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标题: Multiwfn在超算上的跨节点并行设置问题 [打印本页]

作者
Author: pengzh 时间: 2020-1-2 09:06
标题: Multiwfn在超算上的跨节点并行设置问题
Sob老师，我想问问Multiwfn在超算上有没有跨节点并行的功能？如果有，请问怎么设置？谢谢！
我之前在超算上装了Multiwfn，平时使用都是在一个节点内用二十个核并行使用。但是最近要算一个大体系的AdNDP，由于超算每一个任务都有时间限制，所以没跑完。然后用跨节点进行计算，就报错说不能跨节点提交计算。所以想问问Multiwfn在超算上有没有跨节点并行的功能？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-2 19:23
不能跨节点。只有MPI并行的程序才能跨节点，而Multiwfn是OpenMP并行
Multiwfn的AdNDP是以交互式方式运行的，计算量也并不大（除非使用方式不对），没有必要非弄到服务器上，更没有必要去跨节点。

作者
Author: ！！！ 时间: 2020-5-20 17:52

sobereva 发表于 2020-1-2 19:23
不能跨节点。只有MPI并行的程序才能跨节点，而Multiwfn是OpenMP并行
Multiwfn的AdNDP是以交互式方式运行的 ...

Sob老师，请问Multiwfn怎么指定节点运行，现在一般在主节点上运行，但是这样在使用人数比较多的时候，会比较卡，想要提交到计算节点上运行，请问这个怎么实现？

作者
Author: niobium 时间: 2020-5-20 19:06

！！！发表于 2020-5-20 17:52
Sob老师，请问Multiwfn怎么指定节点运行，现在一般在主节点上运行，但是这样在使用人数比较多的时候，会 ...

这个问题不应该问sob老师，应该问你们的服务器管理员。。。竟然在主节点上运行，都没被封号

作者
Author: ！！！ 时间: 2020-5-20 20:00

niobium 发表于 2020-5-20 19:06
这个问题不应该问sob老师，应该问你们的服务器管理员。。。竟然在主节点上运行，都没被封号

好的，谢谢你。我问问我们管理服务器的老师。

作者
Author: ！！！ 时间: 2020-5-20 20:10

niobium 发表于 2020-5-20 19:06
这个问题不应该问sob老师，应该问你们的服务器管理员。。。竟然在主节点上运行，都没被封号

您好，不好意思，请问您有Multiwfn的提交作业的脚本可以参考一下吗？谢谢。

作者
Author: snljty 时间: 2020-5-20 21:39

！！！发表于 2020-5-20 20:10
您好，不好意思，请问您有Multiwfn的提交作业的脚本可以参考一下吗？谢谢。

关键是超算的作业系统不方便交互式操作，你得把命令存下来，写在一个文件里然后读（<重定向），或者<<重定向直接写在命令中。
写一个脚本配置各种环境，如果要用Multiwfn调用Gaussian等等，然后在超算提交的脚本里先source这些环境。
剩下的大同小异，取决于你的作业系统。
比如算个静电势高质量格点并导出

#!/bin/bash
#SBATCH -p queue_name
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 64
# source Multiwfn environments, including PATH, Multiwfnpath, ...
source Multiwfn_env.sh
# Run Multiwfn, the input file is test.fch
Multiwfn test.fch > test_log.txt << EOF
5 // calc grid
12 // ESP
3 // High quality
2 // export cube
0 // return
q
EOF

复制代码

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-21 07:04
如果你不懂Multiwfn的命令行执行方式，仔细看Multiwfn手册5.2、5.3节

作者
Author: ！！！ 时间: 2020-5-21 09:09

snljty 发表于 2020-5-20 21:39
关键是超算的作业系统不方便交互式操作，你得把命令存下来，写在一个文件里然后读（

谢谢谢谢。

作者
Author: ！！！ 时间: 2020-5-21 09:10

sobereva 发表于 2020-5-21 07:04
如果你不懂Multiwfn的命令行执行方式，仔细看Multiwfn手册5.2、5.3节

嗯呢，好的，我好好看看手册的相应地方，谢谢Sob老师。

作者
Author: nusiew 时间: 2024-7-12 16:34

snljty 发表于 2020-5-20 21:39
关键是超算的作业系统不方便交互式操作，你得把命令存下来，写在一个文件里然后读（

这个超算上的示例脚本很有用，非常感谢

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