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标题: NCIPLOT4 发布了 [打印本页]

作者
Author: puzhongji 时间: 2020-1-6 12:07
标题: NCIPLOT4 发布了
NCIPLOT4

GITHUB：https://github.com/juliacontrerasgarcia/nciplot
JCIM：https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jcim.9b00950

新特点：
1. NCIPLOT4 can be used to analyze NCIs in biomolecular systems at low computational cost for multiple frames. e.g. along a molecular dynamics trajectory or along an ensemble of NMR structures
2. NCIPLOT4 offers a new tool for quantifying the strength of NCIs.

潜在的应用：
rank protein-ligand binding poses
interaction energy decomposition

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-6 12:54
文中估计强度的做法不靠谱，之前看过他们chemrxiv上的文章，准确度很差
https://chemrxiv.org/articles/NC ... eractions/9831536/1
当时我的评论

积分的区域通过一些标准进行判断，被积函数是rho^n（n是拟合的参数，文中用2），或者(8)的形式。但计算出的能量精度很垃圾，从图8来看跟实际能量相关性非常差。算这种垃圾数据还不如直接用力场呢，快得多。而且multi-grid弄出来的格点数据也没法可视化，没实际意义。而且文中的积分是对整个体系而言的，而没法像域分析那样针对特定区域来积分。

积分RDG衡量强度的做法Multiwfn就支持，见手册4.200.14.1节，而且关键是还可以积分特定的RDG域衡量局部作用，而不像NCIPLOT只能全空间积分，什么局部作用情况也说明不了

简单来说，NCIPLOT4这个文章完全莫名其妙，直接基于力场就能明显快得多也准确得多去计算能量，非要用原理上不准确而且耗时高的的格点积分，没有任何实际意义。诸如对于gmx用户，提取作用能随轨迹的变化，直接gmx energy -f [edr文件]一条命令就出来了。

处理多帧这个特征，其实写个不到10行的shell脚本一循环、提取数据就完了。

作者
Author: papers 时间: 2022-1-6 14:25

sobereva 发表于 2020-1-6 12:54
文中估计强度的做法不靠谱，之前看过他们chemrxiv上的文章，准确度很差
https://chemrxiv.org/articles/NC ...

最近投稿的一篇文章，审稿人让我用这个软件计算比较氢键和π堆积的强度。。。看了文章之后发现复杂且不靠谱，请问老师是否能用Multiwfn积分计算来回答

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-6 21:49

papers 发表于 2022-1-6 14:25
最近投稿的一篇文章，审稿人让我用这个软件计算比较氢键和π堆积的强度。。。看了文章之后发现复杂且不靠 ...

氢键强度可以用这个估计
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

pi堆积强度可以用此文的做法
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）
用于pi-pi作用的分析例子
18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615（http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html）

NCIPLOT4那种估计作用能的方法根本没有什么物理意义，纯粹是定义个说不清道不明的函数去凑已知作用能，精度很差，撑死了也就是和实际作用能能有个相关性而已。那种积分RDG域的做法局限性太大，原理上就不可能定义一个普适的被积函数能令积分结果和相互作用能较准确对应起来。

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