文件，我博士为了毕业，就做了动力学模拟磁控溅射生长。in文件是从其他软件的in文件中收获灵感，把入射原子的角度加进去的。

后记2024.04.04现在在搞机器学习势函数在北京智能科学研究院访问学习一年，回看近十年前的内容，感觉还是弯路走多了，现在希望通过自己的努力可以让相关的学生少走弯路（tips学生有时候会给老师带来学习内容，带领学生也是相互学习的过程）。希望过段时间后再在这里写上一两句。

作者
Author: 朱雪刚 时间: 2015-8-14 10:04
占楼2

作者
Author: xulisky 时间: 2015-8-14 12:04
那你是怎么得到lammps的data文件的呢？

作者
Author: 朱雪刚 时间: 2015-8-15 17:32
标题: 和势函数相关
本帖最后由朱雪刚于 2015-8-15 17:33 编辑

xulisky 发表于 2015-8-14 12:04
那你是怎么得到lammps的data文件的呢？

因为要分开计算势函数，我选的原子类型就是molecular。从例子里边找到有molecular的数据，或者从read_data下边看到molecular的格式，应该是原子atomID moleculartype atomtype x y z的样子从excell里边按照格式做出来就好了。
我看到你也在弄lammps，不知可有资料分享一下。

作者
Author: xulisky 时间: 2015-8-16 09:49

朱雪刚发表于 2015-8-15 17:32
因为要分开计算势函数，我选的原子类型就是molecular。从例子里边找到有molecular的数据，或者从read_dat ...

我的资料基本就是手册手册手册！！！以及小木虫上前人的问题。
当然网页版的比pdf版的看着舒服。
哈哈
我现在发现有些重要键、角的信息为0，我应该从哪里去找参数呢。

作者
Author: 朱雪刚 时间: 2015-8-21 09:46
pair_style bond
pair_style angle
这两个命令和键角有关。
不知道能不能解决你的问题。这个也许和你的势函数有关。

作者
Author: 茶味果冻 时间: 2015-9-15 17:13
非常给力，我是新手，想请教个问题，昨晚MD对数据处理，需要什么软件么还是需要自己做脚本，我想得到的是分子取向的分布函数和功率谱，

作者
Author: 慕容狗剩 时间: 2017-5-5 09:49
谢谢资料分享，先跑一遍再说

作者
Author: zjuhjx 时间: 2017-5-12 09:57
都不容易。。。学习了。

作者
Author: zjuhjx 时间: 2017-5-15 01:33
收藏了。

作者
Author: aqbk 时间: 2017-6-7 22:10
支持一下

作者
Author: 朱雪刚 时间: 2017-6-29 15:21
才发现以前发的帖子，现在网易上有田文德老师的动力学视屏，挺适合入门，不过需要付费。建议有条件的去看看。

作者
Author: FunDNA 时间: 2018-1-2 10:47
我觉得学习软件最快的途径就是做实例，当然必须要有一定的基础知识。感谢楼主分析那么多实例！

作者
Author: 犀利的小青年 时间: 2018-3-25 10:14
感谢分享~~~

作者
Author: sdjgdu 时间: 2018-5-28 16:04
感谢分享

作者
Author: gqs8822837 时间: 2018-8-29 14:59
感谢分享现在正是从零开始的

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2018-11-1 15:52
[emuch.net]lammps使用手册-中文简版（Michael博客）.pdf，请问老师，这个pdf里面的链接打开显示已转移或者删除了，请问去哪里可以找到里面的内容呢

作者
Author: 苯宝宝 时间: 2019-7-26 18:08
新手感谢楼主分享~~~

作者
Author: lushuwei 时间: 2019-7-28 18:24
谢谢分享。

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-8-13 16:04
好奇楼主后来毕业了没有

作者
Author: zyw5766 时间: 2019-10-16 17:28
谢谢，感觉帮了我很多

作者
Author: szw236 时间: 2019-11-26 20:17
感谢感谢占楼

作者
Author: huangjin 时间: 2020-4-4 21:00
感谢分享这些好资源。

作者
Author: liudy02 时间: 2020-5-13 01:37
非常感谢楼主的分享，帮了大忙了

作者
Author: Brilliantly 时间: 2020-6-12 10:54
非常感谢，收集的资料很有用！

作者
Author: 朱雪刚 时间: 2020-7-29 06:18

tjuptz 发表于 2019-8-13 16:04
好奇楼主后来毕业了没有

毕业了，博士毕业了，毕业是模拟简单的材料生长，其实拟合势函数也能毕业，只不过导师项目不需要了。

作者
Author: 朱雪刚 时间: 2020-7-29 06:19

liudy02 发表于 2020-5-13 01:37
非常感谢楼主的分享，帮了大忙了

我都没想到这个帖子还有很多人在看。

作者
Author: chenxia12 时间: 2020-7-31 16:55
请问楼主您粗粒化的粒子坐标是怎么得到的呀？您有适合新手的粗粒化教程推荐吗？不做蛋白质的。非常感谢！

作者
Author: 朱雪刚 时间: 2020-8-1 18:37

chenxia12 发表于 2020-7-31 16:55
请问楼主您粗粒化的粒子坐标是怎么得到的呀？您有适合新手的粗粒化教程推荐吗？不做蛋白质的。非常感谢！

这个简单，比如说我用的是石墨烯的molecular模型，模型中需要有原子坐标，两原子间的键，三原子间的键角，四原子间的二面角。那么，首先我用excell把原子的序号和坐标x，y，z输入，需要注意这里原子的距离比较大，然后重新建立一个excell表格，把原子1跟2之间的键输入，然后再建立excell，把二面角输入，等等。
另外，编程写更简单，可以试试。你可以随便找个材料的data文件，看看里边的格式，然后按照那个格式给自己的data就行。只要你敢尝试，总能找到办法

作者
Author: WB1040720479 时间: 2020-9-8 18:39
楼主可以分享一下拟合势函数的过程和经验嘛

作者
Author: shixin 时间: 2021-2-3 11:51
zhanlou

作者
Author: 米咚咚丶 时间: 2021-8-18 19:48
谢谢

作者
Author: Ruanruan 时间: 2022-6-6 10:03
请问一下lammps粗粒化的in文件书写时弹性常数k怎么获得呢

作者
Author: 朱雪刚 时间: 2024-4-4 10:54

推一下帖子，再占个楼，说明我还在搞这一块，最近参加了cp2k的培训，如果要用cp2k参加培训是可以快速上手的。

作者
Author: 朱雪刚 时间: 2024-4-4 10:55

现阶段做动力学模拟最好做dp势函数或者nep势函数，教程比较多，上手相对容易。

作者
Author: John_Tao 时间: 2024-4-4 15:32
感谢分享，去好好学习一下

作者
Author: 朱雪刚 时间: 2024-4-4 16:13

John_Tao 发表于 2024-4-4 15:32
感谢分享，去好好学习一下

可以看我最近正在写的教程。飞书文档https://ucoyxk075n.feishu.cn/doc ... ?from=from_copylink，针对没有dp经验的新手，上手做的教程，还在撰写过程中，希望大家给提出意见。

作者
Author: KCM@SHU 时间: 2024-6-1 22:18

朱雪刚发表于 2015-8-14 10:03
14年3月份儿，导师指定一片已经毕业的师姐的毕业论文，让我用lammps做相似金属的融化。
师姐说lammps要看 ...

老师您好，我想请问一下老师lammps粗粒化力场一般怎么获得呢？最近刚开始学习lammps，我看网上说Martine力场可以生成粗粒化力场，但是我看那个好像是针对GROMACS的，还是GROMACS和lammps的力场其实是可以相互转换的呢？

作者
Author: shc 时间: 2024-9-24 20:42
哥，谢谢你的经验和经历分析。我导也是叫我搞这个，搞了几天还没入门，都想放弃了，看到你的贴子觉得应该再试一试

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