计算化学公社

标题: 求助：构建无限体系grompp出错 [打印本页]

作者
Author: Emma_Zzz 时间: 2020-1-7 10:51
标题: 求助：构建无限体系grompp出错
本帖最后由 Emma_Zzz 于 2020-1-7 10:53 编辑

构建无限体系时，已经保证了“末端”原子在top文件中共享一个键，按理来说应该是零电荷才对。但是，Gromacs在执行grompp这一步时报错：System has non-zero total charge: -0.240000
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附上我的pdb、top、mdp文件

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请问究竟是哪一步做错了呢，应该怎样改进

作者
Author: naoki 时间: 2020-1-7 16:55
你这个盒子里总电荷不为0啊，可以自己计算RESP电荷，约束重复单元内静电荷为0
向楼主请教一下topotools构建周期性体系的拓扑，需要自己手动调整很多吗？

作者
Author: Emma_Zzz 时间: 2020-1-8 14:51

naoki 发表于 2020-1-7 16:55
你这个盒子里总电荷不为0啊，可以自己计算RESP电荷，约束重复单元内静电荷为0
向楼主请教一下topotools构 ...

谢谢回复！请教一下自己计算RESP电荷，约束重复单元内静电荷为0具体要怎么做呢，有没有相关教程的链接啊

对，手动调整的很多，关键我也不知道我做的对不对，头回跑无限体系

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-8 21:40

Emma_Zzz 发表于 2020-1-8 14:51
谢谢回复！请教一下自己计算RESP电荷，约束重复单元内静电荷为0具体要怎么做呢，有没有相关教程的链接啊 ...

仔细看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

有现成的氨基酸残基RESP电荷计算例子

作者
Author: Emma_Zzz 时间: 2020-1-10 12:22

sobereva 发表于 2020-1-8 21:40
仔细看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsc ...

好的，谢谢sob老师！

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