计算化学公社

标题: 求助 这个gentor怎么设置 [打印本页]
作者
Author: 我是你的小宇宇    时间: 2020-1-3 13:35
标题: 求助 这个gentor怎么设置
file:///C:/Users/taoyu/AppData/Roaming/Tencent/Users/1098370117/QQ/WinTemp/RichOle/FXJUEN0N0]NI6U_~HPUXS%7BP.png我用的gentor这个程序去生成构想，我想让1-2 和32-9这个两个键去向两个方向旋转，意思就是让苯环和这个羧酸根向两个方向旋转，所以我设置参数是1-2 e10  9-32 e20，但是这样后，1-2 e10设置后，自动的，程序也就默认9-32这个键也一起旋转，有什么方法，可以分别设置这两个键旋转吗？同时这整个分子是一个三角形的有机物，我想让另外两个角上的键一起对应旋转，求求大神带带我，跪求咋解决呀？



作者
Author: sobereva    时间: 2020-1-3 17:18
羧酸根明显应当是平面的，你的初始结构太烂。旋转羧酸根根本没有必要。只旋转1-2就足矣保证能最终优化出能量最低结构

显然旋转1-2键会连带着使得另一头整个片段都旋转。
作者
Author: 我是你的小宇宇    时间: 2020-1-3 21:34
本帖最后由 我是你的小宇宇 于 2020-1-3 21:40 编辑
(, 下载次数 Times of downloads: 24) sobereva 发表于 2020-1-3 17:18
羧酸根明显应当是平面的，你的初始结构太烂。旋转羧酸根根本没有必要。只旋转1-2就足矣保证能最终优化出能 ...

你好，我是小白，刚刚开始做计算，这个结构我没有优化，我们组是做材料合成的，导师想让我做个简单计算下，看这个氮-三苯基三羧酸的羧酸根和苯环的分别一起旋转会出现多少各构构象，进而研究他们能量的状态，看看出现几个最低态，我现在只会让1-2键旋转，您说这两种键不可以一起旋转来计算吗？就像这篇文章中一样，去旋转这两根轴，然后计算能量，对应做出这两个角度对能量的曲线图。我现在不知道怎么做，老师说最好让这个三羧酸上的三个位置的相同的轴一起旋转，保持分子的C3对称性。
作者
Author: sobereva    时间: 2020-1-3 22:55
我是你的小宇宇 发表于 2020-1-3 21:34
你好，我是小白，刚刚开始做计算，这个结构我没有优化，我们组是做材料合成的，导师想让我做个简单计算下 ...

不要盲目效仿文章，那图里扫描COO根本没有任何意义

这么点体系居然用UFF扫描，只有缺乏基本计算化学常识的人才干得出来这样的事。光从这部分截图来看，明显是一篇水平很低的文章。而且这体系柔性键很少，做扫描完全毫无意义。

初始结构绝对不能用你图里那么烂的，明显COO的结构就严重不对，最起码先用半经验优化一下再说。从基本化学常识也知道COO明显是局部平面结构





欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3