计算化学公社

标题: Multiwfn使用IGM考察分子间相互作用，遇到的问题？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2020-1-4 20:00
标题: Multiwfn使用IGM考察分子间相互作用，遇到的问题？
所有操作按照“通过独立梯度模型(IGM)考察分子内和分子间的弱相互作用”（http://sobereva.com/407）。目前已经把“δg_intra/δg_inter对 sign(lambda2)rho”散点数据输出出来。想用δg_intra + δg_inter对 sign(lambda2)rho绘制一张彩色填色图【参照 :“绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法”（http://sobereva.com/399）】。这里我遇到两个问题：

1）理论上，上述multiwfn输出出来的“δg_intra + δg_inter对 sign(lambda2)rho”的数据包含了我想要的全部信息，但是总共是6列数据，哪两列数据涵盖了“δg_intra + δg_inter对 sign(lambda2)rho”的坐标呢？

2）我使用的结果是fchk文件，里面选项“promolecular密度近似计算”，请问“RDG彩色填色图”和“RDG等值面图”里面的作图参数要不要更改？
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-4 22:08
1 在此文里已经说了怎么绘制这种图
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407

之前在http://sobereva.com/399里介绍过怎么绘制有填色效果的RDG散点图，这很便于将散点图上的位置与填色等值面图相互对照，对于IGM散点图也完全可以绘制类似的效果，只不过需要用的脚本有所不同。具体做法见手册4.20.10.1节末尾。效果如下所示

2 不用。若发现不满意的话再调

作者
Author: lao7 时间: 2020-1-4 23:00
本帖最后由 lao7 于 2020-1-4 23:57 编辑

sobereva 发表于 2020-1-4 22:08
1 在此文里已经说了怎么绘制这种图
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407 ...

谢谢SOB的及时回复。
这篇介绍里面第三个部分，即 “3 实例：用IGM考察苯酚二聚体中的相互作用”中的第一幅图是δg vs sign(lambda2)rho的散点图。然而，在帖子http://sobereva.com/399中，是把multiwfn输出的文件“output.txt”删除前面三列，留下后面两列作彩色图。显然，针对本案例所输出的δg vs sign(lambda2)rho结果（默认dg.cub文件），如果删除前三列，后两列的文件做出来的图显示不全。所以，我遇到的问题核心是：不知利用multiwfn生成的哪几列数据，作彩色δg vs sign(lambda2)rho图。换而言之，就是想做：δg vs sign(lambda2)rho的彩色散点图，但是multiwfn输出的数据让我不知道删除哪些好。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-5 01:09

lao7 发表于 2020-1-4 23:00
谢谢SOB的及时回复。
这篇介绍里面第三个部分，即 “3 实例：用IGM考察苯酚二聚体中的相互作用”中的第 ...

不需要自己修改output.txt的内容。直接按最新版手册4.20.10节的“Skill: Plotting sign(lamda2)rho colored IGM scatter map”部分说的，用examples\scripts\IGMscatter.gnu对直接导出的output.txt作图就完了，这个脚本里已经指定了作图时用此文件的哪些列

作者
Author: lao7 时间: 2020-1-5 18:33

sobereva 发表于 2020-1-5 01:09
不需要自己修改output.txt的内容。直接按最新版手册4.20.10节的“Skill: Plotting sign(lamda2)rho color ...

谢谢！我根据说明书上的介绍，确实能绘制这幅彩色图。但也注意到另外一个问题。在Multiwfn里面显示的时候，δg vs sign(lambda2)rho图中-0.01附近有个尖锐的峰。但是，绘制彩色图的时候，这个峰就没有了，图形好似说明书上面的，只是填色图一样（Skill: Plotting sign(2) colored IGM scatter map里的插图），没有峰。英文，如果凸显绿色的峰呢？（PDF打开加载彩色文件的时候，中间有一段确实有这个峰出现，随着点数的增加，峰就逐渐消失）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-5 18:53

lao7 发表于 2020-1-5 18:33
谢谢！我根据说明书上的介绍，确实能绘制这幅彩色图。但也注意到另外一个问题。在Multiwfn里面显示的时候 ...

我搞不清楚你的情况。如果怀疑是.ps观看程序的原因，换个程序打开再试。并且注意坐标轴范围设成和Multiwfn里的一致

作者
Author: lao7 时间: 2020-1-5 21:03
本帖最后由 lao7 于 2020-1-6 19:03 编辑

sobereva 发表于 2020-1-5 18:53
我搞不清楚你的情况。如果怀疑是.ps观看程序的原因，换个程序打开再试。并且注意坐标轴范围设成和Multiwf ...

谢谢耐心的讨论。逐个更改参数调试，问题已经解决，谢谢！

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