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标题: 四路的服务器跑vasp效率怎么样 [打印本页]

作者
Author: 灰天皮匠 时间: 2019-12-26 20:45
标题: 四路的服务器跑vasp效率怎么样
本帖最后由灰天皮匠于 2019-12-26 21:09 编辑

前段时间课题组买了一台四路的服务器用来跑vasp，配置如下：
CPU Intel Xeon 6148 *4
内存三星DDR4 RECC 2666MHz 8g*24

一开始还没发觉什么问题，后来用服务器的同学说不如双路的旧服务器快，算的体系大概100个原子左右。于是将8g内存条换成16g的，发现单个任务的提升也就是11~13%。两个算例一起提交用的核数多的任务反而会被拉低，和核数少的算例一起结束。

不知道各位老师同学有没有过组四路跑vasp的经验可以分享一下，是配置不合理还是软件不适合四路，也有可能是我的测试方法有问题

。

最主要的还是看看有没有提升效率的方法，不太想浪费那么多核数，最后跑出来和双路一样的效果。

作者
Author: biogon 时间: 2019-12-27 10:01
双路四路运行环境一样吗，不过四路效率本来就是不行

作者
Author: 灰天皮匠 时间: 2019-12-27 10:09

biogon 发表于 2019-12-27 10:01
双路四路运行环境一样吗，不过四路效率本来就是不行

都是用intel2015编译的，系统倒是有CentOS7.x版本上的差别。如果多数情况下四路效率一般，那么哪种情况是会优于双路的计算效果呢？就是说，想充分发挥它的性能的话，您有没有一些比较好的建议

。

作者
Author: pwzhou 时间: 2019-12-27 14:19
考虑一下vasp的并行效率，你在4路的服务器上测试一下用1路、2路、3路、4路跑同一个作业测试一下，看看哪个加速比最好，也许你4路的还没3路甚至两路的快。

作者
Author: 灰天皮匠 时间: 2019-12-27 14:58

pwzhou 发表于 2019-12-27 14:19
考虑一下vasp的并行效率，你在4路的服务器上测试一下用1路、2路、3路、4路跑同一个作业测试一下，看看哪个 ...

测试结果如图，4路确实不如2路。请问有没有什么办法可以充分利用一下它的算力？

作者
Author: pwzhou 时间: 2019-12-27 15:07

灰天皮匠发表于 2019-12-27 14:58
测试结果如图，4路确实不如2路。请问有没有什么办法可以充分利用一下它的算力？

这种情况同时跑两个双路的作业应该是比较好的选择，当作业很大，两路算不动的时候，再用4路去跑。

作者
Author: 灰天皮匠 时间: 2019-12-27 15:18

pwzhou 发表于 2019-12-27 15:07
这种情况同时跑两个双路的作业应该是比较好的选择，当作业很大，两路算不动的时候，再用4路去跑。

只看图中的测试结果的话，同时跑两个双路有时甚至不如一个任务一个任务地算

不过这也是没办法中的办法

感谢

作者
Author: pwzhou 时间: 2019-12-27 15:22

灰天皮匠发表于 2019-12-27 15:18
只看图中的测试结果的话，同时跑两个双路有时甚至不如一个任务一个任务地算
不过这也是没办法中的办 ...

实际上就是这样，每个软件的并行效率都是有限的，所以很多时候不是核数越多越快，有的软件并行效率很差的时候，比如用molpro算CASSCF如果体系很大，活化空间比较大，用单核算是最快的。软件的并行效率我们一般是没啥办法的，所以就去测试一下，看看核数多少加速比最好，那么就选择这个即可。

作者
Author: biogon 时间: 2019-12-27 17:41

灰天皮匠发表于 2019-12-27 10:09
都是用intel2015编译的，系统倒是有CentOS7.x版本上的差别。如果多数情况下四路效率一般，那么哪种情况是 ...

大规模并行那得优化代码的，想提高利用率同时跑2个或者4个任务就行了

作者
Author: 灰天皮匠 时间: 2019-12-27 21:56

biogon 发表于 2019-12-27 17:41
大规模并行那得优化代码的，想提高利用率同时跑2个或者4个任务就行了

感谢

作者
Author: hakuna 时间: 2019-12-28 02:12

灰天皮匠发表于 2019-12-27 14:58
测试结果如图，4路确实不如2路。请问有没有什么办法可以充分利用一下它的算力？

NPAR不能这么设，outcar里会有警告的，虽然不影响结果，但会花费更多时间
可以根据警告，测试一下npar的值

作者
Author: 灰天皮匠 时间: 2019-12-28 09:28

hakuna 发表于 2019-12-28 02:12
NPAR不能这么设，outcar里会有警告的，虽然不影响结果，但会花费更多时间
可以根据警告，测试一下npar的 ...

之前测试目的是看内存条换成16g会提升多少，就没有测参数的影响。我改下NPAR的值再测一下，看能提升多少。感谢

作者
Author: hakuna 时间: 2019-12-28 13:10
本帖最后由 hakuna 于 2019-12-28 16:55 编辑

灰天皮匠发表于 2019-12-28 09:28
之前测试目的是看内存条换成16g会提升多少，就没有测参数的影响。我改下NPAR的值再测一下，看能提升多少 ...

可以参考一下：http://www.hector.ac.uk/support/ ... nd_npar_summary.pdf
另外，KPAR也会影响计算速度

作者
Author: llzz0309 时间: 2020-1-4 22:32
你这个cpu挺好的，如果四路跑起来比较慢很有可能是因为体系太小。cpu之间的交流时间成了主要问题。小体系建议使用其中两个cpu，体系大的时候再上四个cpu跑吧

作者
Author: 啦啦黑还黑 时间: 2020-1-21 00:11
本帖最后由啦啦黑还黑于 2020-1-21 00:13 编辑

用四路服务器算vasp，一个技巧，把NCORE设置成总核数/4。
。。别用NPAR=1，计算速度比NPAR=4差得远（对于4路服务器）试试就明白了

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