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标题: 请教：与forcefield.itp文件中dihedraltypes (propers)相关的报错如何解决 [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-12-30 14:08
标题: 请教：与forcefield.itp文件中dihedraltypes (propers)相关的报错如何解决
Sob老师好，各位老师好！运行GMX 2018.4的时候报错：“Command line:
  gmx grompp -f em.mdp -c SS_1.pdb -p SS.top -o SS_1_em.tpr

Setting the LD random seed to 1171463889

ERROR 1 [file forcefield.itp, line 330]:
  Encountered a second block of parameters for dihedral type 9 for the same
  atoms, with either different parameters and/or the first block has
  multiple lines. This is not supported.

ERROR 2 [file forcefield.itp, line 331]:
  Encountered a second block of parameters for dihedral type 9 for the same
  atoms, with either different parameters and/or the first block has
  multiple lines. This is not supported.”

基于GAFF的forcefield.itp中 line 330和 line 331 为
[ dihedraltypes ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9

c3    ss    ss    c3    9    0.00 2.51040 3 ;

c3    ss    ss    c3    9    0.00  14.64400 2 ;

想请教各位老师，为什么会报错呢？如何解决？
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-2 19:42
把产生tpr用到的所有文件打包上传

作者
Author: yihanxu 时间: 2020-1-3 06:45

sobereva 发表于 2020-1-2 05:42
把产生tpr用到的所有文件打包上传

谢谢老师。见附件。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-3 20:22
在forcefield.itp的285行已经定义了一遍
c3 ss ss c3 9 0.00 2.51040 3 ;
c3 ss ss c3 9 0.00 14.64400 2 ;
显然不能在后头又重新定义一遍

你的输入文件里还有一些其它重复的，可能会造成模拟出问题
将二面角项合并的时候记得要去重

作者
Author: yihanxu 时间: 2020-1-4 05:43

sobereva 发表于 2020-1-3 06:22
在forcefield.itp的285行已经定义了一遍
c3 ss ss c3 9 0.00 2.51040 3 ; ...

感谢老师！

作者
Author: Lyueyang2020 时间: 2024-3-26 10:49

sobereva 发表于 2020-1-3 20:22
在forcefield.itp的285行已经定义了一遍
c3 ss ss c3 9 0.00 2.51040 3 ; ...

非常感激老师的回复，请问去重有何依据原则，该保留哪一项参数呢，例如
“  CG2O1 CG311 OG311 HGP1    9  0.000000e+00  1.464400e+00    1
CG2O1 CG311 OG311 HGP1    9  0.000000e+00  1.548080e+00    2
CG2O1 CG311 OG311 HGP1    9  1.800000e+02  4.184000e-02    3”
感谢老师赐教！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-26 14:18

Lyueyang2020 发表于 2024-3-26 10:49
非常感激老师的回复，请问去重有何依据原则，该保留哪一项参数呢，例如
“ CG2O1 CG311 OG311 H ...

这和前面我说的是两码事
function type = 9说明这是不同周期性函数叠加构成的二面角项，不需要也不能去掉

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