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标题: 新手做平衡相模拟报错求助 [打印本页]

作者
Author: XZDZ 时间: 2019-12-31 10:48
标题: 新手做平衡相模拟报错求助
各位老师，麻烦帮忙看看，我在做平衡相模拟的时候，遇到这样的报错： (, 下载次数 Times of downloads: 29) （这是输入gmx mdrun -v -deffnm eq 语句之后的报错），上一步执行的是gmx grompp -f eq.mdp -c system.gro -p topol.top -o eq.tpr -maxwarn 1。相关的四个文件也已上传。
感谢各位

(, 下载次数 Times of downloads: 2) (, 下载次数 Times of downloads: 9) (, 下载次数 Times of downloads: 11) (, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: 灰天皮匠 时间: 2020-1-1 09:16
本帖最后由灰天皮匠于 2020-1-1 09:18 编辑

之前社长发过的图，在哪个帖子记不清了，可以参考一下。
从你的报错信息来看，盒子的设置不合理吧

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-2 19:30
光是初始结构就很莫名其妙，有的水都插到体系中央去了
先把水去掉，确保体系能跑了，再加水，而且加水的时候注意检查水加的位置

作者
Author: XZDZ 时间: 2020-1-5 07:24

sobereva 发表于 2020-1-2 19:30
光是初始结构就很莫名其妙，有的水都插到体系中央去了
先把水去掉，确保体系能跑了，再加水，而且加水的时 ...

好的，谢谢老师

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