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标题: 求助：如何把Gromacs模拟的结果，做成IR谱图？ [打印本页]

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Author: lao7 时间: 2019-12-27 16:23
标题: 求助：如何把Gromacs模拟的结果，做成IR谱图？
最近用Gromacs模拟体系有机蛋白与酸根分子的相互作用。请问如何把Gromacs结果换算成一副IR图？我看到网上有些介绍，但没有操作的步骤，有些后续部分操作缺失。请给一个具体的流程建议？谢谢。IR构图时，最好把系统水盒子里面的水分子振动排除掉。

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-1-1 13:19
先输出每个frame的速度，乘上电荷得到偶极矩对时间的梯度，然后做自相关函数并进行傅里叶变换，就是IR光谱了。
我记得GMX能做这个流程啊。

作者
Author: lao7 时间: 2020-1-1 16:01

k64_cc 发表于 2020-1-1 13:19
先输出每个frame的速度，乘上电荷得到偶极矩对时间的梯度，然后做自相关函数并进行傅里叶变换，就是IR光谱 ...

谢谢回复，没有详细的步骤？

作者
Author: ene 时间: 2020-1-1 16:20
本帖最后由 ene 于 2020-1-1 20:23 编辑

VMD有个自带的插件叫IR Spectra Density Calculator，可以用自相关函数傅里叶变换法求轨迹中结构的IR光谱。用起来十分方便。

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-1-1 20:04

lao7 发表于 2020-1-1 16:01
谢谢回复，没有详细的步骤？

这还不详细，连想带写半小时的事……

作者
Author: lao7 时间: 2020-1-3 10:27

ene 发表于 2020-1-1 16:20
VMD有个自带的插件叫IR Spectra Density Calculator，可以用自相关函数傅里叶变换法求轨迹中结构的IR光谱。 ...

请问，您提到：“自相关函数傅里叶变换法求轨迹中结构的IR光谱..”，这个文件是Gromacs用命令自动生成的吗？

作者
Author: ene 时间: 2020-1-3 13:30

lao7 发表于 2020-1-3 10:27
请问，您提到：“自相关函数傅里叶变换法求轨迹中结构的IR光谱..”，这个文件是Gromacs用命令自动生成的 ...

你把轨迹和拓扑载入进去就能算啊

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-3 18:17
VMD没法载入gromacs的拓扑，用那个功能除了载入轨迹以外，还得把原子电荷信息也载入才行，见
将GROMACS的原子电荷信息读入VMD的方法
http://sobereva.com/365（http://bbs.keinsci.com/thread-5417-1-1.html）

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