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标题: Gromacs模拟离子液体体系，请问怎么计算溶质分子与离子液体阴/阳离子的相互作用 [打印本页]

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Author: 小和尚 时间: 2019-12-25 12:42
标题: Gromacs模拟离子液体体系，请问怎么计算溶质分子与离子液体阴/阳离子的相互作用
各位老师同学，我用Gromacs模拟小分子溶于离子液体的体系，但是我现在只会模拟弛豫，怎么才能计算溶质分子与离子液体中阴阳离子的相互作用呢？我没有检索到相应的例子，有可以参考的例子或者教程吗？
非常感谢您的解答！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-26 00:35
可以从能量角度考察，将两个部分在mdp里定义为两个能量组，然后从edr文件中提取相互作用能
也可以从空间分布函数、径向分布函数等粒子分布角度考察

作者
Author: 小和尚 时间: 2019-12-27 09:26

sobereva 发表于 2019-12-26 00:35
可以从能量角度考察，将两个部分在mdp里定义为两个能量组，然后从edr文件中提取相互作用能
也可以从空间分 ...

非常感谢！试了一天终于把问题解决了。

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